Bordeaux Proteome

Expertises et services dans le domaine de l’analyse protéomique.

Site de la plateforme

Bordeaux Proteome

Expertises et services dans le domaine de l’analyse protéomique.

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Bordeaux Proteome

Bordeaux Proteome est une plateforme scientifique et technologique spécialisée dans le domaine de l’analyse protéomique. Elle est ouverte à l'ensemble des communautés scientifiques académiques et privées. Elle s’appuie sur des technologies et méthodologies novatrices, ainsi que sur des instruments de dernière génération pour proposer des prestations de service en analyse des protéines par spectrométrie de masse ou par l’intermédiaire de techniques séparatives associées, comme la nano-chromatographie liquide ou l’électrophorèse. Son offre de service est complète. Elle comprend l’identification, la caractérisation, la quantification et l’analyse différentielle des protéines.

La plateforme est certifiée ISO 9001 depuis 2012 et NF X50-900 depuis 2015 pour ses activités de recherche et de développement technologique, ainsi que pour son expertise en spectrométrie de masse et protéomique dans les domaines de la biologie, de la santé et de l’agronomie.

Expertises et services

Préparation d’échantillons pour spectrométrie de masse :

Séparation électrophorétique ou chromatographique de protéines et peptides,
Enrichissement et déplétion de protéines et peptides,
Enrichissement de sous-espèces peptidiques (phosphoprotéomique et glycosylation),
Protéolyse adaptée à l’échantillon et à l’analyse : in gel, en solution, stratégie multienzymatique et échantillons à l’état de traces.

Analyse par spectrométrie de masse à haute résolution :

Identification de protéines au sein de mélanges complexes,
Caractérisation de protéines : mesure de masses moléculaires, identification et localisation de modifications co- ou post-traductionnelles (phosphorylations, glycosylations…),
Séquençage de novo de protéines,
Interactomique et analyse de complexes protéiques,
Protéomique d’expression différentielle avec marquage (SILAC, TMT) ou sans (label-free).

Traitement bioinformatique des données :

Retraitement des données de spectrométrie de masse pour l’identification, la caractérisation et la quantification de protéines,
Collaboration avec le Centre de bioinformatique de Bordeaux (CBiB) pour l’analyse et l’intégration de données omique : validation statistique, enrichissement en terme GO, visualisation et interprétation des résultats, annotation fonctionnelle des protéomes.

Expertise R&D :

Analyse structurale des protéines par échange isotopique ou cross-linking : étude conformationnelle, étude des interactions protéine-protéine et cartographie des épitopes,
Imagerie par spectrométrie de masse MALDI Orbitrap : identification et localisation de lipides, métabolites, peptides et protéines,
Analyse protéomique de type top-down : identification des protéines intactes et de leurs modifications post-traductionnelles ou chimiques, identification des variants protéiques et de formes protéiques clivées in situ,
Analyse de glycoprotéines et glycopeptides : identification et localisation de N- et O-glycosylations,
Analyse de traces et ultra-traces dans le domaine du patrimoine culturel : identification de protéines, lipides et sucres, de modifications chimiques ou post-traductionnelles et des espèces biologiques d’origine à partir de différents types de matériaux anciens.

Moyens et équipements

Spectromètres de masse :

Orbitrap Eclipse Tribrid avec Vanquish Neo (Thermo Scientific),
Orbitrap Fusion Lumos avec U3000-RSLC (Thermo Scientific),
Q-Exactive (Thermo Scientific) avec source AP-MALDI (TransMIT),
LTQ Orbitrap XL ETD (Thermo Scientific) avec U3000 (Dionex),
Automate HDX (LEAP),
Q-TRAP 5500 System (AB Sciex) avec Nexera XR (Shimadzu),
Ultraflex III TOF-TOF (Bruker Daltonics) avec détecteur haute masse HM4 (CovalX),
Q-TOF Premier et Q-TOF Micro (Waters Micromass).

