MicroScope

Un environnement bioinformatique web pour l’annotation et l’analyse comparative de génomes ou métagénomes de microorganismes procaryotes.

Site de la plateforme

MicroScope

Un environnement bioinformatique web pour l’annotation et l’analyse comparative de génomes ou métagénomes de microorganismes procaryotes.

Site de la plateforme

MicroScope

MicroScope est une plateforme web intégrée pour l'analyse des génomes procaryotes issus d’isolats ou d’assemblages métagénomiques, avec des applications dans le domaine du biomédical, de l’agroalimentaire, de l’environnement et des biotechnologies. Elle combine des outils et des interfaces graphiques permettant l'annotation fonctionnelle experte, des analyses de génomique comparative et la reconstruction de réseaux métaboliques. Des données issues d’expériences de transcriptomique (RNA-Seq) peuvent également être intégrées pour étudier l’expression différentielle des gènes. Des annotations expertes sont continuellement rassemblées dans la base de données de MicroScope, contribuant à l'amélioration de la qualité des annotations des génomes microbiens et des réseaux métaboliques prédits.

La plateforme peut être utilisée en tant que ressource communautaire pour l'analyse comparative et l'annotation de génomes publics, mais aussi en tant que ressource privée avec des droits d'accès restreints aux données génomiques soumises. Des sessions de formation professionnelle sur l'utilisation de MicroScope sont régulièrement organisées en collaboration avec le service de la formation continue de l’Université d’Evry.

Expertises et services

Annotation de génomes microbiens issus d’isolats ou d’assemblages métagénomiques,
Développement de méthodes bioinformatiques et de bases de données,
Génomique comparative et analyse de pangénomes,
Prédiction de fonctions et de processus biologiques,
Reconstruction de réseaux métaboliques,
Analyse de données de transcriptomique,
Recherche de variants dans des souches évoluées (uniquement en collaboration),
Assistance technique,
Formation à l’annotation de génomes procaryotes et à la curation de réseaux métaboliques.

Moyens et équipements

Accès à l'infrastructure informatique du Genoscope,
Accès au Centre de calcul recherche et technologie (CCRT) du CEA.

<hr>Annotation et analyse comparative de génomes ou métagénomes de microorganismes procaryotes.

<hr>Interface web de la plateforme MicroScope, navigateur de génome avec carte de synténie.

Comment soumettre un projet ?

La plateforme MicroScope est ouverte à la communauté scientifique académique ainsi qu’aux industriels. Le catalogue des services offerts est disponible sur son site internet. Pour les académiques, les demandes de prestation se font en ligne sur le site de la plateforme et nécessitent la création d’un compte utilisateur. Trois types de projet peuvent être soumis : Génome, Métagénome et RNA-Seq. Les spécifications de format des fichiers relatifs à chaque type de prestation seront indiquées en ligne. Les données métagénomiques pouvant être intégrées au sein de la plateforme concernent des génomes issus d’assemblages de métagénomes de type MAG (metagenome assembled genomes).

Les demandes d’intégration de génomes sont limitées à dix par demande de prestation. Pour des projets d’analyse de plusieurs dizaines de génomes, il est nécessaire de contacter la plateforme à l’adresse mage@genoscope.cns.fr. Le délai de prise en charge des demandes de prestation est d’un à trois jours. Celui nécessaire à la réalisation des analyses varie selon le type de service sollicité. Les données de type génome et métagénome sont généralement traitées sous deux à quatre semaines selon le volume des demandes arrivant sur la plateforme. Les données de transcriptomique sont quant à elles traitées sous une à deux semaines.

Exemple d'utilisation

Identification de souches bactériennes d’intérêt pour le biocontrôle

Le projet Microorganismes pour une agriculture durable (MOPAD) s'est concentré sur le développement de nouvelles solutions de biocontrôle pour lutter contre les champignons Fusarium du blé tendre. L’objectif était de proposer des produits adaptés aux grandes cultures, impliquant de surmonter les contraintes techniques, réglementaires, environnementales et commerciales pouvant être rencontrées. A partir d’un screening in vitro et d’analyses génomiques réalisées sur la plateforme MicroScope, plusieurs souches microbiennes potentiellement efficaces contre le Fusarium ont été identifiées pour être évaluées au champ. Financé par Bpifrance, ce projet a associé le CEA, une PME de biotechnologie et un grand semencier.

Pour en savoir plus : Communiqué de presse de Bpifrance sur le projet MOPAD.