Plateforme de bioimagerie photonique (UTechS PBI)

L’Unité de technologie et service de bioimagerie photonique (UtechS PBI) est un pôle d'imagerie dédié à l’étude des maladies infectieuses, systémiques et tumorales, au niveau moléculaire et fonctionnel, offrant l’accès à plus de vingt systèmes d’imagerie. Les membres de la plateforme contribuent par leur expertise à des projets de recherche combinant des techniques de pointe en imagerie optique, un accompagnement pour la préparation des échantillons ou l’analyse des résultats, et la réalisation de formations personnalisées.

Cette approche a pour objectif de fournir aux chercheurs des technologies de pointe dont les performances et la pérennité sont assurées par du personnel compétent. UTechS PBI apporte une contribution originale en termes de développement technologique aux projets de recherche qui l'exigent. La plateforme dispose de laboratoires biologiques de niveau P2 à P3 et A1 à A3 pour mener des expérimentations sur des cellules vivantes et agents infectieux et met à disposition ses équipements, accessibles en autonomie après formation.

Expertises et services

• Analyse par imagerie optique de matériels biologiques et réalisation d’expériences sur cellules vivantes et agents infectieux en environnement confiné,
• Mise à disposition des équipements de la plateforme en autonomie après formation et accompagnement à la demande lors de séances assistées,
• Développement de projets collaboratifs et réalisation de prestations de service,
• Développement de technologies et méthodes d'imagerie : analyse phénotypique à haut contenu, optogénétique, microscopie à feuille de lumière, bioluminescence et tomographie sur le petit animal, microscopie corrélative optique et électronique.

Moyens et équipements

• Epifluorescence : Apotome droit Zeiss pour l’histologie, le DIC et la fluorescence, Apotome inversé Zeiss, AxioVision Zeiss champ large inversé avec contrôle environnemental en CO₂/O₂ et acquisition rapide, BioStation IQ1 Nikon,
• Imagerie du petit animal : IVIS Spectrum, IVIS Spectrum CT et FMT400 PerkinElmer,
• Imagerie confocale à balayage laser : SP5 Leica avec scanner résonant, détecteurs hybrides et module de contrôle programmable, SP8 Leica avec laser blanc, SP8 FLIM, LSM700 droit et LSM700 inversé Zeiss,
• Imagerie multiphotonique : LSM710 NLO Zeiss,
• Imagerie confocale à disque rotatif : spinning disk UltraVIEW VoX PerkinElmer avec 2 caméras et module de FRAP, CellVoyager CV1000 Yokagawa et spinning disk avec 2 caméras Nikon,
• Imagerie en super-résolution : Elyra PS1 Zeiss avec S-SIM, PALM, TIRF et LSCM,
• Imagerie à haut contenu : Opera Phenix, Janus 8 Tip-MDT et Janus Mini avec modules MDT, et Spotfire HCP PerkinElmer,
• Imagerie à feuille de lumière : UltraMicroscope II LaVision et diSPIM 3i équipé de 2 systèmes d’illumination active.

Comment soumettre un projet ?

La plateforme UTechS PBI propose une assistance et des formations à l’utilisation des techniques d’imagerie photonique, une mise à disposition d’instrumentation hauts de gamme, des études de faisabilité de projets, des implémentations spécifiques adaptées aux besoins particuliers et des collaborations scientifiques. Pour soumettre une demande en interne à l’Institut Pasteur, utilisez l’outil de gestion en ligne. Pour une demande externe, envoyez un mail à l’adresse pbi.contact@pasteur.fr pour une première prise de contact.

UTechS PBI applique une politique stricte consistant à ne refuser aucun projet remplissant des critères minimaux de faisabilité. Avant d’accepter un projet, la plateforme vérifie que l’expertise et les technologies requises sont disponibles, que la question scientifique sous-jacente est valide vis-à-vis des résultats anticipés et que les contraintes imposées par les risques d’hygiène, de sécurité et de protection de l'environnement sont maîtrisés, notamment dans le cas de l'utilisation d’échantillons pathogènes vivants, micro-organismes et toxines hautement pathogènes (MOT) ou organismes génétiquement modifiés (OGM).

Exemple d'utilisation

Analyser de la morphologie des microglies avec le clustering phénotypique

Doctorant dans l’équipe de Fabrice Chrétien à l’Institut Pasteur, Franck Verdonck a contacté UTechS PBI pour étudier la morphologie des cellules microgliales en conditions saines et pathologiques. La plateforme a codéveloppé avec les chercheurs une méthode automatique d’analyse quantitative de coupes de cerveau de rongeurs.

Les microglies sont des macrophages résidant dans le système nerveux central. Ils sont extrêmement dynamiques, sensibles à leur microenvironnement, et présentent une morphologie hétérogène ainsi qu’une distribution complexe. De nombreuses études suggèrent une corrélation entre leur morphologie et leur fonction en réponse à une agression.

Les chercheurs de l’Institut Pasteur et de la plateforme ont établi un pipeline complet, couplant la microscopie confocale 3D automatisée avec la modélisation de plusieurs milliers de cellules microgliales pour évaluer des paramètres morphologiques clés et les quantifier. Ils ont déterminé la distribution des cellules dans des régions neuroanatomiques précises et discriminé des sous-populations cellulaires par clustering, montrant que les microglies sont distribuées en différentes sous-populations avec des comportements spécifiques après une agression pathologique. Ce travail a fait l'objet d'une publication.

Pour en savoir plus : Verdonk F. et al. (2016). Phenotypic clustering: a novel method for microglial morphology analysis. Journal of Neuroinflammation, 13(1):153.

Contact

UTechS PBI
Institut Pasteur
28 rue du Docteur Roux
75015 Paris
Région : Île-de-France+33 (0) 1 45 68 86 54
pbi.contact@pasteur.fr
Site de la plateforme

THÉMATIQUES : Imagerie cellulaire, Imagerie in vivo, radiobiologie

RESPONSABLES SCIENTIFIQUES :
Spencer Shorte

RESPONSABLES TECHNIQUES :
Nathalie Aulner

RESPONSABLES QUALITÉ :
Anne-Marie Balazuc, Audrey Salles

TUTELLES : Institut Pasteur

INFRASTRUCTURES NATIONALES : France BioImaging, France Life Imaging

LABELLISATION IBiSA : 2009

MOTS CLÉS : Imagerie photonique, Imagerie multi-échelles, Imagerie in vivo, Développement technologique, Analyse haut contenu, Imagerie de super-résolution, Imagerie dynamique, Imagerie à feuille de lumière, Imagerie en environnement confiné, Implémentation de méthodologies d’imagerie, Infection, Micro-organismes pathogènes, Toxines pathogènes, MOT, OGM

Fiche mise à jour en 2021

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