Plateforme de séquençage de l’I2BC (PSI2BC)
Une expertise et des technologies de pointe en séquençage à haut débit pour la génomique, l’épigénomique, la transcriptomique et l’épitranscriptomique.
Plateforme de séquençage de l’I2BC (PSI2BC)
Une expertise et des technologies de pointe en séquençage à haut débit pour la génomique, l’épigénomique, la transcriptomique et l’épitranscriptomique.
Plateforme de séquençage de l’I2BC (PSI2BC)
Localisée depuis 2010 au sein de l’Institut de biologie intégrative de la cellule (I2BC), la plateforme PSI2BC est accessible à l’ensemble de la communauté scientifique, académique et industrielle. Elle prend en charge l’intégralité des prestations qui lui sont confiées, de la préparation des librairies et du séquençage à l’analyse primaire des données.
La plateforme propose à ses utilisateurs une large gamme de techniques pour la préparation de banques d’ADN ou d’ARN et pour leur séquençage avec la technologie Illumina ou Oxford Nanopore Technologies (ONT). Elle mène également des analyses bioinformatiques diverses (cartographie, expression différentielle des gènes...) définies en accord avec les utilisateurs en début de projet. Pour les projets complexes, des analyses bioinformatiques plus poussées peuvent être réalisées dans le cadre de collaborations.
Expertises et services
- Construction de banques Illumina : DNA-Seq, ChIP-Seq, RNA-Seq, small RNA-Seq, miRNA-Seq,
- Construction de banques ONT : DNA-Seq, RNA-Seq (cDNA), RNA-Seq (ARN direct),
- Construction de banques RNA-Seq single cell (10x Genomics),
- Séquençage Illumina (NextSeq) et ONT (GridION),
- Analyse bioinformatique : assemblage de génomes (Illumina, ONT, hybride : Illumina + ONT), recherche de variants génomiques (SNP, indels, remaniements chromosomiques), expression différentielle de gènes, analyse single cell RNA-Seq, détection de bases modifiées par séquençage ONT d’ADN ou d’ARN direct (en développement),
- Mise au point personnalisée et en collaboration de protocoles de séquençage et d’analyses bioinformatiques.
Moyens et équipements
- Séquenceurs Illumina NextSeq 550 et NextSeq 2000,
- Séquenceur ONT GridION,
- 10x Genomics Chromium Controller,
- Bioanalyzer Qubit,
- Cluster de calcul (I2BC),
- 2 stations de travail,
- 2 serveurs de sauvegarde en back-up dans des bâtiments séparés.
Comment soumettre un projet ?
Pour soumettre un projet à PSI2BC, vous devez contacter la plateforme par téléphone ou par mail à l'adresse i2bc-sequencage@i2bc.paris-saclay.fr en expliquant aussi clairement que possible votre projet de séquençage. La plateforme déterminera alors si elle est en mesure de prendre en charge le projet. Une réunion sera organisée pour préciser certains détails, analyser le projet (réplicats, nombre d’échantillons, contrôles, génome de référence...) ou planifier la réalisation des expériences. Vous devrez ensuite compléter une fiche de prestation. La plateforme vous enverra un devis ainsi qu’une fiche échantillon. La prestation démarrera après réception du devis signé et des échantillons correctement annotés selon la fiche.
Exemple d'utilisation
Développement d’un protocole amélioré pour le séquençage de petits ARNs
Karine Alix, du laboratoire Génétique évolutive et amélioration des plantes (GEAPP) à Gif-sur-Yvette a contacté la plateforme PSI2BC pour le séquençage de micro-ARNs (miARNs) chez le colza. Cette opération est techniquement délicate car ces ARNs portent une modification à l’extrémité 3’ (2’OMe) qui réduit fortement l’efficacité d’une étape clé dans la préparation d’une banque pour le séquençage. La détection des miARNs chez les plantes par les protocoles classiques est donc peu efficace. Pour pallier à ce problème, la plateforme a mené une étude comparative des protocoles existants et mis au point un protocole pour une détection plus fiable et plus sensible des différents miARNs et notamment des ARNs modifiés.
Pour en savoir plus : Dard-Dascot C. et al. (2018). Systematic comparison of small RNA library preparation protocols for next-generation sequencing. BMC Genomics, 19(1):118.
Contact
Plateforme de Séquençage à Haut Débit I2BC (PSI2BC)
I2BC-CNRS, Bât. 21
Avenue de la Terrasse
91198 Gif-sur-Yvette
Région : Île-de-France
+33 (0)1 69 82 31 90
i2bc-sequencage@i2bc.paris-saclay.fr
Site de la plateforme
THÉMATIQUES : Bioinformatique, bases de données, Génomique, transcriptomique
RESPONSABLES SCIENTIFIQUES :
Céline Hernandez
RESPONSABLES TECHNIQUES :
Erwin van Dijk (biologie moléculaire), Delphine Naquin (bioinformatique)
RESPONSABLES QUALITÉ :
Magali Perrois
CERTIFICATIONS :
TUTELLES : CEA, CNRS, Université Paris-Saclay
INFRASTRUCTURES NATIONALES : France Génomique
LABELLISATION IBiSA : 2014
MOTS CLÉS : Génome, Transcriptome, Séquençage haut débit, Bioinformatique, NGS, RNA-Seq, Small RNA-Seq, Epigénomique, Epitranscriptomique, Illumina, Oxford Nanopore Technologies, Long reads, Single cell
Fiche mise à jour en 2021
