Proteom’IC

Une compétence reconnue en analyse protéomique, depuis l’extraction des protéines jusqu’à l'analyse statistique et fonctionnelle des données.

Site de la plateforme

Proteom’IC

Une compétence reconnue en analyse protéomique, depuis l’extraction des protéines jusqu’à l'analyse statistique et fonctionnelle des données.

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Proteom’IC

Proteom’IC est une plateforme d’analyse protéomique à vocation de recherche. Elle réalise des analyses protéomiques et des analyses fonctionnelles multi-omics pour des équipes de recherche fondamentale mais aussi, du fait de sa localisation au sein d’une université orientée santé et à proximité de centres hospitaliers, pour des équipes de recherche biomédicale ou clinique. Chaque année, elle effectue par ailleurs plusieurs études pour des sociétés privées.

La plateforme possède une grande expertise dans l’analyse quantitative globale et développe des méthodes pour la quantification absolue des protéines à haut débit. Elle prend en charge in extenso les analyses qui lui sont confiées, depuis la préparation des échantillons pour l’analyse nanoLC-MS/MS, jusqu’aux analyses statistiques et fonctionnelles des données et réseaux biologiques. Elle réalise également des analyses fonctionnelles à partir de données de transcriptomique et de métabolomique. Proteom’IC mène une veille technologique permanente pour offrir à ses utilisateurs les méthodes d’analyse les plus performantes. La plateforme est renommée pour ses compétences en préparation et en analyse de protéomes de cellules sanguines normales ou pathologiques.

Expertises et services

Analyse protéomique quantitative globale : quantification relative ou en valeur absolue selon le modèle ou tissu étudié (dont secrétômes et vésicules),
Analyse protéomique des partenaires protéiques de molécules appâts par Co-IP, AP-MS, BioID,
Recherche de modifications post-traductionnelles dans des protéomes totaux ou sur des protéines purifiées : acétylations, phosphorylations, N-glycosylations et autres modifications,
Identification et caractérisation de protéines purifiées en solution ou contenues dans des gels d’acrylamide,
Analyse statistique des données obtenues,
Analyse fonctionnelle de données de protéomique, transcriptomique et métabolomique,
Formation et mise à disposition de logiciels informatiques pour les analyses fonctionnelles,
Conseil et développement en microanalyse de protéines par nanoLC-MS/MS.

Moyens et équipements

Spectromètres de masse : timsTOF HT et timsTOF Pro (Bruker), Orbitrap Tribrid Fusion et Orbitrap Q Exactive Plus (Thermo Scientific),
4 chaines analytiques en C18 acide U3000 RSLC (Thermo Scientific) couplées aux spectromètres de masse pour les séparations nanochromatographiques,
2 systèmes de séparation chromatographique AKTA (Cytiva) pour la séparation et le fractionnement des protéines ou peptides,
Matériel de packing pour la fabrication de colonnes à façon,
Systèmes de séparation électrophorétique par minigel 1D,
Logiciels et équipement informatique pour l’analyse des données de protéomique, l'identification et la quantification de protéines, et les analyses statistiques,
Ordinateur et logiciels d’analyse fonctionnelle pour les données de protéomique, transcriptomique et métabolomique.

<hr>Laboratoire de préparation des échantillons pour la digestion enzymatique de protéines en peptides.

<hr>Paillasse de conditionnement des échantillons après digestion enzymatique et avant injection en nanoLC-MS.

$<hr>Plateau de la station ProBot dédiée à la collecte de fractions chromatographiques et leur dépôt sur cibles MALDI.$ <hr>Chaîne d'analyse nanoLC-ESI-MS pilotée par informatique.

<hr>Chaîne d'analyse nanoLC-ESI-MS pilotée par informatique.

<hr>Dispositif automatisé de prélèvement d’échantillons par le chromatographe à ultra-haute performance.

<hr>Dispositif d'électronébulisation (source ESI) permettant la formation d’ions issus de la chromatographie liquide et leur « inspiration » par le spectromètre.

<hr>Aiguille d’ionisation nanoESI nébulisant la sortie de chromatographie vers l’entrée du spectromètre.

<hr>Chaînes d'analyse pilotées par informatique avec nanoLC et spectromètres de masse timsTOF Pro.

Comment soumettre un projet ?

Pour faire appel à la plateforme Proteom’IC, vous pouvez envoyer un mail à l’adresse u1016-proteomique@inserm.fr, en décrivant brièvement votre projet. Si votre demande est acceptée, vous serez convié à un rendez-vous pour présenter le projet à la plateforme dans un délai inférieur à trois semaines. Le projet sera mis en œuvre s’il est jugé réalisable et scientifiquement recevable lors de cet entretien. Les délais et les coûts seront estimés au cours de la réunion.

Une fiche projet résumant la demande et décrivant les moyens mis en œuvre sera rédigée par la plateforme pour validation par les deux parties. Vous réaliserez alors les expérimentations nécessaires à la production des échantillons. Ces derniers seront renseignés dans la fiche projet et envoyés à la plateforme pour analyse. Une charte régit les modalités d’exécution et d’échange des données. Quel que soit le cadre des travaux (collaboration ou prestation de service), chaque projet fait l’objet d’une facturation pour participation aux frais d’exécution.

Dans la très grande majorité des cas, Proteom’IC prend en charge la totalité des analyses à partir du matériel biologique fourni, depuis la préparation des échantillons jusqu’à la mise en forme des résultats, leur analyse statistique lorsque le nombre de répliquas le permet (n=5 minimum conseillé) et leur analyse fonctionnelle. La plateforme accompagne également les équipes de recherche dans la publication d’articles scientifiques.

Exemple d'utilisation

Analyse protéomique globale en valeur absolue

La plateforme Protéom’IC a mis en place une technique d’analyse sans marquage (label-free) offrant la possibilité de réaliser des quantifications relatives et absolues. Cette technique a permis d’identifier plus de 7 500 protéines et de quantifier plus de 6 100 protéines au cours de la différenciation érythroïde humaine, depuis le stade de progéniteur engagé, BFU-E, jusqu’au dernier stade de la différenciation avant énucléation. Cette avancée majeure dans l’étude et la compréhension de ce mécanisme de différenciation a mis en évidence l’expression de nouveaux acteurs potentiels de l’érythropoïèse humaine.

Par implémentation de la quantification absolue globale grâce un étalon interne présent dans la plupart des cellules, les histones, les ingénieurs de la plateforme ont pu mesurer en nombre de copies par cellule la gamme d’expression des protéines au cours de la différenciation érythroïde. Elle s’étend sur 7 logs, allant de protéines exprimées en quelques dizaines de copies à des protéines comme les hémoglobines exprimées en plusieurs centaines de millions de copies par cellule. Protéom’IC a depuis transposé cette technique aux globules rouges circulants, en utilisant cette fois l’hémoglobine et la BAND3 comme étalons internes.

Pour en savoir plus : Gautier E.-F. et al. (2018). Absolute proteome quantification of highly purified populations of circulating reticulocytes and mature erythrocytes. Blood Advances, 2(20):2646-2657.