Montpellier ressources imagerie (MRI)

La plateforme MRI offre un accès à de nombreuses ressources en microscopie photonique, cytométrie en flux, microscopie électronique, micro-tomographie aux rayons X et criblage pour la recherche en sciences du vivant. Membre du laboratoire Biocampus (UMS3426), elle est distribuée en quinze plateaux distincts sur sept sites au nord de Montpellier.

La plateforme dessert une communauté locale, nationale et internationale de plus d'un millier de chercheurs en biologie animale, biologie végétale et évolution. Elle leur donne accès à un large éventail de techniques d'imagerie, en particulier cellulaire, des techniques les plus simples (champ plein), aux plus complexes (super-résolution, molécule unique…). La plateforme maintient un parc de systèmes de pointe, investit régulièrement dans de nouvelles technologies et diffuse l’ensemble de son expertise à la communauté scientifique.

Expertises et services

• Mise à disposition d’équipements après formation,
• Conseil et orientation vers la meilleure approche technologique,
• Tri cellulaire en cytométrie en flux, acquisition et analyse des données,
• Réalisation complète de projets de microscopie électronique incluant la préparation d’échantillons et leur observation,
• Réalisation de cribles chimiques, siRNA, CRISPR-Cas9 et analyse statistique des données,
• Formation des utilisateurs pour mise en autonomie, formation permanente et continue,
• Développement d’outils spécifiques à façon et de microscopes,
• Mise à disposition d’outils de transfert de données, 
• Mise à disposition d’un logiciel de partage et d’analyse d’images,
• Développement d’outils informatiques de gestion de plateforme (projet Core Facility Management System).

Moyens et équipements

Microscopie à fluorescence :

• Microscopes champ plein, avec ou sans apotome, et vidéomicroscopes,
• Microscopes confocaux à balayage laser couplés à un laser multi-photon, un vibratome, et équipés de systèmes FCS/FCCS, FRET-FLIM, Airyscan, SHG, THG et CARS,
• Microscopes confocaux spinning disk,
• Systèmes de super-résolution 3D-SIM, STED et 3D-PALM/STORM,
• Système TIRF,
• Scanners de lames,
• Micro-dissecteur laser,
• Microscopes à feuille de lumière,
• Stéréo-microscope.

Cytométrie en flux :

• Analyseurs multiparamétriques (16 couleurs) et trieurs.

Microscopie électronique :

• MEB et MET 200 kV avec tomographie,
• Automates pour MEB et MET,                               
• Ultramicrotome.

Tomographie aux rayons X :

• Micro-tomographe aux rayons X 40-150 kV pour échantillons de 1 mm à 30 cm.

Criblage (high content screening) :

• Robot de pipetage,
• Systèmes HCS (Cellomics et Opéra),
• Lecteur de plaques,
• Pièce de culture cellulaire.

Parc informatique :

• 85 stations d’analyse d’images connectées,
• 54 serveurs et espace de stockage de 322 To.

Comment soumettre un projet ?

Pour accéder à un équipement de la plateforme MRI, inscrivez-vous sur le site internet. Vous recevrez un mail de confirmation avec le nom et les coordonnées des responsables de plateau avec qui vous devrez prendre rendez-vous pour valider votre inscription et déterminer vos besoins en formation.

Pour soumettre un projet, envoyez un mail au responsable scientifique de la plateforme Patrick Lemaire. Décrivez brièvement votre projet, la question scientifique posée, le modèle biologique et l’approche technologique que vous envisagez. Un ingénieur vous recontactera pour étudier avec vous la faisabilité du projet, la meilleure stratégie à mettre en place et évaluer le coût de l’intervention de la plateforme.

Exemple d'utilisation

Imagerie de la dynamique transcriptionnelle

Edouard Bertrand, chercheur CNRS à Montpellier, s’intéresse depuis de nombreuses années à la biogénèse précoce des ARNs. Au cours de son post-doctorat, il a développé l’outil MS2-GFP pour imager le métabolisme des ARNs et en particulier la transcription. Avec des systèmes toujours plus sensibles, rapides et résolutifs, la plateforme MRI lui a permis de montrer, d'une part que la transcription des ARNm chez l'Homme est réalisée par des convois de polymérases, et d'autre part que les promoteurs subissent des fluctuations stochastiques de leur activité, sur des échelles de temps multiples allant de la dizaine de seconde à la journée. Pour cela, l’imagerie du vivant rapide par OMX et l’imagerie super-résolue SIM ont été utilisées. Aujourd’hui, le chercheur développe des outils de smFISH à haut débit et les image sur l’Opera Phenix pour cribler la localisation des ARNs.

Ces approches dynamiques de l’expression des gènes sont également étudiées à l’échelle de l’embryon de drosophile par l’équipe de Mounia Lagha à l’Institut de génétique moléculaire de Montpellier (IGMM). Les microscopes confocaux rapides à haute résolution (LSM880 Fast Airyscan, LightSheet MuViSPIM) de la plateforme lui permettent de décrire les mécanismes de mémoire transcriptionnelle au sein d’un organisme multi-cellulaire et de décoder l’impact des séquences cis-régulatrices (activateurs et promoteurs) sur la précision spatio-temporelle de l’activation génique au cours du développement embryonnaire.

Pour en savoir plus : Tantale K. et al. (2016). A single-molecule view of transcription reveals convoys of RNA polymerases and multi-scale bursting. Nature Communications, 7:12248.

Contact

Montpellier ressources imagerie
UMS3426 Biocampus
141 rue de la Cardonille
34396 Montpellier
Région : Occitanie+33 (0)4 34 35 95 18
patrick.lemaire@crbm.cnrs.fr
Site de la plateforme

 

THÉMATIQUES : Cytométrie, Imagerie cellulaire

RESPONSABLES SCIENTIFIQUES :
Patrick Lemaire

RESPONSABLES TECHNIQUES :
Virginie Georget

RESPONSABLES QUALITÉ :
Amélie Sarrazin

TUTELLES : CNRS, Inserm, Université de Montpellier

INFRASTRUCTURES NATIONALES : France BioImaging

LABELLISATION IBiSA : 2008

MOTS CLÉS : Imagerie, Microscopie photonique, Microscopie électronique, Tomographie, Rayons X, Cytométrie, Tri cellulaire, Criblage, HCS, Analyse d’images, Data management, OMERO

Fiche mise à jour en 2021

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