Bioinformatique Grand Ouest

Un ensemble de solutions bioinformatiques pour soutenir et accompagner les chercheurs en sciences de la vie et bioinformatique.

Site de la plateforme

Bioinformatique Grand Ouest

Un ensemble de solutions bioinformatiques pour soutenir et accompagner les chercheurs en sciences de la vie et bioinformatique.

Site de la plateforme

Bioinformatique Grand Ouest

La plateforme Bioinformatique Grand Ouest est construite autour des expertises combinées de trois plateformes : ABiMS, BiRD et GenOuest. Elle développe de nouvelles méthodes et outils pour les biologistes sous forme de logiciels, pipelines d’analyse, bases de données et environnements collaboratifs. Ces outils sont déployés sur des environnements complets comprenant les infrastructures matérielles et logicielles et le support utilisateur. Ces environnements de calcul sont exploitables à travers des clusters, clouds privés ou portails web.

La plateforme Bioinformatique Grand Ouest propose également des modules de formation sur les méthodes, outils et environnements bioinformatiques qu’elle utilise ou développe, ainsi qu’un accompagnement sur les projets de bioanalyse des données -omiques telles que génomiques, transcriptomiques et métagénomiques.

Expertises et services

Mise à disposition de ressources de calcul et de stockage,
Mise à disposition d’environnements informatiques dédiés aux sciences de la vie,
Développement d’outils bioinformatiques, de pipelines d’analyse et de bases de données,
Déploiement d’outils sous Galaxy et d’environnements collaboratifs pour l’annotation et la visualisation de génomes,
Accompagnement à l’analyse de données de séquençage, transcriptomique, métagénomique, métatranscriptomique et metabarcoding,
Assemblage et annotation de génomes,
Formation à l’analyse de données transcriptomiques, aux langages informatiques (R, Python) et aux environnements pour la bioanalyse (Linux, Galaxy).

Moyens et équipements

ABiMS : 2 600 CPU HT (calcul), 2 500 To (stockage), 10 600 Go (RAM),
BiRD: 992 CPU HT (calcul), 700 To (stockage), 6 800 Go (RAM),
GenOuest : 1 866 CPU HT (calcul), 2 300 To (stockage), 11 616 Go (RAM).

<hr>Câbles d’alimentation et câbles réseau du cluster de calcul de la plateforme GenOuest. © O. Collin.

<hr>Cluster de calcul de la plateforme GenOuest. © O. Collin.

<hr>Cluster de calcul de la plateforme BiRD. © A. Bihouée.

<hr>Ilot HPC du datacenter de Nantes Université, hébergeur du cluster de calcul de la plateforme BiRD. © J. Coatanea.

<hr>Serveurs de stockage et nœuds de calcul de la plateforme ABiMS. © E. Corre

Comment soumettre un projet ?

L’utilisation des ressources de calcul se fait sur demande de création d’un compte en ligne sur le site internet des plateformes ABiMS, BiRD et GenOuest. Les demandes de projets de bioanalyse et de développements doivent être déposées en ligne sur le site d’ABiMS, ou envoyées par mail à BiRD et GenOuest. Tous les projets de bioanalyse sont gérés dans le cadre d'une démarche qualité. Leur faisabilité est étudiée au cours d’une réunion entre le porteur de projet et les membres de la plateforme concernée.

Exemple d'utilisation

BioDataRing : anneau de réplication de données du Grand Ouest

L’objectif du projet BioDataRing était de mettre en place un anneau de réplication de données entre les trois plateformes ABiMS, BiRD et GenOuest, grâce à une infrastructure capable de réaliser des transferts de données de manière transparente pour l’utilisateur. Plusieurs machines ont été installées sur chacun des sites. Après configuration des outils de mesure de la performance des réseaux, un système de virtualisation du stockage de type iRODS a été installé. Divers jeux de données tests ont été développés afin d’évaluer l’impact du type de données sur les transferts.

Le système iRODS présente l’avantage de pouvoir associer des métadonnées aux données et de déclencher des actions en fonction de ces métadonnées. Cette annotation permet une identification des données via un système de nommage, le transfert des données entre les sites, le contrôle d’accès et l’automatisation des traitements selon le type de service sollicité par l’utilisateur. Plusieurs cas d’études ont été proposés par le comité d’utilisateurs, permettant de développer les premiers microservices de l’infrastructure iRODS.

Pour en savoir plus : Retour d'expérience sur le projet BioDataRing.