Service d’édition génétique de C. elegans (SEGiCel)

Expertise pour la transgénèse et l’édition du génome du ver nématode Cænorhabditis elegans.

Site de la plateforme

Service d’édition génétique de C. elegans (SEGiCel)

Expertise pour la transgénèse et l’édition du génome du ver nématode Cænorhabditis elegans.

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Service d’édition génétique de C. elegans (SEGiCel)

SEGiCel est une plateforme nationale dédiée à la communauté scientifique française. Elle réalise des prestations de transgénèse et d’édition du génome chez le ver nématode Cænorhabditis elegans, en utilisant principalement des technologies de type CRISPR-Cas9.

La mission de la plateforme est de fournir aux chercheurs une expertise de pointe en ingénierie des génomes, tant pour des projets de recherche fondamentale que pour des études précliniques. Une première phase de consultation en amont des projets permet de définir précisément les besoins et de fournir des conseils techniques si nécessaire. SEGiCel accélère et facilite ainsi la mise en œuvre de projets scientifiques par des équipes françaises, tout en minimisant les coûts.

La plateforme réalise tout type de modifications dans le génome de C. elegans grâce à la technologie CRISPR-Cas9 : mutations ponctuelles, délétions de gènes et insertions de séquences, par exemple des knock-in de séquences codantes de protéines fluorescentes. Elle réalise également des transgénèses additives à l'aide d'autres techniques, telles que MosSCI et miniMos.

Expertises et services

Production de lignées de nématodes modifiées par édition du génome CRISPR-Cas9 : mutations ponctuelles, délétions et insertions de séquences,
Production de lignées par transgénèse additive miniMos et MosSCI,
Conseil en conception de stratégies d’édition du génome et de transgénèse additive,
Formation théorique et pratique à l’utilisation de techniques d’édition du génome,
Mise à disposition de protocoles, de vecteurs d’expression et de séquences de protéines d’intérêt (protéines fluorescentes, TurboID, Tir1...).

Moyens et équipements

Système de micro-injection et transgénèse comprenant un microscope inversé, un micro-manipulateur et un micro-injecteur,
Multizoom AZ100 Nikon avec grossissement 5-400x,
Parc de machines de PCR pour le screening moléculaire,
Congélateur à -80C pour le stockage d’échantillons.

<hr>Bordure en brosse intestinale de C. elegans. Projection maximale d’un marquage ERM-1 selon la profondeur. © IGDR, G. Michaux.

<hr>Nématodes C. elegans adultes sur milieu de culture gélosé.

<hr>Enceintes thermostatiques pour la culture de C. elegans.

<hr>Manipulation de C. elegans sous loupe binoculaire.

<hr>Chargement d’une aiguille d’injection pour l’édition du génome par CRISPR-Cas9.

<hr>Poste de micro-injection pour la transgénèse de C. elegans.

<hr>Parc de machines PCR pour le screening moléculaire de modifications réalisées par édition du génome CRISPR-Cas9.

<hr>Préparation de clones pour le screening d’évènements d'édition du génome par PCR.

<hr>Boîte de Petri pour la culture de C. elegans sur milieu gélosé.

Comment soumettre un projet ?

Pour soumettre un projet à SEGiCel, vous pouvez envoyer un mail à l’adresse segicel@univ-lyon1.fr, en décrivant brièvement vos besoins. Si la plateforme est en mesure de prendre en charge votre demande, les objectifs, la faisabilité et les délais de réalisation du projet seront précisés lors d’une visioconférence. Cette étape permettra aussi de définir les choix techniques et de discuter des contraintes expérimentales spécifiques. SEGiCel réalisera ensuite toutes les étapes de fabrication de la lignée souhaitée, incluant le design expérimental, l’approvisionnement des réactifs, les travaux de biologie moléculaire, l’injection des réactifs CRISPR-Cas9, le criblage de candidats, la ségrégation d’homozygotes et la validation par séquençage Sanger de la modification souhaitée.

Exemple d'utilisation

Identification de biomarqueurs pour la maladie des inclusions microvillositaires

La maladie des inclusions microvillositaires (MVID) est l'une des principales maladies héréditaires rares affectant les microvillosités intestinales. Plusieurs gènes perturbant le trafic vers la membrane apicale sont en cause. Les patients porteurs de mutations au niveau de ces gènes présentent une atrophie des microvillosités et souffrent d'une malabsorption sévère.

L'équipe « Dynamique de la polarité épithéliale », dirigée par Grégoire Michaux à l’Institut de génétique et développement de Rennes (IGDR), a été pionnière dans l'étude de la biologie cellulaire intestinale chez C. elegans. Elle est intervenue sur plusieurs projets, dont deux ont été soutenus par la Fondation maladies rares dans le cadre de son appel porté sur le développement de modèles expérimentaux pour les maladies rares.

Ces projets ont utilisé la technologie CRISPR-Cas9, d’abord pour mettre au point un modèle de MVID chez C. elegans, puis pour générer une collection de marqueurs des microvillosités. Grâce aux lignées transgéniques fluorescentes produites par la plateforme SEGiCel, l’équipe de Grégoire Michaux a obtenu des images de microvillosités individuelles réalisées par microscopie super résolutive chez des animaux vivants contrôle ou reproduisant une MVID. Elle a également caractérisé la dynamique de ces protéines par des méthodes de restauration de fluorescence après photoblanchiment (FRAP).

Pour en savoir plus : Bidaud-Meynard A. et al. (2021). High-resolution dynamic mapping of the C. elegans intestinal brush border. Development, 148(23):dev200029.