PlantBioinfoPF

Des espaces de travail pour les projets de bioinformatique, un support pour l’annotation des génomes et le développement de systèmes d’information pour l’intégration de données.

Site de la plateforme

PlantBioinfoPF

Des espaces de travail pour les projets de bioinformatique, un support pour l’annotation des génomes et le développement de systèmes d’information pour l’intégration de données.

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Plateforme de bioinformatique des plantes (PlantBioinfoPF)

Les activités de PlantBioinfoPF sont étroitement liées aux systèmes d’information et à l’étude de l’impact des éléments transposables sur l’évolution des génomes. La plateforme propose à INRAE et ses partenaires un support à la publication de données de génétique et génomique des plantes et pathogènes végétaux, ainsi que l’intégration de ces données au système d’information GnpIS.

A l’international, PlantBioinfoPF offre un service de portail de recherche aux fédérations de systèmes d’information comme WheatIS. En termes d’analyse des génomes, le service d’annotation des gènes et plus particulièrement des éléments transposables, qui s’appuie sur le pipeline REPET, est également ouvert à l’international. L’ensemble de ces activités sont développées par l’Unité de recherche génomique-info (URGI) à laquelle la plateforme est adossée et s’intègrent dans l’offre de l’Institut français de bioinformatique (IFB), nœud français de l’infrastructure européenne ELIXIR.

Expertises et services

Mise à disposition de ressources de calcul et de stockage,
Publication et intégration de données FAIR (findable, accessible, interoperable, reusable),
Développement et maintenance de portails de recherche pour des fédérations de systèmes d’information,
Annotation de génomes (éléments répétés et transposables),
Formation à l'annotation des éléments transposables, à la standardisation de données…

Moyens et équipements

Serveurs hébergés par le data center Île-de-France d'INRAE offrant des conditions de sécurité importantes aux équipements,
Cloud OpenStack avec stockage Ceph,
Stockage NAS haute performance pour applications Unix, bases de données et cluster,
Cloud INRAE et Ceph Object Storage pour la sauvegarde,
Ilots de virtualisation,
Réseau RENATER internet de 10 Gb/s.

<hr>Outil d’annotation et base de données des éléments répétés dans les génomes.

<hr>Vue conceptuelle du système d’information GnpIS.

<hr>Portail de recherche des données et outils de la plateforme.

Comment soumettre un projet ?

Vous pouvez solliciter PlantBioinfoPF par mail à l’adresse urgi-contact@inrae.fr. Des formulaires sont mis à votre disposition sur le site internet de la plateforme pour vous aider à formaliser vos demandes concernant certains services. Les projets sont précisés avec les utilisateurs et arbitrés lors des réunions mensuelles de la plateforme. Les offres de formation de PlantBioinfoPF sont disponibles sur son site internet et diffusées en parallèle par mail sur liste de diffusion.

Exemple d'utilisation

Déploiement d’un environnement de recherche virtuel pour les e-infrastructures

La plateforme PlantBioinfoPF a investi dans une infrastructure de type cloud afin de mettre à disposition des environnements de recherche virtuels (VRE) dédiés à l’étude de l’évolution des génomes. Un premier VRE permettant d’annoter les éléments transposables d’un génome a été distribué sur plusieurs clouds. Il est utilisé pour différentes formations et pour proposer rapidement un environnement de travail aux chercheurs et postdoctorants accompagnés par l’Unité de recherche génomique-info (URGI), démontrant la puissance de cette approche.

Cette nouvelle technologie permet de s’affranchir des problèmes d’installation du package REPET et de ses dépendances. Elle garantit une installation sérialisée et homogène à partir du même modèle, permettant la disponibilité des ressources nécessaires (logiciels, calcul et stockage). Le VRE a été transféré avec succès dans plusieurs e-infrastructures de type cloud : URGI, Biogenouest, IFB et Barcelona super computer center. Il est utilisé depuis 2016 dans le cadre des formations « Genome assembly and annotation course », proposée par l’infrastructure européenne ELIXIR, et « Annotation des ET » assurée par la plateforme.

Pour en savoir plus : Dominguez Del Angel V. et al. (2018). Ten steps to get started in genome assembly and annotation. F1000Research, 7(ELIXIR):148.