ICGex-NGS

Conseil et prestations de service en génomique, transcriptomique et épigénétique autour des thématiques du cancer et de la recherche biomédicale.

Site de la plateforme

ICGex-NGS

Conseil et prestations de service en génomique, transcriptomique et épigénétique autour des thématiques du cancer et de la recherche biomédicale.

Site de la plateforme

ICGex-NGS

La plateforme ICGex-NGS de l’Institut Curie se positionne à l’interface entre la recherche fondamentale et clinique. Grâce à son étroite collaboration avec la plateforme de bioinformatique de l’Institut, elle propose un large champ d’applications en génomique, transcriptomique et épigénétique. Cette offre technologique, qui répond en premier lieu aux besoins des équipes de l’Institut travaillant sur le cancer, est aussi accessible à la communauté scientifique externe.

La plateforme propose un service d’excellence autour de technologies de pointe en séquençage de nouvelle génération (NGS). Elle fournit un accompagnement scientifique et technique lors des étapes de design expérimental, comprenant la détermination des stratégies de séquençage les mieux adaptées. Elle met également au point des approches innovantes d’intérêt pour la communauté́ scientifique, impliquant le développement et l’implémentation de nouvelles technologies de génomique à haut débit. La plateforme envisage notamment d’acquérir un séquenceur long read Oxford Nanopore Technologies.

Expertises et services

Génomique :

Séquençage de génomes entiers avec préparation des banques,
Séquençage d’exomes entiers avec préparation des banques sur panel humain,
Séquençage ciblé sur amplicons avec préparation des banques,
Séquençage ciblé par capture,
Séquençage de type criblage par CRISPR-Cas9.

Transcriptomique :

mRNA-Seq avec préparation des banques sur échantillons de qualité et quantité variables,
total RNA-Seq avec préparation des banques sur échantillons de qualité et quantité variables,
Iso-Seq avec préparation des banques et séquençage Pacific Biosciences,
small RNA-Seq.

Epigénétique :

ChIP-Seq avec préparation des banques sur produits d’IP, Cut&Tag ou Cut&Run,
ATAC-Seq, Hi-C et WGBS.

Approches single cell :

Séquençage 10x Genomics : 3’ et 5’ RNA-Seq, V(D)J, Visium Spatial Transcriptomic, ATAC-Seq, Multiome (ATAC-Seq et RNA-Seq) avec encapsulation des cellules ou noyaux et préparation des banques de séquençage,
Séquençage Smart-Seq3 avec isolation des cellules et préparation des banques,
Prestations disponibles uniquement pour les laboratoires à proximité de l’Institut Curie (< 30 min pour préserver les cellules), mais séquençage seul possible pour tout projet avec banques déjà réalisée.

Moyens et équipements

Séquenceurs short reads : 2 MiSeq et NovaSeq 6000 (Illumina),
Séquenceur long reads : Sequel IIe (Pacific Biosciences),
Appareils pour single cell : Chromium Controller et Chromium iX (10x Genomics).

<hr>Lancement d’un run à très haut débit sur le séquenceur NovaSeq 6000 (Illumina).

<hr>Mise en place d’une flow cell S4 sur le séquenceur NovaSeq 6000 (Ilumina).

<hr>Différentes tailles de flow cells pour les séquenceurs NovaSeq 6000 et MiSeq (Illumina).

<hr>Gâteau offert par Illumina à l’occasion du 1 000e run réalisé sur le séquenceur NovaSeq 6000.

<hr>Célébration du 1 000e run sur le NovaSeq 6000.

<hr>Séquenceur à bas débit MiSeq (Illumina).

<hr>Séquenceur long read Sequel IIe (PacBio).

<hr>Séquenceur long read Sequel IIe (PacBio) en position ouverte.

<hr>SMRT cell 8M de puits du séquenceur Sequel IIe (PacBio).

<hr>Chromium Controller (10x Genomics) permettant d’isoler les cellules pour des analyses en single cell.

<hr>Chromium iX (10x Genomics) permettant d’isoler les cellules pour des analyses en single cell.

<hr>Equipe technique de la plateforme ICGex-NGS avec le manager.

<hr>Campagne de collecte de dons « Une jonquille pour Curie ».

<hr>Flow cell Illumina sur fond de ciel bleu parisien.

Comment soumettre un projet ?

La plateforme ICGex-NGS est ouverte aux équipes de recherche externes à l’Institut Curie. Les modalités de prestation et de collaboration sont décrites dans les conditions générales d’utilisation transmises à chaque utilisateur de la plateforme.

Les demandes de NGS peuvent être envoyées par mail à l’adresse ngs.lab@curie.fr. N’hésitez pas à apporter des précisions sur votre projet et vos besoins en termes de séquençage. Si le projet est déjà bien cadré, la plateforme vous transmettra un fichier Excel à remplir et à renvoyer par mail avec les informations relatives à la demande et les principaux contacts (responsable de projet, chef d’équipe, bioinformaticien et gestionnaire administratif). Si au contraire, vous avez besoin de conseils, la plateforme peut vous transmettre un certain nombre de documents et de fiches informatives, ou organiser un rendez-vous pour discuter du projet. La prestation démarre après validation du devis, réception du bon de commande et des échantillons.

Exemple d'utilisation

Prise en charge d’un projet de séquençage transcriptomique

Une équipe du centre de recherche des Cordeliers à Paris a contacté la plateforme ICGex-NGS pour un projet sur les macrophages de tissus adipeux. L’objectif était d’étudier l’effet d’un stress métabolique sur le transcriptome. La plateforme a identifié et suggéré une stratégie de séquençage adaptée à la qualité des extractions d’ARN obtenues par les chercheurs.

A réception des échantillons d’ARN aliquotés selon ses propres recommandations, la plateforme a préparé les banques et procédé au séquençage. Les data managers ont réalisé le contrôle qualité des données brutes, ainsi qu’une analyse primaire, via un pipeline RNA-Seq. Les fichiers d’alignement ont été transmis aux chercheurs en plus des données brutes.

La plateforme a été associée à la valorisation des résultats de cette étude sous la forme d’une publication. Elle a contribué à la rédaction de la partie NGS de la rubrique « Matériel et méthodes » et pris en charge la relecture complète du manuscrit.

Pour en savoir plus : Orliaguet L. et al. (2022). Early macrophage response to obesity encompasses interferon regulatory factor 5 regulated mitochondrial architecture remodelling. Nature Communications, 13:5089.