Genomic at Lille (GO@L)
Des approches et des outils de génomique et transcriptomique pour la microbiologie et la génétique humaine.
Genomic at Lille (GO@L)
Des approches et des outils de génomique et transcriptomique pour la microbiologie et la génétique humaine.
Genomic at Lille (GO@L)
GO@L est la plateforme de génomique de l'unité PLBS (UMS2041-US41) qui rassemble les plateformes lilloises en biologie et santé. Elle fournit un large éventail de solutions et d'expertises dans le domaine de la génomique à haut débit. Les approches techniques utilisées s’appuient principalement sur les puces à ADN et le séquençage à haut débit. Issue du rapprochement de deux entités spécifiques et établies de longue date, TAG (Transcriptomic and applied genomic) et GFS (Génomique fonctionnelle et structurale), la plateforme a développé au fil des années une expertise reconnue en microbiologie et cancérologie.
GO@L propose des approches de quantification de l'ARN (ARNm, petits ARN, ARNc, isoformes) de manière ciblée ou au niveau du génome pour des analyses d'expression différentielle, des approches d'identification et de quantification des anomalies de l'ADN (target-Seq, WES, WGS), des approches d’interaction ADN-ADN, ADN-ARN et de régulation de l'expression des gènes (ChIP-Seq, RIP-Seq, DNAse-Seq, méthylation). La plateforme a également développé une spécialisation autour de la génomique microbienne, avec des applications en séquençage de génomes entiers de bactéries et de virus, des applications en RNA-Seq classiques et dédiées (differential RNA-Seq, 5’-RACE-NGS) et un pipeline complet d’études en métagénomique ciblée.
L'équipe de GO@L est composée pour moitié de biologistes moléculaires spécialisés dans le haut débit et pour moitié de bioanalystes et bioinformaticiens experts dans l'analyse des données générées et le développement de solutions dédiées.
Expertises et services
- Séquençage et reséquençage de génomes entiers (humains, bactéries, parasites, virus),
- Reséquençage d'exomes humains de diverses qualités (FFPE, PBMC),
- Séquençage ciblé (amplicons, capture),
- RNA-Seq, 3’RNA-Seq et sRNA-Seq (humains, souris, bactéries),
- 5'-RACE-NGS (RNA-Seq full-length),
- Identification des sites de transcription (TSS) par RNA-Seq,
- scRNA-Seq (10x Genomics, Tapestri),
- Métagénomique ciblée 16S,
- DGE microarray (Agilent),
- DGE sans amplification (NanoString),
- RT-qPCR,
- Analyse bioinformatique et biostatistique des données générées.
Moyens et équipements
- Nova-Seq 6000 Illumina,
- MiSeq Illumina,
- Chromium 10x Genomics,
- Système de puces à ADN Agilent,
- NanoString,
- MinION Oxford Nanopore Technologies.
Comment soumettre un projet ?
Pour soumettre un projet à GO@L, vous pouvez envoyer un mail avec vos coordonnées et la description de votre projet à l’adresse genomique-plbs@univ-lille.fr ou directement au responsable de la plateforme de votre choix : David Hot pour TAG (Transcriptomic and applied genomic) et Martin Figeac pour GFS (Génomique fonctionnelle et structurale).
Exemple d'utilisation
Séquençage du génome entier de coronavirus
En 2019, le professeur Anne Goffard du CHU de Lillle a contacté la plateforme GO@L afin de mettre en point un protocole de séquençage du génome entier des coronavirus au départ de prélèvements cliniques de type écouvillons. Un protocole basé sur de la PCR en multiplex et du séquençage d’amplicons sur MiSeq (Illumina) a été développé, ainsi qu’une méthode originale d’assemblage des fragments. Appelé V-ASAP, ce protocole permet de s’affranchir de l’utilisation d’un génome de référence lors de l’assemblage et ainsi, de déterminer la séquence du variant dominant au sein de l’échantillon. Cette approche a été exploitée pour une étude phylogénétique sur des échantillons de patients positifs au coronavirus OC43 récoltés sur plusieurs années au CHU de Lille.
Pour en savoir plus : Maurier F et. al. (2019). A complete protocol for whole-genome sequencing of virus from clinical samples: Application to coronavirus OC43. Virology, 531:141-148.
Contact
GO@L
UMS2014-US41, Plateformes lilloises en biologie et santé (PLBS)
Université de Lille, Cité scientifique
Bâtiment C9, bureau 104
59000 Villeneuve-d’Ascq
Région : Hauts-de-France
+33 (0)3 20 43 69 55
genomique-plbs@univ-lille.fr
Site de la plateforme
THÉMATIQUES : Bioinformatique, bases de données, Génomique, transcriptomique
RESPONSABLES SCIENTIFIQUES :
David Hot, Martin Figeac
RESPONSABLES TECHNIQUES :
David Hot, Martin Figeac
TUTELLES : CHU de Lille, CNRS, Inserm, Institut Pasteur, Université de Lille
LABELLISATION IBiSA : 2020
MOTS CLÉS : Génomique, Métagénomique, Transcriptomique, Génétique humaine, Génome, NGS, RNA-Seq, WES, WGS, miRNA, ncRNA, Single cell, Séquençage, 16S, Microbiote, Nanopore
Fiche mise à jour en 2021
