Microscopie imagerie cytométrie Azur (MICA)

Développement et mise à disposition d’outils d’imagerie pour la caractérisation et quantification biologique, de l’échelle subcellulaire à l’organisme entier, de la nanoscopie à la macroscopie.

Site de la plateforme

Microscopie imagerie cytométrie Azur (MICA)

Site de la plateforme

Microscopie imagerie cytométrie Azur (MICA)

La plateforme MICA regroupe les expertises en micro et macroscopie photonique, microscopie électronique, à force atomique, imagerie planctonique, cytométrie en flux et analyse d'images de huit partenaires locaux en science de la vie sur la Côte d'Azur : l'Institut de biologie Valrose (iBV), l’Institut de pharmacologie moléculaire et cellulaire (IPMC), le Centre méditerranéen de médecine moléculaire (C3M), l’Institut de la mer de Villefranche (IMEV), le Centre commun de microscopie appliquée (CCMA), l’Institut de recherche sur le cancer et le vieillissement (IRCAN), l’Institut Sophia Agrobiotech et l’équipe-projet MORPHEME de l’Inria.

MICA assiste et forme les équipes de recherche sur différentes techniques et méthodologies d’imagerie : analyse ultra-structurale par microscopie électronique, imagerie photonique super-résolue ou à force atomique, imagerie macroscopique à feuille de lumière, analyse statistique, tri de populations cellulaires et d’organismes planctoniques... L’originalité de la plateforme réside dans sa capacité à accueillir sur les équipements, aussi bien des échantillons provenant d’insectes et de végétaux (hyménoptères, racine, feuilles, organes symbiotiques ou pathologiques) ou d’organismes marins (ascidie, plancton, méduse), que des échantillons cliniques (pièces anatomiques, tissus…).

La plateforme MICA adapte et développe à façon des approches techniques ou méthodologiques, depuis l’observation jusqu’à l’analyse d’images. Elle propose également un accès à la base de données de taxonomie Ecotaxa et à la base Omero de gestion de projets et d’édition d’images commune avec EMBRC France.

Expertises et services

Nanoscopie :

Analyse ultra-structurale en microscopie électronique à transmission et balayage (immunocytochimie à l’or colloïdal, cryobservation, cryofracture), microscopie 3D par coupes sériées, analyse chimique par EDX,
Caractérisation topographique et analyse de propriétés mécaniques en microscopie à force atomique (contact, tapping, peak force tapping dans l’air et en milieu liquide),
Imagerie photonique super-résolue PALM et STED.

Imagerie photonique subcellulaire et cellulaire :

Mise à disposition de vidéo-microscopies en contraste et fluorescence 4D, microscopie confocale spectrale et rapide, microscopie TIRF, imagerie calcique, imagerie multi-photonique et de seconde harmonique,
Analyse de mobilité subcellulaire par FRAP et FCS/ FCCS,
Analyse de localisations et interactions moléculaires, mesure de durée de vie de fluorescence (FLIM).

Imagerie du tissu à l’organisme vivant :

Imagerie de coupes de tissus en 2D et 3D,
Transparisation d’organes et organismes,
Imagerie à feuille de lumière sur échantillons fixés ou vivants, du millimètre au cm,
Imagerie et classification taxonomique de plancton in situ et en laboratoire.

Analyse et tri de cellules par cytométrie en flux :

Analyse multivariée,
Cytométrie spectrale, en image et du plancton,
Tri de petites particules et petits organismes,
Tri pour le single cell et pharmacologique (développement).

Analyse d’images :

Réalisation de solutions d’analyse d’images à façon en 2D, 3D et 4D,
Mise à disposition de bases de données et de logiciels d’analyse 3D.

Moyens et équipements

Microscopie confocale, biphoton et super-résolue :

16 microscopes confocaux à balayage laser dont TCS SP8 STED 3X (Leica Microsystems), 3 LSM 880 Fast Airyscan (Zeiss), LSM 780 multi-photons (Zeiss) et A1R avec FLIM (Nikon),
3 microscopes confocaux spinning disk (Andor, PerkinElmer, Roper),
3 microscopes TIRF dont un multiangle, HiLO, PALM.

