Marseille protéomique (MaP)

Conception et mise en œuvre de techniques pour l’identification, la caractérisation et la quantification de protéines, l’imagerie et la protéomique structurale par spectrométrie de masse.

Site de la plateforme

Marseille protéomique (MaP)

Conception et mise en œuvre de techniques pour l’identification, la caractérisation et la quantification de protéines, l’imagerie et la protéomique structurale par spectrométrie de masse.

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Marseille protéomique (MaP)

Marseille protéomique (MaP) est une plateforme fédérative équipée de spectromètres de masse et de techniques complémentaires pour un large spectre d’études des protéines : identification, quantification, modification post-traductionnelle, localisation par imagerie-MS, protéomique structurale et bioinformatique.

La plateforme MaP offre des opportunités de collaborations et de prestations pour la recherche fondamentale, clinique et l’industrie. Elle couvre un vaste champ expérimental allant de l’oncologie pour la découverte de biomarqueurs, à l’immunologie et la microbiologie pour la compréhension des mécanismes de défense cellulaire et du métabolisme.

MaP regroupe trois plateformes situées à proximité des centres de recherche du CNRS, de l’Inserm, et d’Aix Marseille Université, ainsi que des établissements privés d’intérêt collectif de l’Institut Paoli-Calmettes (IPC) et du Centre de lutte contre le cancer (CLCC). Les perspectives d’évolution de la plateforme portent sur les approches de protéomique quantitative complexes en chemoprotéomique, interactomique, immunopeptidomique, et pour l’étude des modifications post-traductionnelles.

Expertises et services

Caractérisation de protéines :

Identification par spectrométrie de masse MS/MS et LC-MS/MS en DDA et DIA,
Analyse de modifications post-traductionnelles (phosphorylation, glutamylation, glycosylation, ubiquitinylation, sumoylation, carbonylation, O-GlcNAc...),
Analyse de modifications chimiques (sondes EPR, FRET, métaux...),
Identification de protéines par séquençage d’Edman,
Séquençage de novo par spectrométrie de masse (top-down LC-MS/MS, MALDI in source decay) et séquençage d’Edman.

Protéomique quantitative :

Quantification par marquages isobariques (TMT10plex et TMT16plex), marquage métabolique (SILAC) et label-free,
Protéomique ciblée utilisant l’approche paralel reaction monitoring.

Complexomique et interactomique :

Utilisation d’approches biochimiques IP-MS, AP-MS, TaP-TaG-MS, APEX-MS et BirA-MS,
Analyse d’interactions non covalentes par ESI-MS natif,
Caractérisation par échange H/D et MS.

Découverte de biomarqueurs :

Analyse en protéomique quantitative de plasma et FFPE,
Recherche de biomarqueurs en cancérologie, immunologie…

Chemoprotéomique :

Analyse d’Interactions non covalentes par ESI-MS natif,
Analyse thermal proteome profiling (TPP), CETSA, PISA et purification par affinité sur drogue et chimie-click.

Protéomique structurale :

Détermination massive globale de protéines par MALDI ou ESI dans des conditions natives ou dénaturantes.

Fractionnement d’échantillons protéiques :

Électrophorèse off gel,
Chromatographie liquide haute pression.

Imagerie par spectrométrie de masse :

MALDI imaging : caractérisation de biomarqueurs in situ et distribution de médicaments dans les tissus.

Autres expertises et services :

Contrôle qualité de peptides thérapeutiques et protéines pour l’industrie pharmaceutique,
Caractérisation de métabolites et réalisation d’études pharmacocinétiques,
Quantification de produits chimiques et médicaments par spectrométrie de masse.

Moyens et équipements

Spectrométrie de masse :

Orbitrap Fusion Lumos Tribrid Thermo couplé à une nanochromatographie,
2 Q Exactive Plus Thermo couplés à des nanochromatographies,
Séquenceur d’Edman PPSQ Shimadzu,
MALDI-TOF-TOF AXIMA Performance Shimadzu,
MALDI-TOF UltrafleXtreme Bruker,
Triple quadripôle 8040 Shimadzu,
Q-TOF SynaptG1 Waters couplé à un module HDX,
Spectromètre de masse Exploris 120 Thermo.

Chromatographie :

UPLC Agilent,
Acquity UPLC Waters,
UPLC Nexera Shimadzu.

