IMGT

Un système d’information spécialisé en immunogénétique et immunoinformatique, référence internationale dans le domaine.

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Un système d’information spécialisé en immunogénétique et immunoinformatique, référence internationale dans le domaine.

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Le système international d’information en immunogénétique IMGT est spécialisé dans les séquences, structures et données génétiques des immunoglobulines (IG), des récepteurs T (TR), des protéines majeures d'histocompatibilité (MH) des vertébrés, des protéines apparentées du système immunitaire (RPI) des superfamilles IgSF et MhSF des vertébrés et invertébrés, des protéines de fusion pour applications immunologiques (FPIA) et des protéines composites pour applications cliniques (CPCA).

IMGT est composé de sept bases de données (séquences, gènes et structures tridimensionnelles), basées sur IMGT-ONTOLOGY, la première dans ce domaine, de dix-sept outils interactifs et plus de 20 000 pages de ressources web.

IMGT est utilisé par des équipes académiques et industrielles dans la recherche fondamentale et médicale (maladies autoimmunes, immunodéficiences, syndromes prolifératifs), la recherche vétérinaire (IG et TR dans les espèces domestiques et sauvages), la recherche en génomique (réponse immunitaire adaptative), en biologie structurale et biotechnologies (projet HUPO et ingénierie des anticorps), la recherche pour le diagnostic, pronostic et suivi thérapeutique des leucémies, lymphomes et myélomes (clones malins, maladie résiduelle) et les approches thérapeutiques (greffes, immunothérapie, vaccinologie).

Expertises et services

Mise à disposition de bases de données :

IMGT/LIGM-DB, base de données internationale pour les séquences nucléotidiques des immunoglobulines (IG) et récepteurs T (TR) de l’Homme et des autres espèces de vertébrés avec traduction des séquences entièrement annotées,
IMGT/PRIMER-DB,
IMGT/GENE-DB et liens réciproques avec la base de données Gene du NCBI (uniques liens directs effectués par Gene sur une base de données externe),
IMGT/3Dstructure-DB,
IMGT/2Dstructure-DB,
IMGT/CLL-DB, base de données des séquences IG de patients atteints de leucémie lymphoïde chronique (LLC),
IMGT/mAb-DB, base de données des anticorps monoclonaux à visée thérapeutique.

Mise à disposition d’outils d’analyse en ligne :

Analyse de séquences : IMGT/V-QUEST, outil le plus utilisé d'IMGT intègrant IMGT/JunctionAnalysis, IMGT/HighV-QUEST (séquences IG et TR issues du NGS), IMGT/Allele-Align (comparaison de deux allèles), IMGT/PhyloGene (arbres phylogénétiques des séquences nucléotidiques d'IG et de TR),
Analyse de gènes : IMGT/GeneView, IMGT/GeneSearch, IMGT/LocusView et IMGT/CloneSearch, IMGT/GeneInfo, IMGT/GeneFrequency et IMGT/LIGMotif,
Analyse de domaines protéiques : IMGT/DomainDisplay (affichage selon la numérotation unique IMGT), IMGT/Domain GapAlign (création de gaps selon la numérotation unique IMGT) et IMGT/Collier-de-Perles (représentation standardisée « IMGT, colliers de perles »),
Analyse de données structurales : IMGT/StructuralQuery (requêtes à partir d’une description structurale) et IMGT/DomainSuperimpose (superposition de domaines 3D).

Mise à disposition de ressources web :

IMGT Scientific chart fournit le vocabulaire contrôlé et les règles d'annotation sur la base d'IMGT-ONTOLOGY,
IMGT Repertoire fournit une interface conviviale aux données expertisées concernant le génome, le protéome, le polymorphisme et la structure des IG et TR de l'Homme et des autres espèces de vertébrés,
IMGT Index, IMGT Education, IMGT Aide-mémoire, IMGT Bloc-notes,
IMGT Immunoinformatics page,
IMGT Medical page fournit aux cliniciens des informations sur les bases, outils et données d'intérêt médical d’IMGT,
IMGT Veterinary page fournit aux vétérinaires des informations d’IMGT sur les génomes, séquences et structures 3D des IG et TR des espèces animales,
IMGT Biotechnology page fournit un ensemble d’informations sur l’ingénierie des anticorps (phage display), les anticorps de camélidés et l’humanisation des anticorps monoclonaux thérapeutiques.

