LIGAN-PM

Des outils et des compétences en NGS pour les projets de séquençage, de génotypage, de transcriptomique, d’analyse bioinformatique et statistique.

Site de la plateforme

LIGAN-PM

Des outils et des compétences en NGS pour les projets de séquençage, de génotypage, de transcriptomique, d’analyse bioinformatique et statistique.

Site de la plateforme

LIGAN-PM

La plateforme Lille integrated genomics advanced network for personalized medicine (LIGAN-PM) propose un ensemble complet d’outils et de compétences en génomique, avec une expertise reconnue à l’international dans le domaine du diabète et de l’obésité. Elle assure des projets de séquençage d’exomes entiers (WES) ou de génomes entiers (WGS), des projets de transcriptomique (RNA-Seq, NanoString), des projets d’épigénétiques (Methyl-Seq, puces EPIC, ChIP-Seq, Hi-C), des projets single cell (RNA-Seq, ATAC-Seq) et d’analyse d’associations pangénomiques (GWAS) via la réalisation de puces à ADN (iScan). LIGAN-PM développe ses propres pipelines d’analyse.

La plateforme est ouverte à la communauté scientifique, académique et médicale, ainsi qu’aux laboratoires privés. Elle accompagne les projets depuis leur montage jusqu’à l’analyse bioinformatique et biostatistique des données produites. Son savoir-faire lui permet d’orienter les technologies à utiliser en fonction de chaque problématique. Le personnel technique de LIGAN-PM assure le bon fonctionnement des équipements et organise l’activité de la plateforme en fonction des projets de recherche, des prestations de service et des collaborations.

Expertises et services

Extraction d’ADN et d’ARN :

Extractions d’ADN à partir de sang total, de salive et de tissus (coupes FFPE),
Extractions d’ARN à partir de tissus ou de culots secs.

Séquençage NGS :

Séquençage à haut débit (WES, WGS, ATAC-Seq, ChIP-Seq, Hi-C, Methyl-Seq, single cell...),
Séquençage Sanger.

Génotypage, expression et kinome :

Génotypage à haut débit (puces à ADN via iScan, GWAS),
Analyse de méthylations de l’ADN (puces EPIC),
Analyse d’expression (NanoString),
Analyse du kinome (PamGene).

Moyens et équipements

Extraction d’ADN et d’ARN :

Biobanque de 366 000 échantillons d’ADN, ARN, sang, tissus, salive et culots cellulaires,
Kits d’extraction Macherey Nagel et automate Chemagic Prime (PerkinElmer) pour l’extraction des acides nucléiques à partir de salive, sang et tissus (coupes FFPE),
Spectrophotomètre et fluorimètre (Tecan) pour le dosage des acides nucléiques,
Solutions logicielle MBioLIMS (Modul-Bio),
Congélateurs à -80°C, chambres froides à 4°C et -20°C.

Séquençage NGS :

Séquenceurs NovaSeq 6000, NextSeq 500, MiSeq et iSeq 100 (Illumina),
Sonicateur E220 (Covaris),
Système single cell Chromium (10x Genomics) et ICELL8 (Takara),
Automates STARlet (Hamilton), Bravo (Agilent) et Sciclone G3 NGSx iQ (PerkinElmer) pour la préparation des librairies,
Nucleic Acid Analyzer LabChip GX Touch (PerkinElmer) et BioAnalyzer 2100 (Agilent) pour le dosage des librairies.

Génotypage, expression et kinome :

iScan (Illumina) pour le génotypage de puces à ADN,
nCounter (NanoString) pour le comptage d’ARN,
Système de PCR en temps réel ViiA 7 (Life Technologies),
Système Kinome (PamGene).

<hr>Appareil de transcriptomique (NanoString).

<hr>Séquenceur NGS NovaSeq 6000 (Illumina).

<hr>Séquenceurs NGS MiSeq et NextSeq (Illumina).

<hr>Robot pour la préparation de librairies NGS.

<hr>Système single cell ICELL8 (Takara).

<hr>Système d’analyse des kinases (PamGene).

<hr>Puce à ADN pour réaliser des études de type GWAS.

<hr>Serveur informatique pour le stockage des données.

<hr>LIGAN-PM se situe au cœur du campus du CHU de Lille.

Comment soumettre un projet ?

Les projets peuvent être envoyés par mail à l’adresse contact-good@listes.egid.fr ou déposés sur le site internet de LIGAN-PM. La plateforme répond aux demandes sous 24 à 48 heures. Les réactifs nécessaires aux expériences seront commandés à réception des échantillons et du bon de commande correspondant au devis. Le délai de réalisation des prestations est de deux semaines pour des librairies prêtes à séquencer et de six semaines pour l’extraction d’ADN ou d’ARN, la préparation des échantillons et la livraison des résultats. Ces derniers seront envoyés à l’aide d’un lien de téléchargement sécurisé, accompagné d’un fichier permettant de vérifier l’intégrité des données reçues. Une enquête de satisfaction sera menée en fin de projet.

Exemple d'utilisation

Séquençage et analyse bioinformatique de 3 000 exomes

Dans le cadre d’un projet francoaméricain, LIGAN-PM a procédé au séquençage de 3 000 exomes, ainsi qu’à la préparation des librairies correspondantes en moins de six mois. Pour la préparation des librairies, la plateforme a utilisé la solution HyperExome (Roche) avec automatisation des protocoles sur le robot Sciclone G3 NGSx iQ (PerkinElmer). Pour le séquençage, elle a utilisé le système NovaSeq 6000 (Illumina) avec une flow cell S2 (mode 2x150 bp) en vue d’obtenir au moins 50 séquences en moyenne de couverture par échantillon (192 échantillons par run). La plateforme a ensuite réalisé des analyses bioinformatiques de niveau 3, incluant plusieurs formats informatiques (FastQ, BAM, VCF) et la liste des variants annotés (Ensembl). Les résultats ont été remis via un lien de téléchargement direct. Le coût de ce projet s’est élevé à près de 520 000 €.

Contact

LIGAN-PM
EGID, UMR1283-8199
Pôle recherche
1 place de Verdun
59045 Lille Cedex
Région : Hauts-de-France+33 (0)3 74 00 81 00
contact-good@listes.egid.fr
Site de la plateforme