POPS
Une expertise en transcriptomique végétale, incluant l’analyse bioinformatique et statistique des données, pour un service intégré à façon par l’utilisation du séquençage à haut débit d’ARN, renforcé par le développement constant de nouvelles approches et technologies.
POPS
Une expertise en transcriptomique végétale, incluant l’analyse bioinformatique et statistique des données, pour un service intégré à façon par l’utilisation du séquençage à haut débit d’ARN, renforcé par le développement constant de nouvelles approches et technologies.
POPS
POPS est la plateforme de transcriptomique des plantes de Paris-Saclay localisée à l'institut de science des plantes Paris-Saclay (IPS2). Elle offre une expertise pour le développement de l’analyse du transcriptome chez les végétaux par l’utilisation du séquençage à haut débit d’ARN (RNA-Seq).
La plateforme est impliquée dans de nombreux projets de recherche et réalise des analyses de transcriptome en collaboration avec des laboratoires partenaires. Ses experts conseillent les utilisateurs sur les technologies à utiliser en tenant compte de leurs contraintes et établissent des plans d’expérience efficaces. Leur savoir-faire s’étend de la préparation des échantillons à l’analyse bioinformatique et statistiques des données.
La versatilité de la plateforme POPS se traduit par la diversité des organismes végétaux, la nature et le nombre d’échantillons par projet pouvant être pris en charge. La gamme d’analyse proposée s’enrichit grâce aux activités de développement de la plateforme qui lui permettent de proposer des approches de transcriptomique toujours plus innovantes.
Expertises et services
- Conception de projets et établissement de plans d’expérience,
- Analyse transcriptomique orientée ou non des ARNs polyadenylés (brin codant),
- Analyse des petits ARNs : miRNA, siRNA…
- Analyse orientée des ARNs non polyadenylés (déplétion),
- Microtranscriptomique ou séquençage de très faibles quantités d’ARN (à partir de 75 pg),
- Métatranscriptomique ou séquençage du transcriptome de plusieurs espèces à partir d’un même échantillon,
- Analyse d’empreintes,
- Analyse à l’échelle de la cellule unique,
- Séquençage long reads permettant un assemblage hybride de novo,
- Analyse bioinformatique et statistique des données générées,
- Soumission des données aux bases de données CATdb (base de données interne) et GEO (base de données internationale du NCBI),
- Aide à l’interprétation et à la valorisation des résultats.
Moyens et équipements
- Chromium 10x Genomics,
- MinION Oxford Nanopore,
- NextSeq 500 Illumina,
- Accès aux séquenceurs (HiSeq 4000, NovaSeq…) du Genoscope-CEA,
- Biomek FX Beckman,
- PippinHT SageScience,
- 2 Bioanalyzer Agilent,
- CLARIOstar BMG Labtech,
- NanoDrop Labtech,
- Qubit Life Technologies,
- M220 Covaris LGS Genomics,
- 2 serveurs Dell.
Comment soumettre un projet ?
Pour soumettre un projet à la plateforme POPS, vous pouvez envoyer un mail à pops.ips2@universite-paris-saclay.fr en décrivant brièvement votre projet. Après une première prise de contact permettant d’étudier la faisabilité du projet, une réunion téléphonique ou sur site vous sera proposée, afin de définir vos objectifs et vos questions biologiques, d’établir un plan d’expérience... Les collaborateurs et experts concernés de la plateforme seront présents à cette réunion. Le délai de réalisation des projets varie selon le type d’analyse, le nombre d’échantillons et le taux d’occupation de la plateforme. Il est en moyenne de trois mois pour un projet d’analyse transcriptomique des ARNs messagers de 24 échantillons.
Exemple d'utilisation
Analyse transcriptomique de plantes non modèle aux champs
Les équipes de Marc-André Selosse au MNHN et à l’Université de Gdansk en Pologne sont spécialisées dans l’évolution des plantes (autotrophie, mixotrophie, mycohétérotrophie), notamment des orchidées européennes. Afin de disposer de données sur leur physiologie, les chercheurs ont contacté la plateforme POPS pour effectuer une analyse transcriptomique de ces plantes, non cultivables en laboratoire et pour lesquelles aucun génome n’est disponible.
Avec les chercheurs, les experts de la plateforme ont établi les conditions de prélèvement des échantillons sur le terrain et d’extraction des ARNs. Ils ont ensuite analysé 20 échantillons de 3 espèces : construction des banques de séquençage Illumina, séquençage, assemblage et annotation d’un transcriptome de référence de novo par espèce, analyse d’orthologie et analyse statistique. Ce travail a été publié et sert à un nouveau projet incluant près de 300 échantillons et 10 espèces prélevées sur le terrain. Les technologies de séquençage Illumina et Oxford Nanopore sont déployées conjointement sur la plateforme.
Pour en savoir plus : Lallemand F. et al. (2019). In situ transcriptomic and metabolomic study of the loss of photosynthesis in the leaves of mixotrophic plants exploiting fungi. Plant Journal, 98(5):826-841.
Contact
POPS
Institut de sciences des plantes
Bâtiment 630, rue de Noetzlin
Plateau du Moulon
91160 Gif-sur-Yvette
Région : Île-de-France
+33 (0)1 69 15 77 19
pops.ips2@universite-paris-saclay.fr
Site de la plateforme
THÉMATIQUES : Bioinformatique, bases de données, Génomique, transcriptomique
RESPONSABLES SCIENTIFIQUES :
Etienne Delannoy
RESPONSABLES TECHNIQUES :
Etienne Delannoy
RESPONSABLES QUALITÉ :
Cécile Guichard
TUTELLES : INRAE
INFRASTRUCTURES NATIONALES : France Génomique
LABELLISATION IBiSA : 2008
MOTS CLÉS : Transcriptomique végétale, RNA-Seq, Plante, Single cell, Long reads, Microtranscriptomique, Empreintes, Footprinting, small RNA-Seq, Petits ARNs, Séquençage ARN, NextSeq 500, Chromium, MinION, Statistiques, Analyse différentielle, Co-expression, Bioinformatique
Fiche mise à jour en 2022
