PH2I

Expertise, prestations et mise à disposition d’équipements pour la caractérisation de tissus biologiques au niveau morphologique, protéique et transcriptomique.

Site de la plateforme

PH2I

Expertise, prestations et mise à disposition d’équipements pour la caractérisation de tissus biologiques au niveau morphologique, protéique et transcriptomique.

Site de la plateforme

Plateforme histologie, immunomarquage et imagerie du tissu (PH2I)

Créée en 2019, la plateforme PH2I est issue des plateformes d'histologie du PARCC et de l'Institut Cochin. Elle intervient sur des projets de recherche fondamentale, préclinique et translationnelle pour mieux comprendre différentes pathologies telles que les cancers, les maladies métaboliques et cardiovasculaires. Elle propose en particulier une offre complète pour la caractérisation des tissus au niveau morphologique, protéique et transcriptomique.

La plateforme dispose de 20 équipements dédiés à la préparation des tissus, à leur caractérisation, à la visualisation et numérisation des lames, ainsi qu’à leur analyse. Elle travaille sur tout type de tissus et d’organes, humains, murins ou provenant d’autres espèces animales. Les échantillons peuvent être pris en charge sur la totalité du processus ou seulement à certaines étapes. La plateforme met aussi à disposition ses équipements auprès des utilisateurs préalablement formés à leur utilisation. D’un point de vue développement, elle s’intéresse à différents aspects de marquage multiparamétrique et de transcriptomique spatiale.

Expertises et services

Conseil pour la conception, la mise en place et le suivi de projets,
Histologie classique : préparation de tissus congelés, fixés ou FFPE, coupe au microtome et cryostat, coloration standard morphologique (HE, HES) ou spécifique (Masson, Sirius, PAS…),
Immunomarquage simple ou double avec révélation visible (DAB) ou en fluorescence,
Marquage multiplex jusqu’à 6 couleurs,
Marquage hyperplex jusqu’à 200 protéines d’intérêt sur une même lame,
Analyse transcriptomique : ciblage de gènes via l’hybridation in situ par RNAscope et étude non ciblée via la technologie Visium (10x Genomics) pour la transcriptomique spatiale,
Numérisation de lames entières virtuelles,
Décalcification de tissus durs et tissus osseux,
Production de tissue microarrays (TMA),
Mise à disposition d’équipements après formation : cryostat, microtome, scanner de lames, microscopes et microdissecteur laser,
Analyse d’images et interprétation des résultats.

Moyens et équipements

Système de multimarquage hyperplex MACSima (Miltenyi),
Microdissecteur laser Arcturus XT (Thermo Fisher Scientific)
Automate Minicore pour la production de TMA,
Automate de décalcification KOS (MM France),
Système d’imagerie multispectrale de fluorescence Vectra 3 (Akoya),
Logiciels d’analyse d’images Halo et InForm,
Automates dédiés à l'histologie : automate de déshydratation et d’imprégnation en paraffine, table d’inclusion pour la mise en bloc, microtome, cryostats, automates de coloration standard ou spécifique, automates d’immunomarquage (Leica Bond RX), microscopes, scanner de lames en visible, fluorescence et polarisation, automate de décalcification...

<hr>Cœur de souris coloré avec des lectines pour évaluer la reconstruction vasculaire après un infarctus.

<hr>Technique d’immunofluorescence sur un embryon de souris.

<hr>Fémur de souris coloré au trichrome de Masson.

Comment soumettre un projet ?

La plateforme PH2I est ouverte à toutes les équipes internes et externes, académiques et privées, sans aucune restriction d’appartenance ou de localisation géographique. Les prestations conventionnelles sont directement accessibles, sans conditions. Pour les technologies plus complexes, des études de faisabilité et des contrôles qualité peuvent être réalisés.

Pour toute demande de projet ou de prestation, vous pouvez prendre contact par téléphone ou par mail avec le pôle Cochin (01 40 51 64 52) ou le pôle PARCC (01 53 98 79 72). Vous serez ensuite guidé vers les démarches à mettre en oeuvre. Les prestations de la plateforme sont facturées de manière trimestrielle. Par ailleurs, lorsqu’un projet nécessite un travail de mise au point ou de développement, la demande fait obligatoirement l’objet d’une concertation pour décider ou non de sa prise en charge.

Exemple d'utilisation

Analyse in situ de la charge inflammatoire dans le rejet d'allogreffes rénales

Le diagnostic du rejet en transplantation rénale est visible d’un point de vue histologique. Il se manifeste, pour le rejet cellulaire, par la présence de cellules inflammatoires dans l’interstitium rénal et des lésions de tubulites, et pour le rejet humoral, par la présence de cellules inflammatoires dans les capillaires glomérulaires et péritubulaires. La composition et la localisation de cet infiltrat immunitaire sont difficiles à cerner.

Une étude a été menée pour mettre au point une technique d’immunofluorescence multiparamétrique sur biopsies fixées et incluses en paraffine, afin de détecter et de localiser, en intra ou extravasculaire sur une même lame, plusieurs types cellulaires (lymphocytes T, macrophages et cellules NK) au cours du rejet cellulaire et du rejet humoral en transplantation rénale. La plateforme PH2I a accompagné les chercheurs dans le développement des marquages multiparamétriques et mis à disposition, après formation, les appareils et outils nécessaires. Elle a également élaboré à l’aide de logiciels des algorithmes d’analyse quantitative, qualitative et de localisation de l’ensemble des cellules immunitaires.

Pour en savoir plus : Calvania J. et al. (2019). In situ multiplex immunofluorescence analysis of the inflammatory burden in kidney allograft rejection: A new tool to characterize the alloimmune response. American Journal of Transplantation, 20(4):942-953.