Marseille screening center (MaSC)

Criblage de chimiothèques à haut débit pour la recherche de composés, antiviraux et anticancéreux, sur des cibles protéiques ou des isolats cliniques.

Site de la plateforme

Marseille screening center (MaSC)

Criblage de chimiothèques à haut débit pour la recherche de composés, antiviraux et anticancéreux, sur des cibles protéiques ou des isolats cliniques.

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Marseille screening center (MaSC)

La plateforme MaSC fédère les capacités de criblage de trois plateformes dédiées à la recherche d’anticancéreux et d’antiviraux : la Plateforme de criblage Marseille-Luminy (PCML), la plateforme de criblage à haut débit du CRCM (HiTS) et la Plateforme de criblage viral Marseille-Timone (PCVMT).

Les sollicitations de prestations reçues mettent en évidence un changement de paradigme au niveau des antiviraux, qui représentent aujourd’hui un enjeu majeur de santé publique. La complémentarité technologique des trois plateformes ainsi que la possibilité de robotisation et de miniaturisation jusqu’au format 1 536 puits positionnent MaSC comme un acteur unique de la métropole Aix-Marseille pour le criblage de molécules sur cibles protéiques ou cellulaires.

Aussi, la causalité de cancers liés à des virus, ainsi que l’existence de cibles biologiques pertinentes dans ces deux aires thérapeutiques font de l’identification de sondes chimiques une urgence pour le développement de nouvelles approches thérapeutiques. À cette fin, MaSC développe des technologies innovantes, intègre les nouveaux développements chémoinformatiques dans sa stratégie de criblage et contribue à la mise au point et à la diffusion de nouvelles chimiothèques. La plateforme collabore étroitement avec un ensemble de partenaires académiques et industriels et s’attache à diffuser ses connaissances et compétences au sein de la communauté scientifique.

Expertises et services

Plateforme de criblage Marseille-Luminy (PCML) :

Production et purification d’enzymes cibles,
Criblage enzymatique : miniaturisation, robotisation et développement d'essais au format 96 et 384 puits,
Caractérisation biochimique et biophysique : IC₅₀, spécificité et TSA,
Criblage d'inhibiteurs des interactions protéine-protéine et protéine-ligand,
Mise à disposition de chimiothèques internes ou dédiées.

Plateforme de criblage à haut débit du CRCM (HiTS) :

Modélisation moléculaire : modèles 3D, alignement structural et mutagenèse virtuelle,
Simulation par dynamique moléculaire,
Docking protéine-protéine et protéine-ligand,
Criblage in silico : docking à haut débit et recherche de similarités,
Chimie médicinale, optimisation hit-to-lead et QSAR,
Gestion de base de données internes ou dédiées.
Production et purification de protéines cibles,
Criblage à haut débit : robotisation, développement d’essais et miniaturisation jusqu’au format 1 536 puits,
Caractérisation biophysique d’interactions protéine-ligand par TSA et ITC.

Plateforme de criblage viral Marseille-Timone (PCVMT) :

Criblage sur cellules infectées avec virus réplicatifs sauvages ou recombinants,
Réalisation de tests de résistance pour l’évaluation de la barrière de résistance et la détermination de cibles virales.

Moyens et équipements

Criblage robotisé (PCML, HiTS) :

Robots Beckman 4000 et I5 pour le criblage 96 ou 384 puits (PCML),
Station automatisée Beckman Access pour le criblage 384 et 1 536 puits avec robots Echo 550 et Certus Fritz Gyger (HiTS).

Production et purification de protéines recombinantes (PCML, HiTS) :

Système FPLC AKTA pure (PCML, HiTS),
Incubateurs.

Tests d’activité fluorescents (PCML, PCVMT, HiTS) :

Fluorimètres Tecan Safire 2, BMG Labtech PHERAstar et CLARIOstar (PCML),
Fluorimètre Tecan Infinite M200 (PCVMT),
Fluorimètre BMG Labtech PHERAstar FS (HiTS),
PCR Bio-Rad CFX384 (HiTS) et CFX96 (PCML).

Tests d’activité radioactifs (PCML) :

Laboratoire L2,
Compteur à scintillation PerkinElmer MicroBeta FilterMat,
Phosphoimageur Typhoon.

Tests cellulaires (PCVMT) :

Laboratoire NSB3 avec PSM2,
Collection d’isolats cliniques et de virus sauvages,
Appareils de PCR en temps réel QuantStudio 12K Flex,
Extracteur QIAcube HT 96P,
Distributeur de composés Tecan D300e.

