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Analyse de systèmes biologiques à l’aide de technologies de pointe de génomique et microgénomique pour répondre à des problématiques de santé, bioproduction, biosécurité et sciences environnementales.

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ProfileXpert offre à la communauté scientifique publique et privée des ressources et une expertise technologique en génomique, enrichie de manière continue grâce à ses activités de recherche interne et partenariale. La plateforme utilise principalement les technologies de séquençage de nouvelle génération appliquées à différents types d’échantillons (tissus fixés, biopsies liquides, cellules uniques...) pour répondre à diverses problématiques en cancérologie, infectiologie, pharmacologie-toxicologie, physiologie et neurosciences.

Les services offerts par la plateforme vont de la préparation des échantillons à l’analyse bioinformatique des données. Elle est spécialisée dans l’analyse d’échantillons complexes (fixés, en petite quantité, hétérogènes…) et dans l’étude de cellules uniques (single cell).

Expertises et services

Analyse transcriptomique,
Analyse de génomique structurale,
Analyse de méthylome et métagénome,
Analyse génomique et transcriptomique sur cellule unique,
Analyse bioinformatique de données,
Séquençage en courts et longs fragments,
Reconstruction de génomes,
Analyse d’échantillons fixés et paraffinés (FFPE),
Détection de pathogènes dans des produits biotechnologiques.

Moyens et équipements

Séquenceurs de 2^e génération : HiSeq 2500, MiSeq, NextSeq 500 (Illumina),
Séquenceur de 3^e génération : MinION (Oxford Nanopore),
Isolement et analyse génomique en cellules uniques : système C1 (Fluidigm), DEParray (Silicon Biosystems), microdissecteur laser PixCell II (Arturus),
Scanner iScan (Illumina),
Serveur informatique (HP).

<hr>Cluster d’analyse informatique (HP).

<hr>Microdissecteur laser Pixcell II (Arturus).

<hr>Appareil DEParray (Silicon Biosystems) pour le tri de cellules rares et l’analyse en single cell.

<hr>Fragment Analyzer (AATI) pour l’analyse qualitative d'acides nucléiques.

<hr>Présentation sous forme de clustering de la signature transcriptomique de 100 cellules uniques isolées par la technologie C1.

<hr>Scanner iScan (Illumina) pour l’analyse du méthylome et du génome.

Comment soumettre un projet ?

Pour soumettre un projet à ProfileXpert, contactez la plateforme par mail à l’adresse contact@profilexpert.fr ou à partir du site internet. Un chargé de projet vous recontactera pour vous proposer un rendez-vous, sur site ou téléphonique, afin de discuter du cahier des charges relatif à votre analyse. Dans le cas où la plateforme peut répondre au cahier des charges, un devis vous sera envoyé dans les 3 à 4 jours suivant la réunion.

Lorsque vous accepterez le devis, un descriptif de la prestation à signer vous sera transmis, précisant les étapes de l’analyse, le dessin expérimental, les analyses statistiques à réaliser... Des guidelines pour l’envoi des échantillons vous seront également fournies. Le délai de traitement des projets est en moyenne de 8 à 10 semaines après réception du bon de commande et des échantillons. Les livrables incluent un rapport qualité, un rapport d’analyse des données et les fichiers bruts de séquençage ou puces.

Exemple d'utilisation

Analyse de précurseurs de neurones par analyse du transcriptome en single cell

Olivier Raineteau de l’Institut cellule souche et cerveau (SBRI) de Lyon travaille sur les cellules souches du cerveau, le développement et la réparation cérébrale. Il a contacté la plateforme ProfileXpert pour étudier le lignage de précurseurs de cellules glutamatergiques durant la corticogenèse par une approche de sc-RNAseq (single cell). Cette analyse a été réalisée grâce au système C1 de Fluidigm.

Pour en savoir plus : Donega V. et al. (2018). Transcriptional dysregulation in postnatal glutamatergic progenitors contributes to closure of the cortical neurogenic period. Cell Reports, 22(10):2567-2574.

Contact

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Faculté de médecine et pharmacie
8 avenue Rockefeller
69373 Lyon
Région : Auvergne-Rhône-Alpes+33 (0)4 78 77 28 42
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