DImaCell

Une spécialisation en imagerie cellulaire fonctionnelle, dynamique et multi-échelles (du nanomètre au centimètre), ainsi que dans l’étude des interactions moléculaires en temps réel appliquée aux six règnes biologiques.

Site de la plateforme

DImaCell

Site de la plateforme

DImaCell

Créé en 2009, le dispositif régional d’imagerie cellulaire DImaCell structure les compétences et savoir-faire des universités et des organismes de recherche de Bourgogne-Franche-Comté dans le domaine de l’imagerie cellulaire. Distribuée sur les campus bisontins et dijonnais, la plateforme DImaCell permet à tout utilisateur de réaliser un projet complet d'imagerie cellulaire au sein d'un environnement technologique unique, assurant à la fois la préparation des échantillons et les observations microscopiques. L’utilisateur bénéficie ainsi d’un ensemble de compétences, d'équipements, de techniques, de méthodes de préparation et d’un service de développement de méthodes novatrices, sur lesquelles il peut être formé.

Les équipements de DImaCell sont répartis sur trois sites : INRAE Dijon, l’Institut Agro Dijon (IAD) et l'UFR Santé Besançon. Ils couvrent une large gamme de techniques et d’échelles : microscopie photonique confocale et multiphotonique (INRAE, IAD et Santé Besançon), microspectrophotométrie IR Raman (IAD), imagerie cellulaire automatisée (Santé Besançon), imagerie électronique (INRAE), histologie et microdissection laser (INRAE et Santé Besançon). L'investissement régulier de la plateforme dans des nouveaux équipements et l’acquisition des compétences qui s’y rapportent assurent à ses partenaires des services de haute qualité en phase avec les dernières innovations du domaine.

Expertises et services

Microscopie optique :

Imagerie de fluorescence grand champ spectrale (TIRF),
Imagerie confocale et multiphotonique,
Imagerie de super résolution (PALM, STORM),
Imagerie résolue en temps (FLIM),
Imagerie de transmission et fluorescence,
Imagerie automatisée.

Microdissection laser :

Préparation d’échantillons,
Mise à disposition d’un microscope à dissection laser pour le prélèvement de tissus ou cellules en UV et IR,
Extraction et quantification d’ARN.

Histologie :

Mise à disposition de matériel et d'équipements pour la réalisation de fixations, d'inclusions, de coupes, colorations et immunomarquages.

Microscopie électronique :

Préparation d’échantillons : fixation, inclusion, coupe semi-fine et ultrafine, contraste et immunomarquage par des méthodes conventionnelles et cryo-méthodes (vitrification d’échantillons hydratés),
Mise à disposition de microscopes électroniques en transmission et à balayage pour imager des échantillons hydratés (MEB ultrahaute résolution, MEB environnemental et cryo-MEB) ou en couche mince (MET et cryo-MET).

Moyens et équipements

Microscopie photonique :

Microscope confocal Leica SP8,
Microscope confocal spectral Nikon ES1 avec module FLIM/FCS Picoquant,
Microscope confocal Zeiss Airyscan LSM800,
Microscope bi-photon Nikon A1MP avec module FLIM/FCS Picoquant,
Microscope de super résolution PALM/STORM Nikon NStorm v4,
Microscope IR–Raman Photothermal mIRage LS,
Sartorius Incucyte S3.

Spectroscopie :

Spectrofluorimètre Fluorolog 3 avec détection en T et polarisation,
Spectrofluorimètre Fluoromax 4 avec mesure de durée de vie de fluorescence,
Lecteur de plaque SAFAS Xenius.

Microdissection laser :

2 microscopes à dissection laser Arcturus.

Microscopie électronique :

Microscope électronique à transmission Hitachi H7800 avec platine cryogénique, tomographie 3D et microanalyse EDS,
Microscope électronique à balayage Tescan Clara avec mode environnemental, module 3D tomographie et platines froides,
Equipement pour microscopie corrélative photonique et électronique,
Appareil de cryo-fixation sous haute pression Leica EM HPM100 pour la préparation des échantillons pour la microscopie électronique (ME),
2 automates AFS Leica de cryo-substitution pour la ME,
2 automates de préparation Leica AMW et EM TP pour la ME,
Cryo-plunge Leica GP2 pour la vitrification de films minces pour la ME,
Appareil de cryo-fracture Leica BAF060,
3 ultramicrotomes Reichert Jung pour réaliser des coupes semi-fines et ultrafines d’échantillons biologiques inclus dans des résines,
Cryo-ultramicrotome Leica UC7-FC7 pour la réalisation de coupes semi-fines et ultrafines d’échantillons biologiques congelés,
Appareil de déshydratation Bal-Tec CPD030 par la méthode du point critique,
2 appareil de métallisation Thermo Polaron SC7620 et Quorum Q150T Plus Series,
Evaporateur carbone Thermo Polaron E6700,
Appareil d’effluvage de surface Leica EM SCD 005.

