Plateforme génome transcriptome de Bordeaux (PGTB)

Adossée à l'UMR Biogeco, la plateforme PGTB est ouverte à l’ensemble de la communauté scientifique, académique et industrielle. Elle fait partie de l’infrastructure de recherche INRAE Genomics, avec les plateformes GeT de Toulouse, Gentyane de Clermont-Ferrand et EPGV d’Evry. Elle est par ailleurs membre du réseau France Génomique, qui regroupe les principales plateformes de génomique au niveau national, et membre de la Fédération des plateformes labellisées de l’Université de Bordeaux. Elle est également labellisée en tant que plateforme stratégique par INRAE (CNOC) et le GIS IBISA.

La plateforme PGTB développe et propose des services faisant appel à des technologies à moyen et haut débit reposant sur le séquençage (séquençage de courts et longs fragments d’ADN, métagénomique ciblée, séquençage de génomes et transcriptomes, métagénomique totale et métatranscriptomique, capture de gènes…), la recherche et le génotypage de mutations (SNP, indels et microsatellites), la quantification de l’expression de gènes et l’analyse d’ADN environnemental, sensible ou ancien en laboratoire confiné.

Expertises et services

Services proposés :

• Accompagnement pour la réalisation de projets de recherche en génomique,
• Réalisation de prestations de recherche en séquençage et génotypage,
• Développement technologique et innovation en génomique,
• Mise à disposition d’équipements, 
• Formation et encadrement des utilisateurs,
• Transfert de compétences technologiques,
• Assistance technique, conseil et expertise.

Séquençage :

• Séquençage de courts et longs fragments d’ADN,
• Reséquençage et séquençage ciblé par capture,
• Métagénomique ciblée (metabarcoding),
• Métagénomique globale et métatranscriptomique,
• Séquençage de génomes et transcriptomes,
• Epigénétique.

Génotypage :

• Développement et génotypage de microsatellites par séquençage Illumina,
• Génotypage de mutations SNP (di, tri, tetra-allélique) et indels (jusqu’à 40 pb),

Quantification et services supports :

• Quantification absolue de l’expression de gènes,
• Détection d’évènements rares,
• Analyse d’ADN environnemental, sensible ou ancien, en laboratoire confiné,
• Quantification d’acides nucléiques, contrôle qualité et préparation de librairies,
• Robotique.

Moyens et équipements

Séquençage :

• NextSeq 2000, 2 MiSeq et iSeq 100 (Illumina),
• GridION et MinION (Oxford Nanopore Technologies).

Génotypage :

• Système MassARRAY (Agena Biosciences).

Quantification et services supports :

• PCR Droplet Digital QX200 (Bio-Rad),
• PCR Quantitative LC480 II (Roche Molecular Diagnostic),
• TapeStation 4200 et Bioanalyzer 2100 (Agilent Technologies),
• Synergy H1 (Biotek),
• Robot Dragonfly Discovery (SPT Labtech),
• Robot Chemagic STAR (Hamilton Robotics).

Comment soumettre un projet ?

Pour soumettre une demande à la plateforme PGTB, envoyez un mail à l'adresse pgtb@inrae.fr et décrivez votre projet en précisant la technique, l’équipement concerné, le type et le nombre d’échantillons. La plateforme vous recontactera pour vous informer de la faisabilité du projet et vous enverra un devis valable 6 mois.

Selon le type de service retenu (prestation de recherche, mise à disposition d’équipements et d’espaces de travail, projet de recherche et développement, collaboration), vous aurez à compléter le formulaire « contrat de prestation de recherche » ou la fiche « suivi de projet de recherche et développement ». Vous devrez également prendre connaissance des informations pour l’analyse à réaliser dans le catalogue des analyses et accepter les conditions générales. Ces documents sont disponibles sur le site web de la plateforme.

Le projet sera validé et démarrera une fois le bon de commande envoyé au gestionnaire, INRAE ou l’Université de Bordeaux. Le délai de réalisation des analyses dépend de l’envergure du projet et de l’équipement utilisé. Il est au plus de 2 mois, après réception des échantillons, pour quelques plaques à séquencer sur MiSeq ou à génotyper sur MassARRAY.

Exemple d'utilisation

Trees4Future, un projet d’infrastructure européen

La plateforme PGTB a été un partenaire majeur du projet Trees4Future dont l’objectif était de faciliter l’accès à l’expertise et à l’information technique pour la communauté de recherche forestière européenne. La plateforme a participé à de multiples actions de recherche en collaboration avec les équipes européennes partenaires du projet et a accueilli, en 3 ans, 16 scientifiques de 8 pays différents pour une durée cumulée de 49 semaines. Au cours de leur séjour, ils ont été formés aux technologies de pointe de la génomique. Ils ont également participé à plusieurs développements technologiques et ont acquis les données de séquençage ou de génotypage nécessaires pour mener à bien leur projet de recherche.

Pour en savoir plus : Trees4Future.

Contact

PGTB
Site de recherche Forêt-Bois de Cestas-Pierroton
Bâtiment Artiga
69 route d’Arcachon
33610 Cestas
Région : Nouvelle-Aquitaine+33 (0)5 35 38 53 42
pgtb@inrae.fr
Site de la plateforme

 

THÉMATIQUES : Génomique, transcriptomique

RESPONSABLES SCIENTIFIQUES :
Olivier Lepais, Laurence Delhaes

RESPONSABLES TECHNIQUES :
Erwan Guichoux

RESPONSABLES QUALITÉ :
Adline Delcamp

CERTIFICATIONS :

TUTELLES : INRAE, Université de Bordeaux

INFRASTRUCTURES NATIONALES : France Génomique

LABELLISATION IBiSA : 2009

MOTS CLÉS : Séquençage short reads, Séquençage long reads, Séquençage de novo, Reséquençage, Transcriptomique, Métagénomique ciblée, Génotypage SSR par séquençage, Génotypage SNP et indels, Quantification absolue d’ADN, Quantification des acides nucléiques, ADN environnemental et sensible, Laboratoire confiné

Fiche mise à jour en 2022

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