ProtéoSeine@IJM

ProtéoSeine@IJM réalise des analyses protéomiques de type bottom-up par des approches de type LC-MS/MS sur des protéomes simples ou complexes. Au-delà de l’identification de protéines dans des extraits complexes, la plateforme propose des analyses protéomiques quantitatives relatives (label-free) et sur des échantillons marqués (TMT, SILAC et dérivés).

Pour des projets très spécifiques, ProtéoSeine@IJM prend en charge des analyses protéomiques en quantification absolue. La plateforme caractérise aussi les modifications post-traductionnelles de protéines, avec des applications en glycopeptidomique, analyse structurale et quantitative de glycanes (aminoxy-TMT), phosphoprotéomique ou protéomique redox. Ces activités sont toujours accompagnées d’une activité de conseil et de formation.

Expertises et services

• Conseil, gestion de projets et formation en protéomique,
• Analyse protéomique d’échantillons biologiques variés (tissu et lignée cellulaire humaine ou murine, nématode, drosophile, levure, bactérie, plante) sur sérum, plasma, LCR, urine, salive et extraits tissulaires (foie, pancréas, intestin, cerveau, os, dent),
• Préparation des échantillons : précleaning par migration électrophorétique courte en SDS-PAGE, digestion protéolytique (trypsine, Lys-C, Glu-C), extraction, dessalage de peptides,
• Quantification des variations d’abondance protéique par des approches label-free ou sur des échantillons marqués in vivo (SILAC et dérivés),
• Marquage isotopique d’échantillons in vitro (quantification TMT) à la demande,
• Interrogation de bases de données et analyse pour la quantification de protéomes,
• Aide à l’interprétation des résultats.

Moyens et équipements

• Spectromètre de masse Orbitrap Fusion ETD permettant le portage de projets complexes, y compris l’analyse de protéines intactes,
• 2 Orbitrap Q Exactive Plus consacrés aux analyses de routine,
• MALDI-TOF/TOF 4800+ AB Sciex pour l’analyse rapide d’échantillons,
• Robot Hamilton STARlet pour la préparation de grandes séries d’échantillons,
• Chaines nanoLC Dionex RSLC U3000, Proxeon 1000 et Proxeon 1200 pour la séparation de peptides en couplage LC-MS/MS,
• Cluster de calcul Alineos 12 processeurs, 64 cœurs et NAS 2 x 96 To,
• Licences de site pour les outils informatiques Proteome Discoverer (intégration de données), Mascot, Peaks (recherche en banque de données de séquences), Progenesis QI (quantification label-free), Byonic (caractérisation de glycopeptides) et ProSight PTM (analyse top-down).

Comment soumettre un projet ?

Pour contacter ProtéoSeine@IJM, envoyez un mail à l’adresse spectrodemasse@ijm.fr. Un premier rendez-vous vous sera proposé afin de discuter de votre projet et déterminer les meilleures conditions de préparation des échantillons.

ProtéoSeine@IJM fonctionne depuis des années sur un mode « premier arrivé, premier servi », modèle applicable selon la taille des projets. Elle répartit la charge de travail sur les différents instruments en fonction de la nature des analyses à réaliser. Généralement, un deuxième rendez-vous est fixé pour le dépôt des échantillons. Les résultats sont rendus dans un délai maximum de 15 jours. L’équipe de la plateforme est à votre disposition pour vous accompagner dans le suivi et l’interprétation des résultats.

Exemple d'utilisation

Mise au point d'une nouvelle méthode de marquage métabolique des protéomes par réduction de leur complexité isotopique

ProtéSeine@IJM a développé et validé une méthode innovante de marquage métabolique (SLIM-labeling) reposant sur la possibilité d'enrichir in vivo les acides aminés, et donc les protéines, en atomes de carbone légers (¹²C). Le marquage SLIM présente de nombreux avantages pour l’analyse par spectrométrie de masse. Il utilise un précurseur métabolique des acides aminés ne comprenant que des atomes de carbone légers pour assurer la réduction in vivo de la composition isotopique des protéines, apportant une nouvelle dimension à la protéomique quantitative en termes de profondeur d'analyse et de résolution.

ProtéSeine@IJM a décrit cette stratégie de marquage en utilisant l’U-[¹²C]-glucose comme précurseur métabolique des acides aminés au sein de la levure pathogène Candida albicans. L'intensité des ions monoisotopiques augmente de manière exponentielle après l'enrichissement en ¹²C, améliorant considérablement les scores d'identification des peptides et la couverture de la séquence des protéines dans les analyses bottom-up. Le multiplexage d'échantillons avec des composition en ¹²C variant de l'abondance naturelle (98,93%) à 100% permet de résoudre les problèmes de quantification relative, en conservant toutes les informations critiques pour chaque peptide au sein d'un seul massif isotopique.

Cette méthode a été appliquée pour mesurer, pour la première fois, la demi-vie des protéines à l'échelle du protéome chez Candida albicans et sa modulation par les inhibiteurs des systèmes de dégradation du protéasome et des protéines vacuolaires.

Pour en savoir plus : Léger T. et al. (2017). A simple light isotope metabolic labeling (SLIM-labeling) strategy: a powerful tool to address the dynamics of proteome variations in vivo. Molecular and Cellular Proteomics, 16(11):2017-2031.

Contact

ProtéoSeine@IJM
Institut Jacques Monod
15 rue Hélène Brion
75013 Paris
Région : Île-de-France+33 (0)1 57 27 81 82
spectrodemasse@ijm.fr
Site de la plateforme

THÉMATIQUES : Protéomique

RESPONSABLES SCIENTIFIQUES :
Jean-Michel Camadro

RESPONSABLES QUALITÉ :
Véronique Legros

TUTELLES : CNRS, Université Paris Cité

LABELLISATION IBiSA : 2017

MOTS CLÉS : Protéomique, Couplage LC-MS/MS, Analyse bottom-up, Quantification label-free, Marquages isotopiques, Marquages métaboliques, Modifications post-traductionnelles, Biologie computationnelle, Bioinformatique, Recherche et développement, Analyse top-down

Fiche mise à jour en 2021

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