Protein science facility (PSF)

Une large gamme de prestations de service, d’équipements et d’expertises liés à l’ingénierie des protéines : protéomique, biochimie préparative et biologie structurale.

Site de la plateforme

Protein science facility (PSF)

Une large gamme de prestations de service, d’équipements et d’expertises liés à l’ingénierie des protéines : protéomique, biochimie préparative et biologie structurale.

Site de la plateforme

Protein science facility (PSF)

La plateforme PSF propose des analyses protéomiques sous la forme de prestations de service ou de collaborations. Elle rassemble deux entités localisées au sein de la SFR BioSciences à Gerland (Lyon Sud) et de l’Institut des sciences analytiques (ISA) à la Doua (Lyon Nord). Equipé de dix spectromètres, le service de spectrométrie de masse développe à la fois des protocoles analytiques et des études qualitatives. 90% des prestations sont réalisées sur le site de PSF-Gerland, de l’analyse jusqu’à l’interprétation et la validation statistique des résultats.

La plateforme propose également d’autres approches d’ingénierie des protéines, comprenant notamment la production de protéines recombinantes, leur caractérisation par cristallographie ou diffusion de la lumière, la caractérisation de leurs interactions intermoléculaires par SPR ou BLI... Son offre s’étend sur différents niveaux : prestations de service, mise à disposition d’équipements ou projets collaboratifs.

Expertises et services

Identification de protéines par spectrométrie de masse (LC-MS/MS),
Caractérisation de modifications post-traductionnelles,
Quantification relative de protéines par marquage isotopique (iTRAQ, TMT, SILAC) ou sans marquage (label-free),
Mesure de la masse exacte de petites molécules, oligonucléotides, polymères de synthèse et protéines,
Spectrométrie de masse native,
Quantification absolue de protéines,
Dosage multiplexé ciblé de panels de protéines,
Mesure de la mobilité ionique,
Spectrométrie de masse par fragmentation par photodissociation laser,
Production et purification de protéines recombinantes,
Caractérisation de protéines purifiées : analyse biophysique et d’interactions moléculaires (CD, SEC-MALS, DLS, Typhoon, BLItz), étude structurale 3D (cristallographie aux rayons X, cryomicroscopie).

Moyens et équipements

Spectromètres de masse :

Q Exactive HF (Thermo Scientific) : source nanospray, analyseur quadripôle Orbitrap,
Voyager DE Pro (Sciex) : source MALDI, analyseur TOF,
LTQ Velos (Thermo Scientific) : source nanospray, analyseur pièges à ions,
4 spectromètres de masse ESI triple quadripôle - géométrie QTrap (Sciex),
Spectromètre de masse ESI Q Exactive Orbitrap (Thermo Scientific),
Spectromètre de masse ESI LTQ Velos couplé à la photodissociation laser (Thermo Scientific),
Montage expérimental ESI mobilité ionique - spectrométrie de masse.

Chromatographie liquide :

2 nanoLC RSLC (Thermo Scientific),
3 systèmes de purification de protéines FPLC AKTA Pure et Purifier (Cytiva),
HPLC HP1100 (Agilent),
HPLC UltiMate 3000 (Thermo Scientific).

Robotique :

Robot de cristallisation nanopipeteur Mosquito (SPT Labtech),
2 robots de visualisation RI (Formulatrix) et Xtal Focus (Explora Nova),
Synthétiseur de peptides en phase solide Liberty One (CEM),
2 robots pipeteurs (Beckman),
Robot BioSprint 15 (Qiagen).

Autres équipements :

Jess (Protein Simple),
Typhoon fluo-phosphoimager (Cytiva),
BLItz (Pall ForteBio),
Biacore T200 (Cytiva),
Spectromètre de dichroïsme circulaire Chirascan (Applied Photophysics),
Appareil de diffusion dynamique de la lumière DLS NanoS (Malvern),
Appareil de diffusion de la lumière multiangles SEC-MALS (Wyatt).

