Plateforme d’imagerie et cytométrie (PFIC)

La plateforme PFIC de Gustave Roussy est une unité mixte de service rattachée au CNRS, à l’Inserm et à l’Université Paris-Saclay. Plateforme mutualisée de service et développement, elle se positionne à l'interface de programmes de recherche fondamentale, translationnelle et clinique.

De l’analyse de l'échantillon au traitement des données, elle met à disposition des équipes trois pôles d'expertise : la cytométrie (flux, masse et tri cellulaire), la microscopie photonique, et l’imagerie in vivo (petit animal et clinique). Adossée à un centre hospitalier spécialisé sur le cancer avec une forte activité de recherche, son domaine de compétences est plus spécifiquement axé sur la recherche en cancérologie, avec une ouverture à d’autres pathologies. Son portefeuille d’activités comprend un support technique et scientifique pour les équipes académiques internes, externes et les industriels.

La plateforme participe ou conduit des programmes de R&D et d’innovation technologique. Elle dispense également des formations théoriques et pratiques, locales ou dans le cadre d’actions nationales, pour former les jeunes chercheurs et cliniciens.

Expertises et services

Cytométrie, tri cellulaire et bioinformatique :

• Cytométrie en flux, spectrale et de masse,
• Tri cellulaire et clonage,
• Imagerie de masse pour la cartographie spatiale moléculaire, cellulaire et fonctionnelle des cellules et des tissus,
• Formation théorique et pratique en cytométrie,
• Analyse non supervisée des données de cytométrie et d'imagerie de masse.

Microscopie photonique :

• Imagerie confocale et multiphoton de biomarqueurs sur échantillons fixés ou vivants en statique et dynamique (microfluidique),
• Imagerie photonique TIRF, Live-SR, FRAP et FRET pour l’étude des interactions moléculaires en dynamique et à haute résolution,
• Imagerie intravitale à haute résolution sur organes externalisés ou petits animaux (chambre dorsale) pour l’étude des processus physiopathologiques (cancérologie, dégénérescence musculaire...),
• Développement de méthodologies (instrumentations et processus d’acquisition) et conseil pour le développement de nouvelles sondes fluorescentes,
• Analyse d’images avec Imaris, VoloCity, Fiji, Icy, Huygens et Arivis,
• Formation théorique à la microscopie et pratique sur les instruments d’imagerie de la plateforme,
• Organisation de formations nationales : Expansion microscopy (ANF CNRS), Microscopie multiphoton (Inserm et Collège de France).

Imagerie préclinique in vivo :

• Caractérisation de nouveaux modèles tumoraux et de processus métastatiques avec greffes orthotopiques sur petits animaux ou modèles alternatifs,
• Évaluation de nouvelles stratégies thérapeutiques : timings, voies d’administration, véhicules...
• Analyse de la biodistribution de marqueurs fluorescents,
• Tomographie 3D en bioluminescence ou fluorescence et tomographie scanner X,
• Formation à l’utilisation des imageurs et à l’analyse des données,
• Réalisation de projets collaboratifs ou prestations,
• Rédaction de saisines pour les comités d’éthique,
• Greffe chirurgicale de fenêtres optiques en partenariat avec la plateforme d’évaluation préclinique de Gustave Roussy.

Transfert clinique :

• Rédaction de réponses aux appels à projets nationaux et internationaux,
• Rédaction de protocoles de recherche et de documentations pour les instances réglementaires,
• Développement ou évaluation de nouveaux outils de type imagerie optique pour une utilisation clinique en collaboration,
• Coordination de projets et planification d’études,
• Rédaction de rapports scientifiques et de rapports d’activité pour les instances partenaires,
• Développement de méthodologies novatrices en imagerie photonique pour la chirurgie et la pathologie,
• Réalisation des procédures d’acquisition en milieu opératoire,
• Développements de méthodes d’analyse quantitative des données en imagerie photonique.

Moyens et équipements

Cytométrie et tri cellulaire :

• Cytomètres en flux LSR Fortessa II (BD Biosciences) et CytoFLEX (Beckman Coulter),
• Cytomètre spectral Aurora (Cytek Biosciences),
• Trieurs de cellules Aria Fusion UV et Influx UV 5 lasers (BD Biosciences),
• Cytomètre de masse Helios (Fluidigm),
• Imageur par cytométrie de masse Hyperion (Fluidigm),
• Logiciels d’analyse Diva, FlowJo, Kaluza et ModFit.