Bioinformatique :

Logiciels d'identification, de quantification et caractérisation : Proteome Discoverer, Sequest HT, MS Amanda et Prosight PD (Thermo Scientific), Peaks (Bioinformatics Solutions Inc) Chimerys et Byonic 2.0 (Protein Metrics),
Logiciels d'imagerie : FlexImaging 4.0 et SCiLS Lab (Bruker Daltonics).

Serveurs de calcul et stockage :

Serveurs de calcul,
Serveurs de stockage de 80 To et 120 To, RAID 5.

Biochimie des protéines :

Homogénéiseur Bead Ruptor Elite (Omni International),
Cryo-microtome CryoStar NX70 (Thermo Scientific),
Désintégrateur de cellules One Shot Cell Disrupter (CellD),
Appareil d’électrophorèse monodimensionnelle,
Systèmes de focalisation isoélectrique OffGel (Agilent) et Rotofor (Bio-Rad),
Appareils d’électrophorèse bidimensionnelle 24 cm : IPG Phor, Ettan DALTsix et DALTtwelve (Amersham Biosciences), Protean IEF Cell et Protean II Multi-Cell (Bio-Rad),
Appareils d’électrophorèse bidimensionnelle 6 cm : IPG Runner et Sure Lock (Invitrogen),
Scanner à fluorescence Pharos FX Plus et logiciel d’analyse ImageLab (Bio-Rad).

<hr>Spectromètres de masse à haute résolution.

<hr>Orbitrap Fusion Lumos (Thermo Scientific).

<hr>Couplage LC-MS sur Orbitrap Fusion Lumos.

<hr>Tube de vol de l’Ultraflex III TOF-TOF (Bruker).

<hr>Source MALDI pour l’Imagerie par spectrométrie de masse.

<hr>Orbitrap Eclipse Tribrid (Thermo Scientific).

<hr>Source nanospray interfacée avec l’Orbitrap Eclipse Tribrid.

<hr>Bâtiment CARF hébergeant la plateforme Bordeaux Proteome au sein de l’Université de Bordeaux.

Comment soumettre un projet ?

Pour soumettre un projet, vous pouvez contacter Caroline Tokarski, responsable scientifique de Bordeaux Proteome. Après évaluation de la faisabilité technique de la demande, une réunion sera organisée afin de préciser les objectifs, la stratégie et les conditions optimales pour l'analyse et la préparation des échantillons. Un cahier des charges, un échéancier et un devis vous seront fournis.

Les prestations sont assurées sous la forme de collaborations ou de prestations de services. Dans le cas d'une collaboration, le laboratoire porteur du projet assume les frais de fonctionnement. Le personnel de la plateforme impliqué est co-propriétaire des résultats et co-auteur des éventuelles publications scientifiques résultant de la collaboration. Dans le cas d'une prestation de service, le laboratoire porteur du projet assume non seulement les frais de fonctionnement, mais aussi les frais d'expertise. Il reste par ailleurs propriétaire exclusif des résultats.

Exemple d'utilisation

Fabrication de plasma convalescent Covid-19

La plateforme Bordeaux Proteome a contribué à un projet de recherche mené en collaboration avec l’Établissement français du sang (EFS). Ce projet avait un objectif double : celui d’évaluer la composition protéique du plasma de patients infectés ou non par le SARS-CoV-2, et celui d’évaluer l’effet sur le protéome plasmatique d’un traitement chimique pour la conservation du plasma. Une stratégie d’analyse protéomique d’expression différentielle, comprenant un marquage avec des réactifs TMT, a été mise en œuvre pour répondre à ce double objectif. Les travaux sont en cours.

Contact

Bordeaux Proteome
Université de Bordeaux
Bâtiment CARF
146 rue Léo Saignat
33076 Bordeaux
Région : Nouvelle-Aquitaine+33 (0)5 57 57 56 24
caroline.tokarski@u-bordeaux.fr
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