<hr>Aiguille nanoélectrospray devant le capillaire d’entrée du spectromètre de masse Q Exactive HF (Thermo Scientific).

<hr>Spectromètre de masse haute résolution Q Exactive HF couplé à une nanoRSLC (Thermo Scientific).

<hr>Source d’ionisation nanoélectrospray Ionflex sur le spectromètre de masse Q Exactive HF (Thermo Scientific).

<hr>Modèle 3D d'une protéine de Dickeyia dadantii.

<hr>Purification de protéines sur AKTA Pure (Cytiva).

<hr>Cristal de protéine obtenu avec un précipitant PEG.

<hr>Analyse SDS PAGE de la purification d’une protéine recombinante.

<hr>Structure cristalline d'une protéine en complexe avec du fer.

<hr>Cristaux d’un effecteur protéique bactérien.

<hr>Congélation de cristaux dans de l’azote liquide.

<hr>Préparation de plaques de cristallisation.

<hr>Robot de cristallisation Mosquito (SPT Labtech).

<hr>Fermeture d’une plaque de cristallisation à l’aide d’un film.

<hr>Visualisation d’une plaque de cristallisation à l’aide du robot RockImager (Formulatrix).

<hr>Cristaux de protéines de Streptococcus pneumoniae.

<hr>Expression de protéines par des bactéries Escherichia coli.

<hr>Kit de marquage isotopique TMT 10-plex (Thermo Scientific).

Comment soumettre un projet ?

Pour toute demande de formation, de prestation ou de collaboration, vous pouvez contacter la plateforme par mail à l’adresse protein.science@ibcp.fr en décrivant brièvement votre projet. Il vous sera ensuite demandé de remplir un dossier détaillant le contexte scientifique et les objectifs du projet, ainsi que les caractéristiques techniques du matériel biologique fourni à la plateforme.

En fonction de la nature et de l’ampleur du projet, le dossier pourra être transmis à un conseil scientifique constitué des ingénieurs de la plateforme et de chercheurs spécialisés dans les domaines considérés. Si votre dossier est sélectionné, vous serez alors invité à remplir une fiche projet et une fiche échantillon détaillée permettant à la plateforme de démarrer les analyses.

Pour une demande de mise à disposition d’équipements sur lesquels les utilisateurs ont déjà reçu une formation validée, vous pouvez effectuer une réservation en ligne. Le personnel de la plateforme sera présent pour fournir les consommables, apporter des conseils et son assistance.

Exemple d'utilisation

Résistance aux antibiotiques et quantification relative par LC-MS/MS

L’équipe de Christian Lesterlin du laboratoire Microbiologie moléculaire et biochimie structurale (MMSB) a contacté la plateforme PSF dans le cadre d’un projet lié à la résistance bactérienne aux antibiotiques. La dissémination de cette résistance est principalement due au mécanisme de transfert de plasmides par conjugaison bactérienne, rendant inefficaces les traitements qui visent à combattre les infections.

L’étude a porté sur l’acquisition de la résistance à la tétracycline chez Escherichia Coli, antibiotique se liant aux ribosomes et bloquant la synthèse protéique. Les premiers résultats obtenus au sein de l’équipe à l’aide de la visualisation en temps réel par microscopie à fluorescence ont montré de manière surprenante que la synthèse protéique s’effectue toujours malgré la présence de tétracycline et ce, grâce à l’activité de la pompe d’efflux multidrogue AcrAB-TolC.

A l’aide de souches wt et mutantes de la pompe AcrAB-TolC, les ingénieurs de la plateforme ont alors conduit des analyses LC-MS/MS par une approche de quantification relative après marquage chimique isobarique. Ils ont ainsi identifié les protéines sur ou sous-représentées et défini les compartiments cellulaires où elles sont régulées en réponse au stress induit par la tétracycline.

Pour en savoir plus : Nolivos S. et al. (2019). Role of AcrAB-TolC multidrug efflux pump in drug-resistance acquisition by plasmid transfer. Science, 364(6442):778-782.