Plateforme post-génomique de la Pitié-Salpêtrière (P3S)
Une expertise et des technologies de pointe pour la génomique et la protéomique, deux domaines complémentaires réunis sur un même site.
Plateforme post-génomique de la Pitié-Salpêtrière (P3S)
Une expertise et des technologies de pointe pour la génomique et la protéomique, deux domaines complémentaires réunis sur un même site.
Plateforme post-génomique de la Pitié-Salpêtrière (P3S)
Installée dans les locaux de la faculté de médecine de Sorbonne Université, la plateforme P3S met à disposition des laboratoires académiques et privés une expertise et des technologies de pointe en matière de génomique et protéomique. Dans le cadre de collaborations, elle propose à ses utilisateurs un accompagnement tout au long de la réalisation de leur projet, depuis le conseil méthodologique jusqu'à l’interprétation des résultats.
La plateforme met également à disposition, au sein d’un service commun, des équipements courants de laboratoires : qPCR, scanners et caméras, spectrophotomètres, automate de pipetage… L’accès libre à ces équipements est conditionné à une formation préalable.
Expertises et services
Analyse génomique :
- Génotypage sur puces Illumina,
- Analyse de la méthylation d’échantillons congelés ou FFPE sur puces EPIC Illumina.
Analyse protéomique :
- Quantification relative par LC-MS/MS,
- Identification protéique,
- Contrôle qualité de protéines recombinantes ou purifiées et peptides synthétiques,
- Electrophorèse 2D-DIGE.
Moyens et équipements
Analyse génomique :
- Plateforme BeadStation 500 (Illumina).
Analyse protéomique :
- Système LC-MS/MS : nanoHPLC nanoElute (Bruker) et spectromètre de masse timsTOF Pro (Bruker) équipé de la technologie PASEF et de la mobilité ionique,
- Robot de préparation des échantillons Digest PRO MSI (Intavis) pour la digestion protéique et le dessalage de peptides,
- Equipement complet pour l’électrophorèse 2D-DIGE (GE Healthcare).
Comment soumettre un projet ?
La plateforme P3S est ouverte aux chercheurs académiques et industriels. Pour soumettre une demande, envoyez un mail à l'adresse medecine-p3s@sorbonne-universite.fr et décrivez votre projet. La plateforme reviendra rapidement vers vous pour discuter de sa faisabilité, de son coût et de son délai d’exécution.
Exemple d'utilisation
Identification d’une forme de cofiline-1 impliquée dans une maladie cardiaque
L’équipe d’Antoine Muchir au Centre de recherche en myologie (UMRS974) a contacté P3S afin de caractériser par spectrométrie de masse les formes phosphorylées de la cofiline-1. Cette protéine est impliquée dans le dysfonctionnement contractile du c½ur induit par des mutations du gène codant pour les lamines nucléaires de type A.
Grâce à la plateforme, les chercheurs ont identifié la présence d’une nouvelle forme phosphorylée de la cofiline-1 (phosphorylation portée par la Thr25) dans le c½ur d’un modèle murin de la pathologie. Cette forme phosphorylée diminue le niveau d’actine polymérisée dans les cellules cardiaques et participe à la physiopathologie. Ces résultats ont été confirmés sur des échantillons humains, ouvrant la voie à de nouvelles approches thérapeutiques.
Pour en savoir plus : Chatzifrangkeskou M. et al. (2018). Cofilin-1 phosphorylation catalyzed by ERK1/2 alters cardiac actin dynamics in dilated cardiomyopathy caused by lamin A/C gene mutation. Human Molecular Genetics, 27(17):3060-3078.
Contact
Plateforme P3S
Hôpital de la Pitié-Salpêtrière
91 boulevard de l’Hôpital
75013 Paris
Région : Île-de-France
+33 (0)1 40 77 81 32
medecine-p3s@sorbonne-universite.fr
Site de la plateforme
THÉMATIQUES : Génomique, transcriptomique, Protéomique
RESPONSABLES SCIENTIFIQUES :
Antoine Muchir
RESPONSABLES QUALITÉ :
Solenne Chardonnet
CERTIFICATIONS :
TUTELLES : Inserm, Sorbonne Université
LABELLISATION IBiSA : 2009
MOTS CLÉS : Génomique, Protéomique, Puces à ADN, Applications médicales, Méthylation, Epigénétique, Spectrométrie de masse
Fiche mise à jour en 2022