Bioinformatique et chémoinformatique (HiTS, PCML) :

Clusters de calcul (HiTS),
Base de données MBioLIMS (PCML).

Chimiothèques de plus de 76 000 composés :

Chimiothèque commerciale Prestwick : chimique, naturelle et pyridazine,
Chimiothèque National cancer institute (NCI) : Diversity,
Chimiothèque Chembridge : Diversity set,
Chimiothèques nationales : chimiothèque de l’Institut Curie, chimiothèques de Gif-sur-Yvette (ICSN et extraits naturels), chimiothèques nationales de Strasbourg et Caen,
Chimiothèque Active Sight : Fragment based library,
Chimiothèque Medicines for malaria venture (MMV) : pandémique et GHP,
Chimiothèques dédiées à l’inhibition des interactions protéine-protéine ou protéine-peptide : 2P2I3D, Fr-PPIChem, Life chemical rule of four, extrait de la ChemDiv Eccentric et chimiothèque de 1 000 fragments.

<hr>Purification sur système AKTA automatisé des protéines recombinantes nécessaires aux essais de la plateforme.

<hr>Manipulateur de liquide acoustique Beckman Echo 550 permettant le transfert précis sans contact de gouttes de 2,5 nL pour les criblages à haut débit.

<hr>Distribution rapide et précise de différents réactifs avec le robot Certus Fritz Gyger.

<hr>Caractérisation biophysique des inhibiteurs identifiés par thermal shift assay (TSA) sur le Bio-Rad CFX384.

<hr>Les composés chimiques dissous dans du DMSO sont stockés en plaques 96 ou 384 puits pour constituer les chimiothèques.

<hr>Production sur système bactérien des protéines recombinantes nécessaires aux essais enzymatiques.

<hr>Laboratoire de type L2 pour le développement et la mise en œuvre de tests enzymatiques radioactifs

<hr>Criblage robotisé de chimiothèques sur des tests d’activité radioactifs avec des enzymes virales.

<hr>Fluorimètre CLARIOstar pour les tests d’activité ou d’interaction par les techniques de fluorescence, de polarisation ou HTRF.

<hr>Caractérisation biophysique des inhibiteurs identifiés par thermal shift assay (TSA) sur le Bio-Rad CFX96.

<hr>Criblages antiviraux réalisés en environnement NSB3.

<hr>Fluorimètre Tecan Infinite M200 utilisé pour les tests de criblage ou l’évaluation de la cytotoxicité des composés.

Comment soumettre un projet ?

Pour soumettre un projet à MaSC, vous pouvez contacter par mail le responsable de la plateforme concernée : Jean-Claude Guillemot pour PCML, Xavier Morelli pour HiTS et Franck Touret pour PCVMT. Vous serez recontactés dans un délai moyen de 15 jours afin de discuter de la faisabilité du projet, de la stratégie et des coûts à envisager. Les délais de réalisation des prestations varient de quelques jours à plusieurs mois en fonction de la nature de la demande.

Exemple d'utilisation

Identification de composés antiviraux ciblant le complexe réplicatif du SARS-CoV-2

Les épidémies récurrentes de virus émergents comme la Dengue ou le SARS-CoV-2, ainsi que l’absence de traitements efficaces font des enzymes virales spécifiques à la réplication de ces virus des cibles adaptées au développement de nouvelles stratégies thérapeutiques.

Dans le cadre du projet ANR TAMAC, la plateforme MaSC a miniaturisé un essai fluorescent au format 384 puits et réalisé un criblage sur le complexe réplicatif du SARS-CoV-2. La chimiothèque criblée, comprenant 10 314 composés, a été spécifiquement établie pour identifier des inhibiteurs des interactions protéines-protéines. Les IC₅₀ des composés ainsi que leur efficacité in cellulo ont été déterminés. Les composés « hits leaders » ont ensuite été caractérisés d’un point de vue biophysique. Leur constante de dissociation (K_d) a notamment été mesurée par thermal shift assay (TSA). L’obtention de co-structures inhibiteurs-protéines par cristallographie et cryo-microscopie électronique est en cours.

Contact

Marseille screening center (MaSC)
UMR7257, AFMB
Polytech Case 925, Bât. B
163 avenue de Luminy
13288 Marseille
Région : Provence-Alpes-Côte d'Azur+33 (0)6 64 78 65 54
jean-claude.guillemot@univ-amu.fr
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