Genotoul Bioinfo

Des ressources informatiques à l’échelle, des banques de données et logiciels régulièrement mis à jour, et des compétences en bioinformatique pour valoriser les données en sciences du vivant.

Site de la plateforme

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Adossée au laboratoire INRAE Mathématique et informatique appliquées de Toulouse (MIAT) et composante du GIS Genotoul, la plateforme Genotoul Bioinfo développe depuis près de 20 ans une expertise dans le domaine de la bioinformatique pour la génomique, la métagénomique et l’analyse des ARNs non codants. Cette expertise lui a permis de mettre en place une infrastructure dédiée, ouverte et à l’échelle, qui accueille plus d'un millier d'utilisateurs, mais aussi de contribuer à de nombreuses études portant sur une large diversité d’organismes (bactéries, archées, plantes, animaux, hommes).

A l’appui de son expertise, la plateforme produit des outils originaux lui permettant d’offrir un accompagnement efficace dans les projets scientifiques. Ses perspectives s’inscrivent dans une évolution des compétences en regard des applications innovantes générées par les capacités des nouvelles technologies de séquençage et des besoins autour de la donnée (infrastructure adaptée, intégration de données, plan de gestion des données…).

Expertises et services

Hébergement de comptes utilisateurs : cluster de calcul, 1 500 To sauvegardé, 4 500 To d’espace de travail et support aux utilisateurs,
Hébergement de machines virtuelles,
Accès aux plus de 200 banques de données du domaine,
Accès aux plus de 800 logiciels du domaine,
Traitement de données en collaboration : assemblage et annotation de (méta)génomes, analyse de données de séquençage à haut débit (expression des ARNs, analyse de variants SNP…),
Développement de logiciels.

Moyens et équipements

Cluster de calcul (5 000 cœurs) :

39 nœuds de calcul Lenovo SR645 avec 2 AMD 7713, 64 cœurs, 2 048 Go, dont un nœud de calcul à 4 096 Go RAM,
Nœud de calcul GPU Lenovo SR670 V2, 2 Intel 6338, 32 cœurs, 1 024 Go, 4 Nvidia A100, 80 Go,
Nœud de visualisation Lenovo SR665, 2 AMD 7513, 32 cœurs, 512 Go, Nvidia RTX 6000, 24 Go,
2 nœuds de login Lenovo SR645 avec 2 AMD 7513, 32 cœurs et 512 Go,
Nœud d’administration Lenovo SR645 avec 2 AMD 7313, 16 cœurs et 512 Go,
Interconnexion réseau à haut débit et faible latence infiniBand de 100 Gb/s,
Interconnexion réseau éthernet de 10 Gb/s.

Espace de stockage performant de calcul (4.5 Po) :

6 serveurs de stockage Lenovo SR650 V2,
4 baies de disques DE6000F et 8 tiroirs d’extension DE240S,
Baie DE6000H et 5 tiroirs d’extensions DE600S,
288 disques SSD de 1.92 To et 360 disques NL-SAS de 18 To,
Système de fichiers IBM Spectrum Scale.

Espace de stockage « projets » (3 Po) :

2 baies de type NAS Dell Isilon A300 (gamme capacitive) pour un total de 1.5 Po incluant la réplication sur site distant,
240 disques NL-SAS de 16 To,
Système de fichiers PowerScale OneFS.

Autres serveurs de virtualisation :

3 serveurs de virtualisation VMware avec 64 cœurs et 784 Go RAM chacun,
Baie de disques de 40 To pour l'hébergement des machines virtuelles.

<hr>Membres de l’équipe de la plateforme autour d’un projet de développement réalisé en collaboration.

<hr>Comparaison de profils de méthylation.

<hr>Heatmap représentant les gènes les plus différentiellement exprimés pour une diversité de bactéries.

<hr>Profil d’expression d’un pré-miARN dans sRNAbrowse.

<hr>Graphique représentant les gènes différentiellement exprimés entre une bactérie en condition d’infection et de culture.

<hr>D-GENIES, outil en ligne pour la comparaison de deux génomes.

<hr>Les équipements de la plateforme sont hébergés dans le data center de l’INRA à Toulouse.

<hr>Vue de l’extérieur du data center d’INRAE.

Comment soumettre un projet ?

Pour accéder aux ressources de Genotoul Bioinfo, il est nécessaire de créer un compte utilisateur sur le site de la plateforme. Plusieurs formulaires sont à votre disposition pour déposer une demande en ligne : installation d’un logiciel ou d’une banque, accès à une ressource exceptionnelle (plus d’espace de stockage, accès aux machines à grande capacité de mémoire…) et accompagnement sur un projet scientifique en collaboration.

Exemple d'utilisation

Analyse transcriptomique du copépode Calanus finmarchichus

Laura Payton, dont la thèse a été encadrée par Genotoul Bioinfo, a recontacté la plateforme dans le cadre de son post-doctorat réalisé en Allemagne à l'Institute for chemistry and biology of the marine environment (ICBM). Entre 2019 et 2024, une collaboration a ainsi été menée sur une série de projets relativement courts, d'une durée d'environ 2 ans.

Ces projets avaient pour objectifs d’examiner l'expression génique de Calanus finmarchichus, une espèce de copépode présente dans le plancton du cercle arctique. L'analyse s'est concentrée sur les profils d’expression des gènes de cet organisme tout au long de la journée et de l’année, selon qu'il s'agissait de jours ou de nuits polaires.

Pour en savoir plus : Payton L. et al. (2024). Révéler l'influence profonde de la diapause sur l'expression des gènes : Insights from the annual transcriptome of the copepod Calanus finmarchicus. Molecular Ecology, 33(13):e17425.

Contact

Genotoul Bioinfo
24 chemin de Borde Rouge
CS 52627, Auzeville
31326 Castanet-Tolosan
Région : Occitanie+33 (0)5 61 28 52 82
anim.bioinfo-occitanie-toulouse@inrae.fr
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