GENOM’IC

Expertise en analyse transcriptomique et épigénomique par séquençage à haut débit sur populations de cellules et cellule unique, du dessin expérimental à l’analyse biostatistique des données.

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Plateforme génomique de l’Institut Cochin (GENOM’IC)

Membre du département des plateformes de l’Institut Cochin, GENOM’IC accompagne les différentes étapes des projets d’analyse de l’expression et de la régulation génique : validation du design expérimental, contrôle qualité des échantillons, séquençage à haut débit, analyse bioinformatique, biostatistique et fonctionnelle des données produites.

En plus des applications standards de RNA-Seq, ChIP-Seq et ATAC-Seq, GENOM’IC s’appuie sur les compétences des plateformes de cytométrie et d’histologie de l’Institut Cochin pour la prise en charge complète de projets d’analyse sur cellule unique (10x Genomics) et de transcriptomique spatiale (Visium). Grâce à une veille scientifique active, de nouvelles méthodes sont continuellement proposées par la plateforme. Les approches actuellement développées concernent les lectures longues (Nanopore) et le traductome (ribosome profiling).

Expertises et services

Analyse de l’expression de gènes par RNA-Seq et small RNA-Seq sur tout type de modèles,
Caractérisation épigénétique par Chi-Seq et ATAC-Seq,
Analyse sur cellule unique utilisant la technologie 10x Genomics : profilage transcriptomique seul (3’RNA-Seq), couplé à des marqueurs protéiques de surface (CITE-Seq) ou à l’identification des régions ouvertes de la chromatine (multiome), multiplexage d’échantillons (cell hashing),
Analyse de transcriptomique spatiale utilisant la technologie Visium de 10x Genomics,
Analyse bioinformatique (alignement) et biostatistique (différentiel d’expression) des données,
Accompagnement de projets : design expérimental, préparation et contrôle des échantillons, séquençage et analyse des données,
Mise à disposition d’équipements de PCR en temps réel et de PCR digitale.

Moyens et équipements

Séquenceurs à haut débit : NextSeq 500, MiSeq (Illumina) et MinION (Oxford Nanopore Technologies),
Analyseur de cellule unique : système de microfluidique Chromium (10x Genomics),
Equipements pour la préparation des échantillons : BioAnalyzer 2100 (Agilent), spectrophotomètres à UV NanoDrop 1000 et 8000 (Thermo Fisher Scientific), ultrasonicateur Covaris S220 (Covaris) et fluorimètre Qubit 3.0 (Thermo Fisher Scientific),
Appareils de PCR en temps réel LC480 (Roche) et PCR digitale QX200 (Bio-Rad),
Serveurs de calcul, de stockage et d’archivage de 250 To (Dell).

<hr>Placement de tubes Eppendorf dans une centrifugeuse.

<hr>NanoDrop 8000 (Thermo Fisher Scientific) pour le dosage spectrophotométrique simultané de 8 échantillons.

<hr>Appareil MinION (Oxford Nanopore Technologies) permettant des lectures longues.

<hr>Représentation d’une double hélice d’ADN.

<hr>BioAnalyzer 2100 (Agilent) pour le contrôle qualité des échantillons et des librairies.

<hr>Dépôt à la pipette d’échantillons sur un gel d’agarose.

<hr>Serveur de stockage Dell pour la sauvegarde des données.

Comment soumettre un projet ?

Pour soumettre un projet d’analyse transcriptomique, vous pouvez envoyer un mail à l’adresse u1016-genomique@inserm.fr. Une fiche projet à remplir vous sera adressée et un rendez-vous téléphonique sera planifié afin de préciser les besoins. Vous recevrez ensuite un devis reprenant les conditions de réalisation : plan expérimental, quantité et qualité des données, délais de traitement et livrables. Le projet démarrera à réception du bon de commande. Si la demande requiert la mise en place d’un nouveau protocole, la plateforme se réserve le droit de refuser le projet.

Pour soumettre un projet d’analyse en single cell, il est nécessaire de remplir une prédemande en ligne sur le site de la plateforme. En cas d’acceptation du projet, vous recevrez des informations sur les délais de réalisation et la marche à suivre.

Exemple d'utilisation

Coordination transcriptionnelle des noyaux de myofibres de muscles squelettiques

L’équipe « Développement neuromusculaire, génétique et physiopathologie » de l’Institut Cochin a fait appel aux plateformes GENOM’IC et CYBIO pour une analyse transcriptionnelle par scRNA-Seq des noyaux issus de myofibres de muscles squelettiques murins. L’équipe de l’Institut Cochin et CYBIO ont purifié les noyaux des myofibres. GENOM’IC a procédé à la préparation de banques 10x de 3’RNA-Seq et ATAC-Seq, ainsi qu’à leur séquençage. Les données ont été traitées sur la plateforme, en collaboration étroite avec les porteurs de projet, justifiant la cosignature d’une publication scientifique.

L’analyse en single cell des myofibres a mis en évidence les différences de programmations transcriptionnelles entre les noyaux lents, rapides, tendineux ou neuromusculaires. Elle a également montré que la plupart des noyaux des myofibres sont synchronisés et expriment de façon coordonnée une seule isoforme de myosine.

Pour en savoir plus : Dos Santos M. et al. (2020). Single-nucleus RNA-seq and FISH identify coordinated transcriptional activity in mammalian myofibers. Nature Communications, 11:5102.

Contact

GENOM’IC
Bâtiment Gustave Roussy
27 rue du Faubourg Saint-Jacques
75014 Paris
Région : Île-de-France+33 (0)1 40 51 65 65
u1016-genomique@inserm.fr
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