Plateforme de bioimagerie ultrastructurale (UBI)

La plateforme UBI propose des méthodes de préparation et d’analyse morphologique ou immunocytochimique d’échantillons biologiques en microscopie électronique en transmission (MET) et à balayage (MEB). Elle met en œuvre des techniques classiques ou des cryo-méthodes : congélation par immersion, sous haute pression, cryo-substitution, cryo-sections, cryo-microscopie. La plateforme assure également une activité de formation à ces techniques, de veille technologique, de recherche et de développement de nouvelles méthodologies.

Expertises et services

• Gestion de projets en collaboration,
• Mise à disposition d’équipements de préparation et d’observation,
• Préparation d’échantillons biologiques à température ambiante ou en cryo-conditions,
• Analyse en morphologie de surface,
• Analyse intracellulaire,
• Immunolocalisation à l’or colloïdal,
• Analyse 3D par tomographie électronique ou abrasion ionique,
• Observation de particules isolées,
• Microscopie corrélative,
• Analyse de données de microscopie électronique,
• Développement de nouvelles méthodes.

Moyens et équipements

• Microscope électronique à balayage (SEM),
• Microscopes électroniques en transmission (TEM) 120 kV avec caméras CCD,
• Microscope TEM 200 kV avec caméra CCD 4K x 4K et détecteur direct Falcon,
• Microscope électronique double faisceaux (FIB-SEM),
• Porte-échantillons cryo pour des observations en cryo-TEM et cryo-tomographie,
• Matériel pour observations en cryo-SEM et applications en cryo-FIB-SEM,
• Ultramicrotomes et cryo-ultramicrotomes (Tokuyasu, CEMOVIS),
• Appareils de cryo-substitution et cryo-fixation,
• Equipements de préparation d’échantillons à température ambiante : micro-ondes, appareil de contournement du point critique, métalliseurs,
• Cryo-microscope photonique pour les applications en corrélative (CLEM).

Comment soumettre un projet ?

Pour soumettre une demande à la plateforme UBI, vous devez créer un compte sur PPMS. Il suffit ensuite de remplir une demande de projet ou de formation selon le besoin. Pour toute nouvelle demande, une réunion est organisée avec l’ensemble des membres de l’équipe afin de discuter du projet, de l’approche à utiliser et des conditions relatives à la contribution de la plateforme. Les demandes peuvent être envoyées tout au long de l’année.

Exemple d'utilisation

Microscopie électronique 3D : étude du transport intraflagellaire chez le trypanosome

Le laboratoire Biologie cellulaire des trypanosomes (TRYPA) de l’Institut Pasteur a fait appel à la plateforme UBI pour observer des particules présentes dans le flagelle du trypanosome, les localiser, évaluer leur distribution, leur quantité et leur longueur.

Organismes unicellulaires parasites, les trypanosomes sont des modèles utilisés pour l’étude de maladies génétiques, les ciliopathies. Comme chez les autres eucaryotes, le flagelle des trypanosomes est constitué d’un cylindre de neuf doublets de microtubules. Les particules de transport, ou trains, peuvent en théorie voyager sur n’importe lequel de ces microtubules, considérés comme des rails. Pour déterminer leur position, une approche de microscopie électronique en 3D a été mise en œuvre.

Après fixation chimique, inclusion en résine et métallisation, les trypanosomes ont été analysés par FIB-SEM, une méthode qui permet d’obtenir des informations intracellulaires sur de larges volumes avec une résolution isotropique de 10 nanomètres. La plateforme a ainsi démontré que les trains ne sont présents qu’au niveau de deux paires de doublets de microtubules sur les neuf disponibles. Deux populations de trains de longueurs différentes ont également été mises en évidence.

Pour en savoir plus : Bertiaux E. et al. (2018). Bidirectional intraflagellar transport is restricted to two sets of microtubule doublets in the trypanosome flagellum. Journal of Cell Biology, 217(12):4284-4297.

Contact

Plateforme de bioimagerie ultrastructurale (UBI)
Institut Pasteur
28 rue du Docteur Roux
75015 Paris
Région : Île-de-France+33 (0)1 45 68 84 97
adeline.mallet@pasteur.fr
Site de la plateforme

THÉMATIQUES : Biologie structurale, biophysique, biochimie

RESPONSABLES SCIENTIFIQUES :
Adeline Mallet

RESPONSABLES TECHNIQUES :
Adeline Mallet

RESPONSABLES QUALITÉ :
Anne-Marie Balazuc, Esthel Pénard

TUTELLES : Institut Pasteur,

INFRASTRUCTURES NATIONALES : France BioImaging

LABELLISATION IBiSA : 2017

MOTS CLÉS : Microscopie électronique, TEM, SEM, FIB-SEM, Analyse 3D, Tomographie, Cryo-méthodes, Ultrastructure, Intracellulaire, Morphologie, Immunohistochimie, Structure, Corrélative, CEMOVIS

Fiche mise à jour en 2022

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