EpiRNA-Seq
Développement de techniques innovantes en épitranscriptomique pour l’identification des modifications post-transcriptionnelles des ARNs, l’étude de leurs dynamiques et fonctions cellulaires.
EpiRNA-Seq
Développement de techniques innovantes en épitranscriptomique pour l’identification des modifications post-transcriptionnelles des ARNs, l’étude de leurs dynamiques et fonctions cellulaires.
Plateforme épitranscriptomique et séquençage (EpiRNA-Seq)
Créée en 2012, la plateforme EpiRNA-Seq s'appuie sur les compétences en biologie moléculaire des ARNs du laboratoire Ingénierie moléculaire physiopathologie articulaire (IMoPA). Elle est spécialisée et mondialement reconnue dans le domaine de l’épitranscriptomique pour l'identification et la quantification de nucléotides modifiés dans les ARNs.
Installée sur le campus Brabois-Santé de l'Université de Lorraine à Nancy, la plateforme met à disposition de la communauté scientifique académique et industrielle des ressources de haute technologie, notamment des séquenceurs à haut débit de type Illumina. Elle est labellisée au niveau local en tant que structure d'appui à la recherche (StAR-LUE) dans le cadre du programme INFRA+ de Lorraine Université d'excellence et au niveau national par le GIS IBiSA. Elle fait partie du réseau européen COST EPITRAN et organise régulièrement des actions de formation.
La plateforme EpiRNA-Seq dispose d’un véritable savoir-faire technique et méthodologique permettant de contribuer à différents projets d'épitranscriptomique (RiboMeth-Seq, AlkAniline-Seq et HydraPsi-Seq) et de transcriptomique (RNA-Seq, miRNA-Seq) abordant des questions scientifiques telles que la dynamique des modifications post-transcriptionnelles au sein des ARNs, les variations d'expression des gènes ou le profilage de petits ARNs (miRNA).
Expertises et services
- Epitranscriptomique et analyse des modifications post-transcriptionnelles des ARNs : 2'-O-méthylations, 7-méthylguanosines, 3-méthylcytosines, dihydrouridines et pseudouridines,
- Préparation des échantillons, extraction des ARNs et contrôle qualité pour le séquençage,
- Préparation de librairies personnalisées à partir d'ARNs et séquençage.
Moyens et équipements
- Séquençage à haut débit (NGS) : NextSeq 2000 et MiSeq (Illumina),
- Analyse de la quantité et qualité des acides nucléiques : NanoDrop One (Ozyme), Bioanalyzer 2100 et TapeStation 4150 (Agilent), PippinPrep (Sage Sciences),
- Bioinformatique : serveur PowerEdge R740 (Dell), 2 processeurs Intel Xeon Gold 6226R CPU, 2.9 GHz, 64 Go, HDD/SSD 45 To.
Comment soumettre un projet ?
La plateforme EpiRNA-Seq fonctionne principalement en mode collaboratif. Elle s’implique dans toutes les étapes des projets d’épitranscriptomique, de la conception du design expérimental jusqu'à l'analyse statistique des données. Le mode prestation est également envisageable pour le séquençage de librairies déjà préparées. La plateforme propose une tarification différentielle pour les membres, les académiques et les industriels.
Les tarifs, conditions d’accès et documents utiles sont accessibles sur le site internet de la plateforme. Les nouveaux collaborateurs devront remplir une demande de prestation afin de définir la meilleure stratégie à adopter et établir un devis. Tout utilisateur s’engage à accepter les conditions générales de la plateforme en signant la charte des utilisateurs. Les instructions pour préparer les échantillons et les envoyer sont détaillés dans le formulaire Echantillons.
Exemple d'utilisation
Détection et cartographie des 2'-O-méthylations dans l'ARN génomique du VIH-1
L'analyse des modifications post-transcriptionnelles dans les ARNs cellulaires peu abondants, principalement les mRNA et lncRNA, est un défi majeur dans le domaine de l'épitranscriptomique. Les approches classiques ne sont pas adaptées à l'analyse de ces espèces d'ARNs rares et seules les techniques basées sur le séquençage à haut débit sont capables d’apporter une solution.
Dans un projet mené en collaboration avec l’Institut de génétique humaine (IGH) de Montpellier, la plateforme EpiRNA-Seq a appliqué la technologie RiboMeth-Seq qu’elle a elle-même développée pour cartographier les résidus 2'-O-méthylés (Nm) dans l'ARN génomique du VIH-1. Elle a ainsi démontré que la présence de Nm dans l'ARN viral réduit la réponse immunitaire innée via le récepteur MDA5.
Pour en savoir plus : Ringeard M. et al. (2019). FTSJ3 is an RNA 2′-O-methyltransferase recruited by HIV to avoid innate immune sensing. Nature, 565:500-504.
Contact
EpiRNA-Seq
UMS2008/US40 IBSLor
9 avenue de la forêt de Haye
54505 Vandœuvre-lès-Nancy
Région : Grand Est
+33 (0)3 72 74 66 69
ibslor-ngs-contact@univ-lorraine.fr
Site de la plateforme
THÉMATIQUES : Bioinformatique, bases de données, Génomique, transcriptomique, Autres
RESPONSABLES SCIENTIFIQUES :
Iouri Motorine, Virginie Marchand
RESPONSABLES TECHNIQUES :
Virginie Marchand
TUTELLES : CNRS, Inserm, Université de Lorraine
LABELLISATION IBiSA : 2021
MOTS CLÉS : Epitranscriptome, ARN, Modifications des ARNs, Séquençage à haut débit, Modifications post-transcriptionnelles, miARN, Transcriptome
Fiche mise à jour en 2022
