Centre de découverte et de développement du médicament (C3D)

Des réponses pour les besoins de développement pharmaceutique en oncologie, de l’identification des cibles jusqu’à la clinique.

Site de la plateforme

Centre de découverte et de développement du médicament (C3D)

Des réponses pour les besoins de développement pharmaceutique en oncologie, de l’identification des cibles jusqu’à la clinique.

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Centre de découverte et de développement du médicament (C3D)

À partir des cibles identifiées par les porteurs de projets, la plateforme C3D accompagne les chercheurs académiques et les industriels dans le développement de nouvelles thérapies sous la forme de petites molécules chimiques ou d’anticorps thérapeutiques. La plateforme dispose de l’ensemble des compétences nécessaires pour intervenir à différents niveaux de la chaine de développement de ces nouvelles thérapies, allant du criblage de chimiothèques ou d’hybridomes jusqu’à l’optimisation des composés, l’identification des mécanismes d’action, l’évaluation de l’efficacité pharmacologique et le développement non clinique réglementaire.

L’une des spécificités de la plateforme est de pouvoir accompagner les porteurs de projets depuis l’identification d’une cible jusqu’à la clinique. Cet accompagnement est rendu possible grâce à la combinaison de plusieurs facteurs : une expertise forte en développement de nouvelles thérapies acquise dans l’industrie pharmaceutique, un socle de compétences en criblage, biologie cellulaire, biochimie et biophysique, et une connexion forte avec l’ensemble des plateformes technologiques du CRCL, permettant de proposer un programme de développement complet et cohérent, s’appuyant sur un panel d’expertises unique.

Expertises et services

Développement et automatisation de tests primaires adaptés à la cible : tests sur cibles isolées par HTRF, spectral shift et TRIC (interactions moléculaires) ou BLI, tests sur cellules par luminescence, fluorescence et imagerie (HCS), criblage d’hybridome par ELISA,
Analyse de l’activité de molécules chimiques ou d’anticorps : tests de biochimie, de biologie cellulaire ou moléculaire nécessaires à la confirmation de leur activité et à l’identification de leurs mécanismes d’action (IC₅₀ in vitro et in cellulo, viabilité cellulaire...),
Réalisation de tests d’early ADME : évaluation du passage passif à travers la membrane cytoplasmique, mesure de la liaison au canal hERG,
Gestion de programmes de chimie de synthèse et de chimie médicinale en collaboration avec des partenaires académiques ou privés,
Conseil et accompagnement pour le développement pharmaceutique : mise en place de plans de développement par phases, budgétisation et rédaction de documents de suivi (flow charts, diagrammes de Gantt, target product profile, plan de développement réglementaire).

Moyens et équipements

Mesures biochimiques et biophysiques à haut débit :

Lecteurs de microplaques Spark, Infinite F500 et Infinite M200 Tecan pour les analyses par luminescence, absorbance et fluorescence,
Lecteur Dianthus NanoTemper pour les analyses par TRIC et spectral shift.

Robotique :

Robot EVO 150 Tecan couplé à un incubateur de C0₂ à 37°C automatisé Liconic,
Distributeur de micro-volumes HP D300 Tecan.

Collections de molécules :

Banque Prestwick de 1 200 composés approuvés par la FDA,
Banques Chembridge et ChemXinfinity de 52 000 composés diversifiés,
Banque ChemXinfinity de 13 000 composés et banque FrPPIChem de 10 344 composés inhibiteurs d’interactions protéine-protéine,
Banque Edelris de 1 200 composés contenant des structures dérivées de produits naturels,
Banque MedChemExpress de 590 composés inhibiteurs de kinases approuvés ou en phase clinique.

Purification de protéines :

Système Akta go Cytivia.

Culture cellulaire in vitro 2D et 3D :

Pièce de culture entièrement équipée,
Système HCS Opera PerkinElmer avec logiciel d’analyse Spotfire TIBCO,
Panel de plus de 20 lignées de cellules cancéreuses couvrant un grand nombre de cancers : cancers liquides, sarcomes, mélanomes, neuroblastomes, cancers du poumon, du côlon, du pancréas, du sein, du foie, du rein, de la tête et du cou.

<hr>Analyse d’interactions moléculaires par spectral shift avec le lecteur Dianthus NanoTemper.

<hr>Criblage sur la plateforme robotique EVO 150 Tecan.

<hr>Modélisation de protéine avec AlphaFold 3 et ChimeraX.

<hr>Immunomarquage sur cellules Isreco 1 avec le système HCS Opera PerkinElmer.

<hr>Analyse de criblage sur Spotfire TIBCO.

Comment soumettre un projet ?

Pour soumettre un projet à C3D, vous pouvez envoyer un mail à Stéphane Giraud, directeur scientifique de la plateforme. Vous serez contacté dans les 48h pour convenir d’une réunion visant à définir vos attentes et mettre en place un plan d’action répondant à vos objectifs. En fonction des besoins, la plateforme peut éditer un devis de prestation ou participer à l’écriture de demandes de financement. Les projets collaboratifs d’envergure importante sont quant à eux évalués par le comité scientifique de la plateforme afin de valider leur adéquation avec les objectifs du Centre de recherche en cancérologie de Lyon (CRCL).

Exemple d'utilisation

Inhibition d’une interaction protéique favorable à la survie des cellules cancéreuses

L’équipe dirigée par Toufic Renno au Centre de recherche en cancérologie de Lyon (CRCL) a démontré que MYD88, une protéine adaptatrice impliquée dans l'inflammation, intervient également dans la voie de signalisation oncogénique RAS. Elle interagit plus précisément avec la protéine ERK1/2, permettant la transformation cellulaire dépendante de RAS in vivo et le maintien de la survie des cellules cancéreuses humaines.

A partir de cette découverte, un programme d’identification et de développement d’inhibiteurs de l’interaction ERK/MYD88 a été démarré avec la plateforme C3D. Un criblage in vitro, basé sur l’interaction des deux protéines, a permis de valider plusieurs séries de composés chimiques d’intérêt. Le développement de l’une de ces séries a ensuite conduit à l’identification d’une molécule preuve de concept.

Les études menées ont montré que l’inhibition de l’interaction ERK/MYD88 provoque une mort cellulaire apoptotique immunogène in vitro et déclenche une réponse des cellules T anti-tumorales in vivo. Ces travaux ont également conduit à la création de la start-up TheraPPI Bioscience spécialisée dans le développement d’inhibiteurs d’interactions protéine-protéine.

Pour en savoir plus : Virard F. et al. (2024). Targeting ERK-MYD88 interaction leads to ERK dysregulation and immunogenic cancer cell death. Nature Communications, 15:7037.

Contact

C3D
Centre de recherche en cancérologie de Lyon (CRCL)
Centre Léon Bérard, Bât Cheney B
28 rue Laennec
69008 Lyon
Région : Auvergne-Rhône-Alpes+33 (0)4 26 55 67 74
stephane.giraud@lyon.unicancer.fr
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