Centre d’immuno-phénomique (CIPHE)

Développement de modèles de recherche préclinique et caractérisation multi-omique de leur système immunitaire en conditions normales et pathologiques (inflammation, infection, cancer).

Site de la plateforme

Centre d’immuno-phénomique (CIPHE)

Développement de modèles de recherche préclinique et caractérisation multi-omique de leur système immunitaire en conditions normales et pathologiques (inflammation, infection, cancer).

Site de la plateforme

Centre d’immunophénomique (CIPHE)

Unité de service en génomique fonctionnelle, le CIPHE dispose d’une expertise forte en génétique de la souris et en immunologie. Fondé en 2011, il offre une suite unique de plateformes technologiques intégrées et spécialisées dans la conception, le développement et la caractérisation phénotypique et fonctionnelle de modèles de recherche préclinique en conditions normales et pathologiques (inflammation, auto-immunité, cancer, infection). Le CIPHE poursuit également des activités de R&D visant à améliorer des modèles existants, notamment les souris au système immunitaire humanisé et des modèles pour l'étude du SARS-CoV-2.

Les modèles in vitro (cellulaires) et in vivo (souris) développés par le CIPHE bénéficient des dernières avancées en matière d’édition du génome (CRISPR-Cas9) dans le respect de la règle des 3R (réduire, raffiner, remplacer), de l’éthique et du bien-être animal. En combinaison avec des technologies à haut contenu pour l’étude fonctionnelle du système immunitaire, ils constituent une boite à outils intégrée permettant la compréhension des mécanismes d’action de composés thérapeutiques candidats au niveau moléculaire et cellulaire, l'identification et la validation de nouvelles cibles thérapeutiques impliquées dans l’activation et la régulation du système immunitaire en oncologie, ainsi que dans les maladies inflammatoires et infectieuses.

Le CIPHE est un acteur majeur dans les programmes européens et mondiaux de post-génomique (Infrafrontier, IMPC, ImmGen) et constitue l’un des trois centres fondateurs de l'infrastructure PHENOMIN qui est, avec TEFOR, au cœur de l’infrastructure nationale multi-espèces CELPHEDIA.

Expertises et services

Création de modèles de recherche préclinique :

Génération de modèles cellulaires de recherche préclinique via des technologies d’édition du génome de type CRISPR-Cas9,
Génération de modèles de recherche préclinique in vivo (souris) via des technologies de recombinaison homologue (RH) dans les cellules ES et d’édition du génome (CRISPR-Cas9) pour comprendre les maladies humaines (KO, cKO, KI, KO/KI, cKI, mutations ponctuelles, humanisation) et développer des allèles à fonctionnalité multiple (traceurs fluorescents, séquences étiquetées, délétions conditionnelles),
Hébergement et maintenance de lignées de souris dans des conditions EOPS et SOPF,
Expérimentation dans des conditions EOPS et A3L3,
Cryoconservation et décontamination de lignées de souris,
Gestion et production de cohortes de lignées de souris.

Analyse phénotypique :

Réalisation d’analyses multi-omiques et multiparamétriques de haut contenu (cytométrie en flux, cytométrie de masse, cytométrie spectrale, scRNA-Seq, CITE-Seq) sur organes lymphoïdes primaires et secondaires, sang et tissus non lymphoïdes pour l’immunophénotypage chez le rat et la souris,
Etude de l’efficacité de composés immunomodulateurs nouveaux ou existants sur des modèles d’immuno-oncologie ou d’inflammation établis au CIPHE,
Création de modèles tumoraux de type syngénique ou xénogénique et de modèles orthotopiques,
Analyse du microenvironnement tumoral, inflammatoire et infectieux,
Réalisation d’analyses par scRNA-Seq et CITE-Seq,
Analyse supervisée et non supervisée des données produites,
Etude de l’efficacité de composés antiviraux, vaccins et immunomodulateurs et analyse des paramètres de suivi clinique, virologique et immunologique sur des modèles précliniques de souris infectées par le virus SARS-CoV-2 et ses variantes établis au CIPHE,
Suivi d’infection en temps réel et analyse par pléthysmographie de systèmes respiratoires après infection avec les virus émergents en BSL3.

Moyens et équipements

Laboratoires de biologie moléculaire avec PCR, Light Cycler, qPCR, ddPCR, RT-qPCR,
3 laboratoires de culture cellulaire,
Laboratoire BSL2,
Laboratoire de microinjection, cryoconservation et décontamination,
Animalerie de 9 000 cages pour l’élevage de souris en condition SOPF et EOPS,
Animalerie de 1 000 cages pour l’expérimentation en conditions EOPS,
Plateforme d’expérimentation A3L3 de 450 m²,
Plateforme d’immunophénotypage avec cytomètre en flux, cytomètre de masse, cytomètre spectral, compteurs cellulaires, automates d’extraction cellulaire, bioanalyseurs (single cell, ARN, ADN, cytokines, chemokines), microscope à fluorescence et bioluminescence (IVIS III), équipements pour microinjection, 2 BD FACS Fortessa, BD FACS Aria, Canto 10C, 10x Genomics, Attune NxT, GentleMACS, AutoMACS et MultiMACS.

<hr>Laboratoire de biologie moléculaire.

<hr>La cytométrie en flux permet de détecter les fluorochromes combinés aux anticorps ciblant des protéines d’intérêt.

<hr>Plateforme BSL3 de haute sécurité dédiée à l'analyse des mécanismes d'action de molécules thérapeutiques.

<hr>Robotique pour l'automatisation de la laverie de l'animalerie.

Comment soumettre un projet ?

Pour soumettre un projet au CIPHE, vous pouvez adresser votre demande au guichet unique de l’infrastructure PHENOMIN ou directement à la plateforme à l’adresse contact-ciphe@inserm.fr. Selon le projet (génération de modèles ou phénotypage), la demande sera orientée vers un responsable, qui reprendra contact avec vous pour définir au mieux les objectifs de votre projet, étudier sa faisabilité technique, définir le cahier des charges, rédiger une demande d’autorisation et établir un devis. Le projet sera mis en oeuvre après validation administrative, technique et éthique en cas de phénotypage. Un chef de projet vous sera dédié pour répondre à vos questions et vous tenir informé de l’état d’avancement de l’étude.

Exemple d'utilisation

Développement de modèles précliniques de souris infectées par le SARS-CoV-2

Dès le début de l'épidémie de Covid-19, le CIPHE a développé des modèles de souris optimisés pour l'étude du SARS-CoV-2. La plateforme a notamment mis au point une ressource de souris humanisées exprimant le récepteur de SARS-CoV-2 (hACE2) de manière ubiquitaire ou tissu spécifique. Ces modèles ont été validé en BSL3 grâce à l’analyse de la fonction de leurs cellules immunitaires et à l'étude des paramètres cliniques et virologiques. Ils sont maintenant amplifiés sous un format exempt d'agents pathogènes et mis à la disposition de l'ensemble de la communauté scientifique, en particulier par l'intermédiaire de l'infrastructure européenne Infrafrontier. Ces modèles permettront de tester des vaccins et des thérapies antivirales, mais aussi d'approfondir les connaissances sur les interactions hôtes-pathogènes, la réponse immunitaire et la physiopathologie de la Covid-19.

Pour en savoir plus : Record participation in COVID-19 Open Call - five projects selected. Infrafrontier, 2021.