TACGENE

Conception et mise en œuvre de stratégies d’édition du génome, génération de cellules génétiquement modifiées et validation cellulaire avant implémentation dans des organismes modèles.

Site de la plateforme

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Conception et mise en œuvre de stratégies d’édition du génome, génération de cellules génétiquement modifiées et validation cellulaire avant implémentation dans des organismes modèles.

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TACGENE

TACGENE offre aux laboratoires de recherche des services d’édition du génome. La plateforme dispose d’une solide expertise dans la conception, la production et la mise en œuvre de ces approches, avec l'utilisation de nucléases à façon de type CRISPR-Cas (clustered interspaced short palindromic regularly repeat) ou TALEN (transcriptional activated effector like nucleases).

TACGENE a développé des stratégies d’édition du génome dans de nombreux projets de recherche. Ces stratégies ont été utilisées dans des cellules en culture. Dans le cadre des infrastructures TEFOR et CELPHEDIA, elles ont été implémentées dans des modèles animaux tels que le rat, la souris et le poisson zèbre.

TACGENE est adossée à l’équipe Genome editing, DNA repair and cellular responses (GE2R) du laboratoire Structure et instabilité du génome (StrInG). Ses activités de recherche et développement permettent à la plateforme de proposer des solutions et une expertise de haut niveau sur les problématiques d’édition du génome : knock-out, knock-in…

Expertises et services

Conception de stratégies d'édition du génome,
Design et sélection de sgARN,
Transcription de sgARN et contrôle qualité,
Production de Cas9 : ARNm et protéines recombinantes,
Test d'activité in vitro de complexes sgARN/Cas9 purifiés,
Transfection et test d'activité en cellules,
Clonage cellulaire de lignées éditées,
Conseil à l’utilisation et aide au génotypage,
Mise à disposition de protocoles sur demande.

Moyens et équipements

Laboratoire de culture cellulaire de niveau L2,
Trieur de cellules de type FACS pour le clonage,
Laboratoire de biologie moléculaire et biochimie (HPLC, fermenteurs…).

<hr>Protéine Cas9-GFP après élution de la colonne de nickel lors de la première étape de purification.

<hr>Laboratoire de culture cellulaire de niveau L2 utilisé par la plateforme.

<hr>Machines PCR utilisées pour le génotypage.

<hr>Trieur de cellules de type FACS utilisé pour des opération de clonage cellulaire.

<hr>Chargement de la protéine Cas9-mCherry sur une colonne de nickel (HisTRAP FF crude) lors de la première étape de purification.

<hr>Elution de la protéine Cas9-mCherry de la colonne de nickel lors de la première étape de purification.

<hr>Protéine Cas9-mCherry après élution de la colonne de nickel lors de la première étape de purification.

<hr>Cellules HEK293 exprimant la protéine fluorescente GFP après édition du génome.

Comment soumettre un projet ?

Pour soumettre une demande, envoyez un mail à tacgene@mnhn.fr. Décrivez brièvement votre projet et la stratégie d’édition du génome que vous souhaitez mettre en œuvre. L’équipe de TACGENE vous recontactera pour étudier avec vous la faisabilité du projet, la meilleure stratégie d’édition à utiliser et la nature des services que la plateforme peut vous offrir. Une réponse vous sera adressée dans les deux semaines qui suivent la demande. Le délai nécessaire à la réalisation du projet varie selon le type de service sollicité. Il est généralement de trois mois pour la production de cellules éditées.

Exemple d'utilisation

Etudes structurales et fonctionnelles du complexe TFIIH

Les équipes d’Arnaud Poterszman et Frédéric Coin à l’Institut de génétique et de biologie moléculaire et cellulaire (IGBMC) de Strasbourg ont contacté TACGENE dans le cadre d’un projet visant à étudier la structure et la fonction du complexe multiprotéique TFIIH. Celui-ci est impliqué dans la transcription et la réparation de l’ADN par excision de nucléotides (NER). Des mutations du complexe sont à l’origine de pathologies, notamment de cancers de la peau.

Avec l’édition génomique, il est devenu possible de marquer et de suivre des protéines endogènes présentes au sein de complexes supramoléculaires. Le projet réalisé pour l’IGBMC a consisté à générer différentes lignées de cellules humaines avec la sous-unité XPB de TFIIH marquée par une protéine fluorescente, la GFP, ou un tag 3Flag-His.

Les cellules U2OS avec XPB marquée avec la GFP ont permis de montrer une interaction entre XPB et l’histone acétyltransférase KAT2A, qui régule la structure à grande échelle de la chromatine. Ce résultat apporte une explication aux défauts de régulation de la transcription observés dans les cellules cancéreuses avec des mutations de XPB.

Les cellules avec les complexes TFIIH contenant une XPB marquée avec un tag 3Flag-His ont permis de purifier ces complexes, entiers et sous leur forme native, dans le but d’analyser leur structure par cryo-microscopie électronique. L’utilisation de cellules non-adhérentes K562 a facilité la purification des complexes qui exige des quantités importantes de cellules.

Pour en savoir plus : Sandoz J. et al. (2019). Functional interplay between TFIH and KAT2A regulates higher-order chromatin structure and class II gene expression. Nature Communications, 10:1288.

Contact

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Inserm U1154, CNRS UMR7196
Muséum national d'histoire naturelle
43 rue Cuvier
75005 Paris
Région : Île-de-France+33 (0)1 40 79 37 08
tacgene@mnhn.fr
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