Montpellier GenomiX (MGX)

Séquençage nouvelle génération, transcriptomique en population et sur cellules uniques, génotypage, recherche de mutants/variants, qPCR à haut débit et analyses statistiques.

Site de la plateforme

Montpellier GenomiX (MGX)

Séquençage nouvelle génération, transcriptomique en population et sur cellules uniques, génotypage, recherche de mutants/variants, qPCR à haut débit et analyses statistiques.

Site de la plateforme

Montpellier GenomiX (MGX)

La plateforme Montpellier GenomiX propose aux laboratoires académiques et aux sociétés de biotechnologie des prestations de service dans le domaine de la génomique : séquençage nouvelle génération, PCR en temps réel à haut débit et séquençage Sanger spécifique.

Les applications de ces techniques incluent le (re)séquençage de génomes complets, y compris la découverte de variants (SNV, mutations, indels, CNV), le séquençage de régions ciblées du génome, par exemple le séquençage d’exomes, la transcriptomique (RNA-Seq, small RNA-Seq), notamment sur cellules uniques (single cell 3’RNA-Seq), la détermination de la structure et de la dynamique chromatinienne (ChIP-Seq, FAIRE-Seq, Hi-C), l’épigénétique (ChIP-Seq, RRBS, Bisulfite-Seq) et le génotypage (RAD-Seq, GBS).

La plateforme offre aussi un service complet pour l’analyse des données issues du séquençage nouvelle génération : identification de gènes ou transcrits différentiellement exprimés, cytosines différentiellement méthylées, régions enrichies dans les données de ChIP-seq, variants statistiquement significatifs... Elle propose par ailleurs la contextualisation fonctionnelle des données produites.

Expertises et services

Validation des échantillons par microfluorimétrie et électrophorèse capillaire,
Construction, validation et quantification de banques NGS,
Séquençage Illumina, ONT et génotypage Sanger,
qPCR à haut débit,
Analyse statistique et contextualisation fonctionnelle des données.

Moyens et équipements

Séquenceurs NovaSeq 6000, NextSeq 550, MiSeq, MiniSeq (Illumina) et MinION (Oxford Nanopore Technologies),
Robots pipeteurs-diluteurs Genesis (Tecan), Janus (PerkinElmer) et Echo (LabCyte),
Equipements d’électrophorèse capillaire Fragment Analyzer et BioAnalyzer (Agilent) et d’électrophorèse sur gel Pippin HT (Sage Science),
Système de microfluidique Chromium (10x Genomics),
Appareils de PCR en temps réel LC480 (Roche) et PCR digitale (Stilla Technologies),
Serveurs de calcul (176 cœurs), processeurs graphiques GPU (Nvidia), serveurs de stockage et d’archivage (322 To).

<hr>Représentation « éruptive » de données de RNA-Seq montrant des gènes sur ou sous-exprimés.

<hr>Clusterisation hiérarchique obtenue par RNA-Seq de 9 échantillons biologiques (3 groupes de 3 réplicats).

<hr>Analyse de la différenciation de cellules souches pluripotentes induites humaines en progéniteurs pancréatiques par 3’RNA-Seq sur cellules uniques.

<hr>Séquenceur NovaSeq 6000 chargé avec deux flow cells S4 dont la capacité totale de séquençage est d’environ 20 milliard de séquences.

<hr>Représentation sous forme de réseau de la coexpression des gènes constituant le terme Gene Ontology de la coagulation sanguine.

<hr>Sortie graphique du package ISoLDE permettant de réaliser de la transcriptomique allélique.

<hr>Clusterisation et expression cellule-spécifique de gènes marqueurs dans une expérience de 3’RNA-Seq sur cellules uniques.

<hr>Représentation en guirlande lumineuse de la sur-représentation de termes Gene Ontology dans une liste de gènes différentiellement exprimés.

<hr>Séquenceur nanopore MinION (Oxford Nanopore Technologies).

<hr>Pippin HT utilisé pour purifier différentes espèces de petits ARNs non codants avant la construction de banques RNA-Seq.

<hr>Résultat d’une expérience de RRBS montrant le profil de méthylation de l’ADN sur 70 Mb du chromosome 9 humain.

Comment soumettre un projet ?

Après une première prise de contact par téléphone ou par mail à l’adresse mgx@mgx.cnrs.fr, une réunion, en présentiel ou à distance, sera organisée afin que vous puissiez présenter la thématique et les objectifs de votre projet aux personnels de la plateforme. Ces derniers vous aideront à préciser le design expérimental pour optimiser les coûts et la puissance statistique de l’expérience. Après validation de la faisabilité technique du projet, une proposition chiffrée vous sera soumise, ainsi qu’une fiche de prestation détaillant les prérequis attendus pour les échantillons. Les expériences seront lancées après réception et vérification des échantillons. Un compte rendu vous sera remis en fin de projet. Si besoin, la plateforme pourra également déposer les résultats dans des bases de données ad hoc et rédiger la partie Matériels et méthodes en vue d’une publication.

Exemple d'utilisation

Identification par HRS-Seq des régions génomiques associées aux corps nucléaires

L’équipe de Thierry Forné à l’Institut de génétique moléculaire de Montpellier (IGMM) étudie l’influence de la structure chromatinienne sur l’expression des gènes. Elle a mis au point une méthode fondée sur la PCR pour déterminer la distribution du génome dans les différents corps nucléaires au cours de processus tels que la prolifération ou la différenciation. La plateforme MGX a adapté le protocole de cette méthode au séquençage nouvelle génération (NGS), permettant de passer à l’échelle génomique et d’observer la redistribution du génome entre les différents compartiments nucléaires dans les cellules souches embryonnaires et au cours de la différenciation en progéniteurs neuraux.

Pour en savoir plus : Baudement M.-O. et al. (2018). High-salt Recovered Sequences are associated with the active chromosomal compartment and with large ribonucleoproteic complexes including nuclear bodies. Genome Research, 28(11):1733-1746.

Contact

Montpellier GenomiX (MGX)
IGF, UMR5203
141 rue de la Cardonille
34094 Montpellier
Région : Occitanie+33 (0)4 34 35 92 41
mgx@mgx.cnrs.fr
Site de la plateforme