Préparation et analyse :

3 salles de préparation conventionnelle d’échantillons pour la microscopie électronique,
Salle de préparation d’échantillons par cryo-méthodes pour la microscopie électronique (congélation à haute pression et cryo-fracture),
4 salles de préparation pour l’histologie avec automates de préparation,
2 stations d’analyse d’images et analyse 3D.

<hr>Microscope multi-photon Nikon A1MP avec laser Coherent Chameleon Ultra II.

<hr>Bactérie Bacillus subtilis observée en microscopie super résolue STORM grâce à un marquage membranaire Alexa 647 WGA.

<hr>Colonisation racinaire de luzerne par un champignon mycorhizien à arbuscules observée en imagerie confocale.

<hr>Image de poisson-zèbre obtenue en microscope biphoton Nikon A1MP avec objectif x25.

<hr>Marquage de cellules A549 avec des anticorps anti-vimentin, anti-rabbit-Alexa 488, anti-E-cadherin et anti-mouse-Alexa 555, et DAPI.

<hr>Immunomarquage en fluorescence montrant l’actine en vert, HSP27 en rouge, l’a-actine en rose et le noyau de fibroblastes en bleu.

<hr>Bactéries du sol Chelatobacter heinzi observées en MET.

<hr>Racine de légumineuse observée en MET.

<hr>Microscope confocal Zeiss LSM800 avec Airyscan.

<hr>Equipement de microscopie électronique à balayage (MEB) Hitachi SU-8230 avec cryo-platine.

<hr>Cryo-transfert avec platine Quorum MEB SU8230.

Comment soumettre un projet ?

Pour soumettre une demande à la plateforme DImaCell, envoyez un mail à l’adresse générique contact@dimacell.fr en décrivant brièvement votre projet et son contexte. Si vous ciblez une méthodologie particulière, vous pouvez contacter directement son responsable, dont le nom et la fonction figurent sur la plaquette de DImaCell disponible en ligne sur son site internet.

Un rendez-vous sera fixé avec les personnes compétentes de la plateforme dans les deux semaines suivant le dépôt de la demande. Au regard de sa nature, DImaCell déterminera s’il s’agit d’un projet de recherche collaboratif ou d’une prestation. Les experts de la plateforme évalueront avec vous la faisabilité du projet et vous conseilleront sur les approches à privilégier en matière de méthodes et d’équipements. Ils évoqueront aussi les ressources humaines et financières à consacrer au projet. Si DImaCell ne peut répondre à votre demande, vous serez orienté vers d’autres structures.

Exemple d'utilisation

Etude du rôle de la protéine CDC48 dans l’immunité des plantes

L’équipe « Immunité et signalisation » du pôle Mécanismes et gestions des interactions plantes-microorganismes du laboratoire Agroécologie (UMR1347) a contacté Pascale Winckler, responsable de la microscopie à deux photons au sein de DImaCell, dans le cadre d’une étude portant sur l’implication de la protéine chaperonne CDC48 dans la réponse immunitaire de la plante. CDC48 est un acteur essentiel du contrôle qualité des protéines chez les eucaryotes. Elle est associée à divers processus physiologiques. L'objectif de la collaboration était de confirmer l’interaction de CDC48 avec l’enzyme ascorbate peroxydase cytosolique (cAPX).

Des analyses de spectrométrie de masse ont précédemment montré que cAPX était un partenaire potentiel de CDC48 chez le tabac. Des clonages ont été réalisés pour ajouter une étiquette CFP à l’extrémité N-terminal de CDC48 et YFP à l’extrémité C-terminal de cAPX. De l’imagerie FLIM en excitation à deux photons, technique adaptée à l’imagerie dans des échantillons végétaux, a été alors mise en ½uvre pour visualiser le transfert d’énergie FRET entre les deux fluorophores, confirmant l’interaction entre les deux protéines surexprimées in planta dans le cytoplasme des cellules de feuilles de tabac.

Pour en savoir plus : Bègue H. et al. (2019). The chaperone-like protein CDC48 regulates ascorbate peroxidase in tobacco. Journal of Experimental Botany, 70(10):2665-2681.