Moyens et équipements

Serveurs informatiques :

Serveur Dell PE6850 (lambda), 2 processeurs, 4 cœurs, 8 Go RAM, bases de données (IMGT, localisation IGH),
Serveur Dell PE6850 (gamma), 4 processeurs, 16 cœurs, 32 Go RAM, calcul (IMGT, localisation IGH),
Serveur Dell R710 (kappa2), 2 processeurs, 12 cœurs, 32 Go RAM, utilisateurs (IMGT, localisation IGH),
Serveur Dell R510 (delta), 1 processeur, 6 cœurs, 1 Go RAM, partage de fichiers (IMGT, localisation IGH),
Serveur Dell R420 (omega), 1 processeur, 6 cœurs, 64 Go RAM, web (IMGT, localisation IGH),
Serveur Dell R530 (KOS-2015S01), 1 processeur, 6 cœurs, 32 Go RAM, sauvegardes (IMGT, localisation DR13),
Serveur Dell R630 (KOS-2015S02), 1 processeur, 16 cœurs, 96 Go RAM, calcul (IMGT, localisation DR13),
8 machines virtuelles (lef-beta01 à lef-beta08), web et calcul.

Heures de calcul sur les moyens nationaux :

50 000 heures (Irene) et 350 000 heures (Occigen) attribuées à IMGT sur le centre de calcul du CINES en réponse aux appels à projets du GENCI.
100 000 heures de calcul attribuées à IMGT au MESO@LR.

<hr>Arbre phylogénique de l’ensemble des sous-groupes du locus TRB avec un gène représentant pour les espèces suivantes : l’Homme, le macaque, le chat, le chien, le furet, le lapin, le porc et le mouton.

Comment soumettre un projet ?

L’accès à IMGT est libre, gratuit pour les académiques, sous licences et contrats avec le CNRS pour les industriels. Les bases de données et les outils d’analyse sont disponibles sur le site internet. Pour soumettre un projet ou demander des renseignements, vous pouvez envoyer un mail à l’adresse contact-imgt@igh.cnrs.fr.

Sur les serveurs d’IMGT, les utilisateurs peuvent télécharger des données d'IMGT/LIGM-DB, IMGT/GENE-DB ou IMGT/3Dstructure-DB et comparer leurs séquences par rapport aux références d'IMGT/LIGM-DB, IMGT/GENE-DB, IMGT/DomainDisplay ou IMGT/3Dstructure-DB. L’accès aux données d’IMGT/LIGM-DB est disponible sur les serveurs de l’European bioinformatics institute (EBI) et de l’institut Pasteur. Des références croisées avec HGNC, NCBI Gene, UniProt et Séquence Ontology sont établies sous forme de liens réciproques.

Exemple d'utilisation

Utilisation d’IMGT/V-QUEST et IMGT/HighV-QUEST pour l’analyse des séquences des immunoglobulines dans le pronostic de la leucémie lymphoïde chronique

La leucémie lymphoïde chronique (LLC) est la leucémie la plus fréquente chez l’adulte. En France, on compte près de 3 000 nouveaux cas chaque année. L’analyse des séquences nucléotidiques des immunoglobines (IG) sur les lymphocytes B malins est un facteur clé du pronostic de la LLC. Le taux de mutations somatiques des IG (séquences mutées versus non mutées) et la mise en évidence de stéréotypes sont corrélés à la prédiction de l’évolution clinique de la LLC, et donc au choix thérapeutique.

IMGT/V-QUEST (45 000 connexions par mois) est le logiciel recommandé par le groupe European research initiative on CLL (ERIC) pour l’analyse standardisée des IG et l’interprétation des résultats selon les standards d’IMGT.

De façon générale, l'analyse des répertoires exprimés des IG et des récepteurs T (TR) représente un véritable défi et constitue un enjeu majeur en recherche clinique pour le diagnostic et le pronostic des leucémies et des lymphomes. IMGT/HighV-QUEST, version haut-débit d’IMGT/V-QUEST, est le premier système accessible en ligne, dédié à l'analyse des séquences réarrangées d'IG et TR. Il a traité plus de 21 milliards de séquences depuis 2010.

Pour en savoir plus : Rosenquist R. et al. (2017). Immunoglobulin gene sequence analysis in chronic lymphocytic leukemia: updated ERIC recommendations. Leukemia, 31(7):1477-1481.

Contact

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Laboratoire d'immunogénétique moléculaire (LIM)
Institut de génétique humaine (IGH), UMR9002 CNRS / UM
141 rue de la Cardonille
34396 Montpellier
Région : Occitanie+33 (0)4 11 75 97 28
sofia.kossida@igh.cnrs.fr
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