Protéomique Toulouse (ProteoToul)

Protéomique et spectrométrie de masse : des technologies de haute performance pour explorer le monde des protéines.

Site de la plateforme

Protéomique Toulouse (ProteoToul)

Protéomique et spectrométrie de masse : des technologies de haute performance pour explorer le monde des protéines.

Site de la plateforme

Protéomique Toulouse (ProteoToul)

Créée en 2001, la plateforme ProteoToul repose sur l'expertise en spectrométrie de masse des chercheurs de l'Institut de pharmacologie et de biologie structurale (IPBS, UMR 5089) de Toulouse. Elle dispose d’une instrumentation en spectrométrie de masse de dernière génération et d’outils bioinformatiques à la pointe du domaine.

ProteoToul propose aux communautés scientifiques académiques et industrielles une gamme diversifiée d’analyses de protéines issues d’échantillons variés : cultures cellulaires, tissus, fluides biologiques, plantes… Son personnel expert accompagne les projets de R&D au travers d’un service allant de la prestation ponctuelle à la collaboration de recherche.

La plateforme est adossée à l’équipe de recherche en protéomique et spectrométrie de masse des biomolécules de l’IPBS, qui fait partie de l’infrastructure nationale de protéomique, ProFI. Les activités de recherche menées dans ce contexte lui permettent de bénéficier d’outils bioinformatiques dédiés et de stratégies optimales d’analyse protéomique à large échelle, d'analyse protéomique ciblée et de spectrométrie de masse structurale.

Expertises et services

Identification et quantification de protéines dans des mélanges complexes,
Identification des partenaires de complexes protéiques et interactomique,
Analyse des modifications post-traductionnelles des protéines,
Quantification ciblée de protéines d’intérêt,
Caractérisation de protéines purifiées,
Analyse bioinformatique de données protéomiques.

Moyens et équipements

Couplages nanoLC-MS/MS :

timsTOF SCP,
Orbitrap Exploris 480 avec module FAIMS,
Orbitrap Fusion Tribrid,
Orbitrap Q Exactive Plus,
Orbitrap Velos avec module ETD.

Spectrométrie de masse structurale :

Synapt G2Si,
Robot de préparation d'échantillons pour HDX,
Module d'injection automatisé (Advion).

Boinformatique :

66 serveurs pour le traitement des données,
Grappe de serveurs composée de 8 nœuds,
Système de stockage de données avec miroir (2 x 500 To).

<hr>Serveurs d’interrogation et de stockage pour l’analyse et le traitement de données protéomiques sur la plateforme.

<hr>Laboratoire de spectrométrie de masse.

<hr>Spectromètre de masse haute résolution avec ETD pour l’analyse de mélanges protéiques complexes et modifications post-traductionnelles.

<hr>Injection d’un échantillon dans le spectromètre de masse avec une source d’ionisation par nano-électrospray.

<hr>Couplage nanoLC-MS/MS haute résolution pour l’analyse globale ou ciblée de mélanges protéiques très complexes.

<hr>Spectromètre de masse et robot de préparation d’échantillons pour l’analyse structurale de complexes protéiques par HDX-MS et MS native.

<hr>Source électrospray d’un spectromètre de masse.

Comment soumettre un projet ?

Les demandes sont centralisées sur le portail de l’infrastructure nationale de protéomique, ProFI, sous la rubrique « Analysis request ». Après avoir créé un compte, suivez les instructions. Vous pourrez sélectionner le site de Toulouse avant d'envoyer votre demande. A réception de celle-ci, la plateforme vous recontactera pour discuter de votre projet et convenir avec vous des analyses à effectuer et des conditions de leur réalisation. Pour une prise de contact et des renseignements en amont d'une demande, vous pouvez contacter la plateforme par téléphone ou par mail à l’adresse proteotoul@ipbs.fr.

Exemple d'utilisation

Etude de la fonte musculaire chez des patients atteints de pathologies rénales ou cancers

L'équipe de Daniel Taillandier au Centre de recherche en nutrition humaine (INRAE, Université d’Auvergne) à Clermont-Ferrand, a fait appel à la plateforme ProteoToul pour un projet de recherche à visée clinique. L’étude avait pour objectif de comprendre les mécanismes moléculaires expliquant la fonte musculaire chez des patients atteints de pathologies rénales ou de cancers, car elle en est un facteur aggravant.

Les échantillons de trois groupes de patients (contrôle, cancer bronchique et hémodialyse chronique) ont été analysés par protéomique quantitative globale sans marquage des protéines. Les extraits protéiques cytoplasmiques ont été obtenus à partir des biopsies musculaires prélevées chez les différents groupes de patients.

Les résultats obtenus ont permis d’identifier et de quantifier plus de 1 700 protéines dont plus de 200 avec une différence d’abondance significative pour les deux groupes de patients ayant une pathologie par rapport au groupe contrôle. Une analyse fonctionnelle des données a montré que plusieurs voies métaboliques étaient affectées pour les deux types de pathologies, suggérant l’existence chez les patients d’un processus lié à l’atrophie musculaire indépendant des pathologies.

Pour en savoir plus : Aniort J. et al. (2019). Muscle wasting in patients with end-stage renal disease or early-stage lung cancer: common mechanisms at work. Journal of Cachexia Sarcopenia Muscle, 10(2):323-337.