Plateforme d'immunomonitoring en cancérologie (PIC)

La plateforme PIC propose une expertise en immunologie, signalisation et analyse du micro-environnement tumoral. Elle intervient au cours de projets de recherche fondamentale et préclinique sur des modèles expérimentaux et d’essais cliniques menés sur l’Homme : développement préclinique et suivi des réactions immunitaires aux biothérapies (vaccination, greffe, anticorps monoclonaux), identification des altérations de l’immunité innée liées aux cancers et analyse des réponses immunes dirigées contre des pathogènes associés au déficit immunitaire.

Pour la caractérisation fine de populations cellulaires rares, la plateforme a développé la cytométrie de masse, permettant l’étude d’une quarantaine de biomarqueurs par cellule. L’analyse de données multidimensionnelles est possible grâce à de nouveaux algorithmes (tSNE, FlowSOM…). Implantée sur la plateforme depuis 2018, cette technologie a de multiples applications en recherche clinique (hématologie, tumeurs solides) et fondamentale. Elle offre la possibilité de mettre en évidence de nouveaux biomarqueurs inhibiteurs de points de contrôle pour comprendre et anticiper les réponses des patients aux immunothérapies.

Expertises et services

• Manipulation de cellules issues de prélèvements de patients (sang et moëlle), de volontaires sains ou de lignées cellulaires,
• Analyse phénotypique des sous-populations cellulaires par cytométrie en flux multiparamétrique et cytométrie de masse,
• Réalisation de tests fonctionnels (cytotoxicité, prolifération, production de cytokines) par cytométrie en flux,
• Dosage de cytokines et chimiokines par Elisa et Luminex (multiplex),
• Extraction d’ARN pour séquençage,
• Analyse de l’expression de gènes et SNPs par RT-qPCR,
• Analyse fonctionnelle des cellules T par ELISPOT,
• Analyse statistique : analyse de survie, biomarqueurs pronostiques et prédictifs, corrélation des paramètres biologiques et cliniques,
• Analyse bioinformatique des données de cytométrie en flux et cytométrie de masse de forte dimensionnalité en regard des données cliniques.

Moyens et équipements

• 3 pièces de culture L1 et L2 avec 4 PSM, des microscopes et incubateurs pour cellules,
• Cytomètre de masse Hélios (35/40 paramètres analysables),
• Cytomètre BD LSR Fortessa avec 3 lasers (405 nm, 488 nm et 640 nm), 11 fluorescences, et équipé d’un passeur de plaques avec haute vitesse (HTS), localisé sur la plateforme de cytométrie du CRCM qui fait partie du même périmètre de certification,
• Cytomètre FacsCanto II avec 3 lasers (405 nm, 488 nm et 633 nm), 8 fluorescences et équipé d’un passeur de tubes,
• 3 stations d'analyse avec logiciels FACSDiva, Flowjo, Kaluza,
• Station d’analyse avec accès aux algorithmes tSNE, FlowSOM…
• CTL ImmunoSpot 5 UV Core pour des expériences ELISPOT en fluorescence,
• Bioplex 200 (technique Luminex) localisé sur la plateforme de cytométrie du CRCM pour le dosage simultané de plusieurs dizaines de marqueurs biologiques (cytokines, chimiokines) dans des volumes réduits de sérums de patients, surnageants et lysats cellulaires,
• Bioanalyzer 2100 pour qualifier et quantifier les échantillons d’ARN avant NGS ou RT-qPCR.

Comment soumettre un projet ?

Si vous être intéressé par l’utilisation de PIC pour la réalisation de votre projet, contactez le coordinateur scientifique de la plateforme, Daniel Olive. Les demandes sont prises en compte selon la disponibilité des appareils, du personnel, et de l’adéquation des projets avec les capacités de la plateforme. L’évaluation, la validation et la sélection des projets se fait après analyse des dossiers par le responsable scientifique et le responsable technique, conformément à la charte de fonctionnement de la plateforme.

Le coût des prestations fait l’objet d’une étude personnalisée, mais répond à certains critères. Il est réduit dans le cas d’une collaboration avec une structure académique ou institutionnelle et limité à l’achat des produits en dehors d’une collaboration. Pour le privé, la tarification est établie sur devis. Le personnel de la plateforme assure le bon déroulement du projet.

Exemple d'utilisation

Etude des altérations de l’immunité anti-tumorale dans les Leucémies aigues myéloïdes (LAM) par cytométrie en flux et cytométrie de masse

L’analyse haut débit des profils NK de patients atteints de Leucémies aigues myéloïdes (LAM) a permis de mettre en évidence une grande hétérogénéité des réponses NK anti-leucémiques, dont la plupart sont associées au pronostic (NKp30, blocage de maturation NK), ou prédictives de réponse à l’allogreffe de cellules souches hématopoïétiques (NKp46). Ces résultats ouvrent des perspectives intéressantes en termes de développement de signatures immunologiques composites complexes, incluant des paramètres représentatifs des réponses innées, adaptatives, et des populations immunosuppressives.

Ces outils sont actuellement transposés à l’étude des réponses immunes chez les patients traités par immunothérapie et thérapie cellulaire. Ils permettent d’identifier des biomarqueurs et signatures prédictives de réponse à l’immunothérapie, ainsi que de screener des cibles thérapeutiques alternatives en cas de résistance à une stratégie donnée. Enfin, les analyses multiparamétriques permettent de mieux appréhender la complexité des interactions entre les cellules tumorales et la composante immune de leur micro-environnement.

Pour en savoir plus : Chretien A.S. et al. (2017). NKp46 expression on NK cells as a prognostic and predictive biomarker for response to allo-SCT in patients with AML. Oncoimmunology, 6(12):e1307491.  

Contact

Plateforme d'immunomonitoring en cancérologie (PIC)
CRCM, Institut Paoli-Calmettes
27 boulevard Leï Roure
13009 Marseille
Région : Provence-Alpes-Côte d'Azur+33 (0)4 86 97 73 46
barbaratb@ipc.unicancer.fr
Site de la plateforme

THÉMATIQUES : Autres

RESPONSABLES SCIENTIFIQUES :
Daniel Olive

RESPONSABLES TECHNIQUES :
Bernadette Barbarat

RESPONSABLES QUALITÉ :
Bernadette Barbarat

CERTIFICATIONS :

TUTELLES : Aix-Marseille Université, CNRS, Inserm, Institut Paoli-Calmettes

LABELLISATION IBiSA : 2008

MOTS CLÉS : Biothérapies, Cancer, Immunité innée, Immunité adaptative, Anticorps monoclonaux, Déficit immunitaire, Hémopathies malignes, Tumeurs solides, Etude préclinique, Identification de nouvelles cibles thérapeutiques, Microenvironnement, Cytométrie en flux, Cytométrie de masse, Phénotypage, Biomarqueurs

Fiche mise à jour en 2021

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