Plateforme protéomique Necker (PPN)

Fondée en 2006, la plateforme PPN fait partie de la SFR Necker et du réseau des plateformes protéomiques de l'Université Paris Cité. Au c½ur d’un centre hospitalo-universitaire d’excellence, elle offre une technologie et une expertise de pointe pour mieux comprendre les maladies (analyse des PTMs, protéomique différentielle et d'interaction) et identifier des biomarqueurs diagnostiques ou pronostiques dans les fluides corporels par spectrométrie de masse (LC-MS/MS à haut débit, analyse des vésicules extracellulaires).

Grâce à son interaction avec le Translational proteomics research lab, la plateforme développe des approches innovantes de protéomique translationnelle en vue de leur application à la recherche clinique et de leur transfert dans les pratiques hospitalières. Elle est ouverte aux instituts de recherche, aux services cliniques et au secteur privé, en France et à l'étranger.

Le parc instrumental de la plateforme a été renouvelé en 2021 et comprend désormais un spectromètre de masse timsTOF Pro, couplé aux systèmes Evosep One et nanoElute, et dédié à l'analyse et à la quantification de protéines à haut débit. Elle dispose également d’un instrument d'interférométrie de biocouches (BLI) pour les mesures d'interactions moléculaires.

Expertises et services

• Conseil et conception de stratégies adaptées aux projets,
• Identification de protéines dans des échantillons simples ou complexes,
• Identification et quantification de protéines (label-free, SILAC, iTRAQ),
• Quantification absolue de protéines (MRM et PRM),
• Analyse protéomique de fluides corporels et de vésicules extracellulaires (urine, LBA, sueur, plasma, liquide amniotique, LCR),
• Analyse statistique et bioinformatique,
• Analyse biologique et visualisation des réseaux d'interaction de protéines,
• Identification de nouvelles interactions protéine-protéine, ARN-protéine et ADN-protéine,
• Identification et quantification de modifications post-traductionnelles (acétylation, glycosylation, phosphorylation),
• N-terminomique par la méthode TAILS.

Moyens et équipements

• Spectromètre de masse timsTOF Pro MS (Bruker) pouvant être couplé aux systèmes de nanochromatographie Evosep One (Evosep) ou nanoElute (Bruker),
• Spectromètre de masse Q Exactive Plus Orbitrap couplé à un système nanoRSLC (Thermo Scientific),
• Spectromètre de masse TQS Xevo (Waters) couplé à un système UPLC partagé avec la plateforme de spectrométrie de masse de l’Hôpital Necker,
• Équipement 1D et 2D PAGE (Bio-Rad),
• Offgel Fractionator (Agilent),
• Station ImagePrep (Bruker),
• Logiciels Mascot, MaxQuant, DIA-NN, Perseus, RStudio, Ingenuity, AmiGO...

Comment soumettre un projet ?

Pour soumettre un projet à la plateforme PPN, vous pouvez envoyer un mail à l’adresse proteomique.sfrnecker@inserm.fr. Si votre projet est jugé réalisable, un entretien avec l’équipe de la plateforme vous sera proposé dans un délai inférieur à 3 semaines. Lors de cette réunion, vous présenterez le contexte de l’étude et vos attentes en termes d’analyse protéomique. Une discussion aura lieu pour orienter la stratégie d’analyse et les développements nécessaires, préciser les objectifs, les étapes, les défis principaux, les coûts du projet et les délais de réalisation, généralement compris entre 2 et 5 semaines selon la complexité de l’étude.

Exemple d'utilisation

Analyse protéomique des exosomes urinaires et respiratoires de patients atteints de mucoviscidose

La mucoviscidose (CF) est une maladie génétique qui touche principalement les poumons, mais aussi le pancréas, le foie, les reins et l'intestin. Le spectre de gravité est large et pas toujours corrélé au génotype. Il n'existe pas de remède, mais un traitement peut atténuer les symptômes. Au-delà du contexte génétique, il est important de disposer d'autres biomarqueurs pour stratifier les patients en fonction de leur évolution et de leur réponse au traitement.

L'étude des exosomes dans les fluides corporels des patients CF présente deux intérêts. Elle donne un aperçu de la physiopathologie de la maladie dans l'organe de proximité et peut révéler des biomarqueurs capables de stratifier les patients en fonction de la réponse au traitement, de la gravité et du pronostic.

La plateforme PPN a isolé des exosomes respiratoires à partir de liquides broncho-alvéolaires (LBA) de patients CF et des exosomes urinaires de patients CF traités et non traités. Des protocoles d'enrichissement des exosomes ont été développés et adaptés pour l'urine et le LBA, puis vérifiés par microscopie électronique et Western blot en utilisant des marqueurs d'exosomes connus (CD9, CD63 et ALIX). La plateforme a ensuite effectué une analyse protéomique quantitative (LFQ) pour comparer les exosomes CF aux contrôles respectifs. Elle a identifié des voies altérées communes, comme l'inflammation ou le stress oxydatif, séparant les patients CF des contrôles, mais pas les patients CF traités des non traités. Certaines protéines clés, notamment la superoxyde-dismutase et la glutathion peroxydase-3, se sont trouvées dérégulées dans les deux études. Ces travaux ont fait partie d’un projet de doctorat réalisé sur la plateforme qui a pris en charge la rédaction d’un manuscrit et la conception de figures lors de la publication des résultats.

Pour en savoir plus : Gauthier S. et al. (2020). Urinary exosomes of patients with cystic fibrosis unravel CFTR-related renal disease. International Journal of Molecular Sciences, 21(18):6625.

Contact

Plateforme protéomique Necker (PPN)
SFR Necker, Faculté de médecine de l'Université Paris Cité
160 rue de Vaugirard
75015 Paris
Région : Île-de-France+33 (0)1 40 61 54 68
proteomique.sfrnecker@inserm.fr
Site de la plateforme

THÉMATIQUES : Protéomique

RESPONSABLES SCIENTIFIQUES :
Chiara Guerrera

RESPONSABLES TECHNIQUES :
Chiara Guerrera

RESPONSABLES QUALITÉ :
Joanna Lipecka

CERTIFICATIONS :

TUTELLES : AP-HP, CNRS, Inserm, Université Paris Cité

LABELLISATION IBiSA : 2008

MOTS CLÉS : Data independent analysis, DIA, Data dependent analysis, DDA, Fluides corporels, Protéomique clinique, Vésicules extracellulaires, Exosomes, N-terminomique, Maladie génétique, Maladie rare, Modifications post-traductionnelles, PTMs, infectiologie, Interférométrie de biocouches, BLI, Radeaux lipidiques, Rafts

Fiche mise à jour en 2022

Suivre les
actualités des
plateformes