Autres équipements :

Bravo Assay MaP Agilent,
Système d'électrophorèse off gel Agilent.

<hr>Dépôt d’échantillons pour une analyse de masse par MALDI-TOF.

<hr>Sélection de protéines à analyser en spectrométrie de masse.

<hr>Source d’ionisation et entrée d’un spectromètre de masse Orbitrap.

<hr>Séparation de protéines en gel SDS-PAGE et coloration au nitrate d’argent.

<hr>Journée scientifique ProtéoPACA organisée par la plateforme MaP, un rendez-vous incontournable pour les chercheurs souhaitant démarrer des approches de protéomique.

<hr>La dernière acquisition de MaP : un spectromètre de masse Orbitrap Fusion™ Lumos™ Tribrid™ et sa nanochromatographie.

<hr>Module HDX et nano-chromatographie couplés au spectromètre de masse Q-ToF Synapt G1 pour étudier les zones d’interaction de protéines.

<hr>Séquenceur de protéines Shimadzu pour la détermination de la séquence N-terminale par la méthode d’Edman.

<hr>Localisation d'anticorps monoclonaux dans un cerveau avec tumeur.

<hr>Représentation « papillon » des cinétiques d’échanges H/D sur une protéine, de l’extrémité N-terminale vers C-terminale. Chaque point représente un peptide pepsique (taux d’échange H/D en ordonnées).

Comment soumettre un projet ?

Pour soumettre un projet à Marseille protéomique (MaP), utilisez le formulaire de contact disponible sur le site internet de la plateforme. Décrivez avec le plus de détails possibles votre projet et éventuellement la stratégie protéomique que vous pensez la plus à même de répondre à vos questions biologiques. L’équipe de MaP vous recontactera pour étudier avec vous la faisabilité du projet, vous conseiller sur la meilleure stratégie protéomique à utiliser et vous exposer la nature des services que la plateforme peut vous offrir.

Une réponse vous sera adressée dans les deux semaines suivant la demande. Le délai nécessaire à la réalisation des projets varie selon le type de service sollicité, allant d’une semaine à plusieurs mois. Une réunion préliminaire sera programmée pour discuter en profondeur du projet, de son financement, du temps et des ressources humaines à consacrer.

Exemple d'utilisation

Etude de l’interactome de protéines impliquées dans l’homéostasie épithéliale

La plateforme MaP a réalisé une étude de l’interactome de SCRIB et LANO, deux membres de la famille des LAP, protéines d’échafaudage caractérisées par la présence de domaines LRR (répétitions riches en leucine) en N-terminal et de 4 domaines PDZ pour SCRIB, ou d’un motif de liaison aux domaines PDZ pour LANO. Ces protéines se localisent aux membranes basolatérales des cellules épithéliales polarisées. La dérégulation de l’expression de SCRIB ou de sa localisation conduit à la perte de la polarité épithéliale et à la tumorigenèse en raison de son rôle répressif sur plusieurs voies de signalisation, y compris AKT, ERK et HIPPO.

Dans cette étude, une approche protéomique a été utilisée pour caractériser les complexes protéiques associés à SCRIB et à son paralogue LANO. Des ensembles communs et spécifiques de protéines associées à SCRIB et LANO ont été identifiés par MS, offrant une cartographie de leurs interactions. Cette étude est la première analyse comparative des partenaires protéiques des deux membres de la famille LAP.

Dans le cas de l’inhibition du protéasome, il a été constaté que SCRIB est associé au complexe de destruction de la ß-caténine. Celui-ci est central dans la signalisation de Wnt/ß-caténine, une voie de régulation conservée du développement embryonnaire et de la progression du cancer. Il a aussi été montré que l’interaction SCRIB/ß-caténine est potentialisée par la stimulation de Wnt3a et que SCRIB joue un rôle répressif sur la signalisation Wnt. Le travail de MaP prouve ainsi l’importance de SCRIB dans la régulation de la voie Wnt/ß-caténine.

Pour en savoir plus : Daulat A.M. et al. (2019). The tumor suppressor SCRIB is a negative modulator of the Wnt/β-catenin signaling pathways. Proteomics, e1800487.

Contact

Marseille protéomique (MaP)
CRCM, BP 30059
27 boulevard Leï Roure
13273 Marseille
Région : Provence-Alpes-Côte d'Azur+33 (0)4 86 97 72 58
luc.camoin@inserm.fr
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