Microscopie électronique et à force atomique :

Microscope à transmission 120 kV JEM 1400 (Jeol),
2 microscopes à balayage : Vega 3XMU (Tescan) avec détecteur EDX Oxford X-Max N50 et JSM 6700F (Jeol),
Microscope AFS2 (Leica Microsystems) pour la cryo-substitution et l'inclusion à basse température,
2 microscopes AFM : Bioscope Catalyst Premium (Bruker) sur microscope à épifluorescence DMI 6000 (Leica Microsystems) et Multimode 8 avec scanner rapide (Bruker).

Micro et macroscopie à feuille de lumière :

Ultramacroscope (système développé),
Lightsheet Z1 (Zeiss).

Cytométrie en flux :

6 analyseurs dont LSRII, LSR, Canto (BD Biosciences) et Spectral Analyzer (Sony),
4 trieurs : BioSorter (Union Biometrica), 2 FACS Aria III et 2 FACS Aria II (BD Biosciences).

Imagerie en flux :

3 Underwater Vision Profiler P,
2 FlowCam et 3 ZooScan,
ImageStreamX (Merck Millipore).

Analyse et traitement des données :

Représentation 3D : Amira, Imaris,
Déconvolution : Huygens.

<hr>Marge de l'ombrelle de la méduse hydrozoaire Obélia. © S. Peron, LBDV, Villefranche-sur-Mer.

<hr>Section coronale de cerveau de souris YFP Thy-1. © L. Nikita, iBV, Nice.

<hr>Embryon d’ascidie fixé avec marquage de la tubuline (en vert) et de l’ADN (en bleu). © K. Daniel, LBDV, Villefranche-sur-Mer.

<hr>Neurones d’hippocampe murins avec GluA1 en surface (en bleu) et GluA1 cytosolique (en rouge). © A. Folci, IPMC, Valbonne.

<hr>Mitochondrie dans une cellule LS174. © N. Mazure, IRCAN, Nice.

<hr>Déposition d’un film polymère de thienothiophène générant des micro-nanostructures. © G. Ramos-Chagas, Nice Lab, Nice.

<hr>Microscope LSM880 Fast Airyscan (Zeiss).

<hr>Microscope électronique à balayage 3XMU (Tescan Vega) avec détecteur EDX Oxford X-Max N 50.

<hr>Microscope STED TCS SP8 (Leica Microsytems).

Comment soumettre un projet ?

Pour soumettre un projet à la plateforme MICA, envoyez un mail à l’adresse mica@unice.fr. Décrivez brièvement votre projet et les observations que vous souhaitez réaliser. L’équipe de MICA vous recontactera pour étudier avec vous la faisabilité du projet, la meilleure stratégie d’observation et la nature des services que la plateforme peut vous offrir. Une réponse vous sera adressée dans les deux semaines suivant la demande. Le délai nécessaire à la réalisation des projets varie selon le type de service sollicité.

Exemple d'utilisation

Caractérisation structurale de liposomes en microscopie électronique à transmission

En 2015, deux équipes de l'Université de Liège en Belgique ont fait appel aux services de la plateforme MICA pour la caractérisation de liposomes par microscopie électronique à transmission (MET). Depuis cette première collaboration, elles continuent régulièrement à faire confiance aux experts de la plateforme pour différents travaux au MET, que ce soit pour la caractérisation de liposomes ou l’analyse ultra-structurale de cultures cellulaires. Deux études sont en cours en 2019 et les travaux antérieurs ont déjà donné lieu à deux publications.

Pour en savoir plus : Karim R. et al. (2017). Development and evaluation of injectable nanosized drug delivery systems for apigenin. International Journal of Pharmaceutics, 532(2):757-768.