Centre de bioinformatique de Bordeaux (CBiB)

Des services de pointe et des ressources sécurisées pour le traitement de données biologiques et médicales, depuis leur acquisition jusqu’à leur stockage, analyse et diffusion.

Site de la plateforme

Centre de bioinformatique de Bordeaux (CBiB)

Des services de pointe et des ressources sécurisées pour le traitement de données biologiques et médicales, depuis leur acquisition jusqu’à leur stockage, analyse et diffusion.

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Centre de bioinformatique de Bordeaux (CBiB)

Le CBiB conçoit et met en œuvre des prestations de service pour l’analyse de données biologiques issues de productions à haut débit telles que la génomique, la protéomique ou la métabolomique. Il propose des services de pointe pour le traitement de ces données, de leur acquisition jusqu'à leur stockage, leur analyse et leur diffusion. Pour ce faire, il réunit les compétences nécessaires en bioinformatique, bioanalyse et informatique. Ces activités cœur de métier s’appuient sur une structure adaptée en termes de moyens de calcul et de stockage.

Le CBiB dispose de ressources sécurisées et conformes aux standards internationaux. De quelques échantillons à plusieurs dizaines de milliers, il offre des services complets d'analyse de l'ADN, de l'ARN, de protéines, de métabolites et depuis quelque temps, d’images.

Expertises et services

Analyse de données et conseil pour les projets de bioinformatique,
Mise en place de collaborations avec des équipes de recherche en bioinformatique, informatique et biostatistique,
Bioanalyse,
Développement de logiciels pour la communauté de recherche, en particulier pour l'analyse et le traitement des données de NGS,
Mise en place de techniques d’analyse de données à haut débit (machine learning),
Mise à disposition de programmes et de bases de données publiques,
Création et maintenance de bases de données biologiques pour les données omiques,
Hébergement et exploitation d'application et de données,
Accueil et formation de biologistes à la programmation et aux outils de bioinformatique,
Organisation d'ateliers et de formations sur différentes thématiques de bioinformatique.

Moyens et équipements

Stockage :

Stockage pour la production sur Dell Isilon, ~ 650 To utile, composé de 6 nœuds H400,
IBM Spectrum Scale (ex-GPFS) composé de 2 nœuds GPFS Dell R730 et JBOD Dell MD3460,
Stockage pour la réplication du stockage de production basé sur GlusterFS, ~ 400 To sur site distant,
Stockage pour la sauvegarde basée sur ZFS, 50 To, répliqué sur un site distant.

Calcul :

Cluster cortex : total de 25 nœuds de calcul (512 cœurs, 7.2 To RAM), 24 nœuds de calcul standard Dell R630 (20 cœurs, 256 Go RAM), nœud de calcul big memory Dell R630 (32 cœurs, 1 To RAM) et 2 nœuds de login Dell R630 (20 cœurs, 256 Go RAM),
Serveur GPU avec 2 Intel Xeon Silver 4114 (10 cœurs, 128 Go RAM), disques SSD 3 To et 8 Nvidia Tesla T4 16 Go GDDR6.

Virtualisation :

Cluster Proxmox : 3 serveurs Dell PowerEdge R640 (2 CPU Xeon 4114, 20 cœurs, 256 Go RAM) et stockage dédié partagé (20 To).

Réseau :

Accès internet partagé, ~ 1 Gb/s, fourni par l’Université de Bordeaux,
LAN Intel Omni-Path, 100 Gb/s (données),
LAN éthernet, 10 Gb/s (administration).

Structure d'hébergement :

Salle de 28m²,
Confinement allée chaude,
Groupe froid et free-cooling (~ 50% du temps),
Echangeurs thermiques air/eau avec réseau d’eau ~ 15°C,
Onduleur à tolérance de panne d’une capacité de 48 kW n+1,
Supervision de la salle : température, hygrométrie, fuite d'eau, consommation par prise, onduleur, groupe froid, LCP.

<hr>Serveurs de calcul et de stockage de la plateforme CBiB avec échangeur air-eau (LCP) pour le refroidissement de la salle.

<hr>Salle des serveurs de calcul et de stockage de la plateforme CBiB.

Comment soumettre un projet ?

Le CBiB est en accès libre pour les applications en ligne. Il intervient sur des projets nécessitant des travaux d’ingénierie ou de R&D, sous la forme de prestations de service ou de collaborations. Pour soumettre un projet, vous pouvez envoyer un mail à Macha Nikolski.

Lorsque le CBiB intervient en tant que prestataire de service, ses prestations font l’objet d’une facturation. Les prestations de recherche faisant appel à de l’ingénierie ou de la R&D imposent une rencontre préalable pour établir les besoins de l’utilisateur et définir le cadre des prestations dans un document de type fiche-projet. Les utilisateurs des ressources de calcul du CBiB au travers d’un compte machine authentifié doivent remplir et accepter la charte d’utilisation des moyens de calculs de la plateforme.

Exemple d'utilisation

Développement de sondes chimiques à base de polyphénols

Le groupe ORGA de l'Institut des sciences moléculaires (ISM, UMR5255) dirigé par Stéphane Quideau a sollicité le CBiB dans le cadre du projet ANR PolyphénolProt. Ce projet visait à développer des sondes chimiques à base de polyphénols, tels que les ellagitanins vescalagine et vescaline, connus pour leurs propriétés inhibitrices de la résorption osseuse ostéoclastique dépendante de l'actine. L'objectif était d'explorer les interactions de ces composés avec les protéines des cellules osseuses, grâce à des techniques de chimio-protéomique par affinité et de bioinformatique.

Le CBiB a mené toutes les analyses des données issues des analyses de spectrométrie de masse protéique. Ces analyses bioinformatiques ont révélé une préférence pour la capture de protéines impliquées dans la phosphorylation et la régulation des GTPases. Au total, 33 protéines cibles potentielles ont été identifiées en lien avec la différenciation et l'activité des ostéoclastes, ainsi que la régulation de la dynamique de l'actine.

Pour en savoir plus : Kempf K. et al. (2023). Systemic convergent multitarget interactions of plant polyphenols revealed by affinity-based protein profiling of bone cells using C-glucosidic vescal(ag)in-bearing chemoproteomic probes. ACS Chemical Biology Journal, 18(12):2495-2505.

Contact

Centre de bioinformatique de Bordeaux (CBiB)
Université de Bordeaux, site Carreire
146 rue Léo Saignat, Case 68
33076 Bordeaux
Région : Nouvelle-Aquitaine+33 (0)5 57 57 16 83
macha.nikolski@u-bordeaux.fr
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