Imagerie moléculaire, cellulaire et tissulaire :

• 2 microscopes confocaux (Leica),
• Microscope confocal et multiphoton (Leica),
• Microscopes spinning disk Live-SR (Nikon) et IX83 (Olympus),
• Vidéomicroscope (Leica),
• Macroscope (Nikon),
• Scanner de lames bas débit (Olympus),
• Logiciels d’analyse Imaris, VoloCity, Fiji, Icy, Huygens et Arivis.

Imagerie préclinique in vivo :

• Spectrum CT (PerkinElmer),
• IVIS 50 (PerkinElmer).

Comment soumettre un projet ?

Pour soumettre un projet, vous pouvez envoyer un mail à l’adresse gd-pfic@gustaveroussy.fr. Vous serez recontacté par un ingénieur spécialiste du domaine concerné (cytométrie/tri, microscopie ou imagerie in vivo) pour définir les moyens humains et matériels à mobiliser, ainsi que le cadre du protocole expérimental à mettre en place au regard des impératifs des partenaires, du projet et de l’instrument.

Les projets de recherche académique externes ayant une récurrence régulière peuvent conduire à la formation de personnels clairement identifiés pour assurer le déroulement des expérimentations. Dans les autres cas et pour toutes les prestations industrielles, le protocole sera entièrement conduit par l’ingénieur responsable sur la plateforme.

Quelle que soit la technologie concernée et hormis pour les projets de transfert clinique, tous les instruments sont régis par une charte validée par la direction scientifique de Gustave Roussy. Cette charte précise, pour chaque instrument, les conditions d’accès et la tarification horaire révisée annuellement par le contrôle de gestion de Gustave Roussy.

Exemple d'utilisation

L’imagerie photonique intravitale pour mieux comprendre la maladie de Duchenne

L’équipe d’Helge Amthor du laboratoire END-ICAP à Versailles étudie le rôle de la dystrophine et de la modulation de cette protéine dans la maladie de Duchenne. La plateforme PFIC a été sollicitée pour concevoir et développer des procédures d’imagerie multiphotonique permettant de visualiser in vivo la protéine dans les fibres musculaires de modèles murins Dmd^EGFP-mdx.

La plateforme a d’abord rédigé la saisine éthique animale pour approbation du projet avant sa réalisation. Elle a ensuite défini et mis en oeuvre l’intégralité des procédures d’imagerie intravitale à haute résolution sur microscope multiphoton. Elle a également standardisé les conditions expérimentales pour l'imagerie FRAP, quantifié les données issues des expériences et généré des images pour illustrer une publication sur ces travaux. Cette collaboration se poursuit dans le but d’évaluer différentes stratégies thérapeutiques développées par l’équipe d’END-ICAP pour la restauration de la protéine in vivo.

Pour en savoir plus : Petkova M. et al. (2020). Live-imaging of revertant and therapeutically restored dystrophin in the DmdEGFP-mdx mouse model for Duchenne muscular dystrophy. Neuropathology and Applied Neurobiology, 46:602-614.

Contact

PFIC
94805 Villejuif
Région : Île-de-France+33 (0)1 42 11 42 11
gd-pfic@gustaveroussy.fr
Site de la plateforme

 

THÉMATIQUES : Bioinformatique, bases de données, Imagerie cellulaire, Imagerie in vivo, radiobiologie, Autres

RESPONSABLES SCIENTIFIQUES :
Jean-Yves Scoazec (direction), Florent Ginhoux (cytométrie, tri, bioinformatique), Guillaume Montagnac (microscopie), Ingrid Breuskin (imagerie in vivo)

RESPONSABLES TECHNIQUES :
Philippe Rameau (cytométrie, tri, bioinformatique), Tudor Manoliu (microscopie), Muriel Abbaci (imagerie in vivo)

TUTELLES : CNRS, Inserm, Université Paris-Saclay

INFRASTRUCTURES NATIONALES : France Bioimaging

LABELLISATION IBiSA : 2021

MOTS CLÉS : Microscopie photonique, Confocal, Multiphoton, TIRF, FRAP, FRET, Organoïdes, Imagerie in vivo, Imagerie en bioluminescence, Imagerie en fluorescence, Scanner X, Imagerie intravitale, Transfert clinique, Imagerie moléculaire, Chirurgie guidée par imagerie, Bioinformatique, Analyse non supervisée, Imagerie de masse, Tri cellulaire, Cytométrie en flux, Cytométrie spectrale

Fiche mise à jour en 2022

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