Histopathology core facility (HPCF)

Histopathologie, immunomarquage, multiplex et développement d’outils pour l'analyse de tissus.

Site de la plateforme

Histopathology core facility (HPCF)

Histopathologie, immunomarquage, multiplex et développement d’outils pour l'analyse de tissus.

Site de la plateforme

Histopathology core facility (HPCF)

La plateforme HPCF est spécialisée dans le domaine de l’histopathologie et de l’immunomarquage. Elle dispose d’un grand laboratoire avec des équipements de pointe pour la préparation, la coloration et l’immunomarquage de tissus et lames histologiques. Elle développe également de nouveaux outils technologiques pour l'analyse de tissus grâce à l’intelligence artificielle. Ouverte à la recherche collaborative, la plateforme est impliquée dans de nombreux projets menés sur des modèles animaux de maladies infectieuses, de cancers, d'immunothérapies et d'inflammation.

Expertises et services

Nécropsie et examen macroscopique de tissus,
Conception de protocoles d'histopathologie et conseil sur la méthodologie de prélèvement,
Sélection et mise au point d’approches morphologiques : fixation, inclusion, préparation, traitement, évaluation et virtualisation de lames,
Pathologie digitale, numérisation et analyse automatisée supervisée par des pathologistes,
Analyse histologique et morphométrique,
Discussion des résultats et recommandations d'autres expériences,
Enrobage : inclusion de tissus en paraffine à bas point de fusion (P37), en paraffine classique (P60) et résine acrylique, traitement de tissus frais et congelés,
Coupe de tissus au microtome (3 μm), cryostat (7 μm) et vibratome (50-100 µm),
Coloration classique (hématoxyline, éosine) et coloration spécifique (rouge Sirius, Perls, Oil Red'O, bleu alcian, PAS, Grocott...),
Immunomarquage avec personnalisation, mise au point d’immunochimie et d’immunofluorescence,
Biologie spatiale, hybridation in situ (RNAScope, BaseScope) et multiplexage avec plus de 20 anticorps et ARNs par lame,
Analyse histopathologique, annotation et interprétation des résultats histologiques.

Moyens et équipements

Système multiplex de biologie spatiale MACSima (Miltenyi),
Scanners de lames AxioScan 7 et Axio Scan.Z1 (Zeiss),
Automates de coloration Bond RX et ST5020 (Leica),
Cryostats CM1950 et CM3050 S (Leica),
Microtomes RM2245 et SM2010 R (Leica),
Vibratome VT1200 S (Leica),
Préparateur de tissus automatisé TP1050 (Leica),
2 stations d'inclusion en paraffine EG1150 (Leica),
Fours RNAScope et BaseScope (Bio-Techne).

<hr>Coupe de peau colorée au trichrome de Masson.

<hr>Image d’anticorps sur amygdale humaine obtenue avec le système multiplex MACSima.

<hr>Tissu musculaire coloré par immunofluorescence. Laminine en vert, vaisseaux sanguins (CD31) en rouge et noyaux (Dapi) en bleu.

<hr>Roll d'intestin grêle coloré par H&E.

<hr>Cellules de Kupffer du foie colorées par IHC chromogénique.

<hr>Coupe de cerveau colorée par H&E sur lame Visium.

<hr>Coupe de cerveau avec transcriptome Visum.

<hr>Coupe de poumon colorée par Grocott.

Comment soumettre un projet ?

Pour soumettre un projet à la plateforme HPCF, vous pouvez envoyer un mail à l’adresse historequest@pasteur.fr, ou remplir une demande de projet en ligne sur le portail PPMS. Une fois la demande soumise, vous devrez télécharger, compléter et renvoyer le formulaire relatif à vos échantillons. Sans ce formulaire, aucun échantillon ne sera accepté. Il est par ailleurs recommandé de contacter la plateforme le plus tôt possible lors de la conception du projet afin de déterminer l’approche histologique pouvant soutenir au mieux l'objectif de recherche.

Exemple d'utilisation

Développement de médicaments contre les trypanosomiases

La plateforme HPCF apporte sa contribution à de nombreux projets de recherche et des études scientifiques de grande ampleur. Elle intervient notamment sur les projets TrypaDerm et TrySkin, qui testent de nouveaux candidats médicaments contre les trypanosomes, avec l’objectif d’éradiquer les trypanomiases, maladies induites par ces parasites. Les projets sont menés sur une cohorte de plus de 1 500 patients issus de 3 pays africains. La plateforme est chargée de l’inclusion, de la coupe, de l’immunomarquage, de la virtualisation et de l’analyse des plus de 3 000 biopsies issues des patients de la cohorte. Ces études à grande échelle sont toujours en cours. Elles ont nécessité plus de 6 mois de développement sur des échantillons témoins, aboutissant à la publication de plusieurs articles dont la plateforme est co-autrice.

Pour en savoir plus : Magang E. et al. (2023). Prevalence of blood and skin trypanosomes in domestic and wild fauna from two sleeping sickness foci in Southern Cameroon. PLoS Neglected Tropical Diseases, 17(7): e0011528