Bordeaux imaging center (BIC)

Des compétences et des équipements en microscopie électronique et photonique pour des applications dans le domaine de la biologie, de la santé, du végétal et des biomatériaux.

Site de la plateforme

Bordeaux imaging center (BIC)

Des compétences et des équipements en microscopie électronique et photonique pour des applications dans le domaine de la biologie, de la santé, du végétal et des biomatériaux.

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Bordeaux imaging center (BIC)

Plateforme d’imagerie cellulaire et composante de l’infrastructure nationale France BioImaging, le BIC est une unité mixte de service rattachée au CNRS, à l’Inserm et à l’Université de Bordeaux. Il offre des ressources en imagerie photonique et électronique, principalement dans le domaine de la biologie, de la santé, du végétal et des biomatériaux. Il fournit des équipements et expertises pour la préparation des échantillons et l'acquisition d'images.

Le BIC propose un accès aux techniques les plus avancées de bioimagerie pour l'imagerie cellulaire fixe et vivante, comme la vidéomicroscopie, la microscopie confocale, multiphotonique, électronique à transmission et à balayage. Il dispose d’un ensemble unique d'équipements haut de gamme pour la microscopie de super-résolution (STED, SMLM et FLIM). Le BIC présente aussi une forte expertise dans les études ultra-structurelles et un savoir-faire en cryo-analyse d'échantillons biologiques, analyse par microscopie électronique (2D, 3D) et analyse chimique.

Expertises et services

Mise à disposition d'équipements de microscopie électronique et photonique,
Prise en charge partielle ou totale de projets : préparation d'échantillons, immunomarquage, acquisition d’images, analyse et interprétation,
Mise en place de formations nationales ou régionales en microscopie et imagerie en collaboration avec le CNRS et l’Inserm,
Formation à l’utilisation des équipements de préparation d’échantillons, des microscopes et des outils dédiés à l’analyse d’images,
Imagerie photonique : FLIM, FRET, FRAP, décageage, suivi de particules et molécules uniques, super-résolution PALM, STORM ou GSD, par réflectance et feuillet de lumière,
Imagerie électronique : MET en haut contraste ou haute résolution, imagerie 3D par tomographie MET, imagerie chimique par microanalyse X (EDS), imagerie par MEB en haut vide ou pression contrôlée associée à l’EDX, imagerie MEB par cryo-observation, imagerie 3D-MEB par serial block-face imaging (3ViewXP2), imagerie STEM par MEB ou MET,
Microscopie corrélative photonique électronique (CLEM) en mode conventionnel et cryo-préparation,
Préparation d’échantillons : méthodes conventionnelles, coupes semifines et ultrafines, préparation de grilles membranées, détallisation et dessication au point critique, coloration négative et contraste, transparisation d’organes entiers par U-DISCO, cryo-préparation (cryo-fixation sous haute pression, cryo-substitution par PLT et cryo-ultramicrotomie), immunodétection (méthode de Tokuyasu, pré ou post-enrobage),
Analyse d’images en 2D et 3D : développement d’automatisations de traitement ou de nouvelles fonctionnalités, représentation 3D d’ultrastructures tissulaires ou cellulaires, analyse par microscopie corrélative de la localisation de protéines fluorescentes au niveau d’ultrastructures subcellulaires, reconstruction d’images en 3D et déconvolution.

Moyens et équipements

Imagerie photonique :

3 microscopes plein champ à épifluorescence,
Vidéomicroscope,
Macroscope,
Ultramicroscope,
4 microscopes confocaux,
2 microscopes multiphotoniques équipés pour électrophy ou FLIM,
Microscope confocal à ultra-haute résolution (STED),
Vidéomicroscope combinant un spinning disk équipé de FRAP,
2 spinning disks équipés de FRAP et FLIM ou d’un module Live-SR,
Microscope TIRF dédié au PALM et équipé de FRAP,
Microscope de super-résolution GSD,
Microscope à feuille de lumière lattice light-sheet,
Scanner de lames,
4 stations de traitement d’images équipées de logiciels pour l'analyse 2D (MetaMorph, MatLab), la déconvolution (AutoQuant), l'analyse 3D (Imaris, Bitplane), la reconstruction 3D (Arivis Vision 4D) et la déconvolution des images STED (Huygens, SVI).

Imagerie électronique :

3 microscopes électroniques en transmission (MET) dont 1 haute résolution,
2 microscopes électroniques à balayage (MEB) dont 1 haute résolution,
Unité de cryo-fixation haute pression,
2 automates de cryo-substitution,
4 ultramicrotomes dont 1 cryo-ultramicrotome,
Automate d’inclusion conventionnelle,
2 métalliseurs,
Appareil à contournement du point critique (CPD),
Logiciels dédiés à l’exploitation des images : Digital Micrograph3D_REC (Gatan), ImageJ (NIH), Photoshop (Adobe), Etomo-Imod (Université du Colorado) et Ilastik (EMBL).

Imagerie du végétal :

Microscope MET 120 kV équipé pour la tomographie et cryo-observation,
Système de cryo-fixation sous haute pression (EM-Pact Leica),
2 systèmes de cryosubstitution (AFS Leica),
Microscope confocal avec module Fast Airyscan et cryo-platine,
2 microscopes à épifluorescence,
2 ultramicrotomes, microtome et vibratome,
Macroscope à épifluorescence,
Logiciels d’analyse d’images : ImageJ, Image-Pro Plus, Autoquant (déconvolution), Xplore 3D et IMOD (tomographie), Amira (visualisation 3D).

<hr>Microscope confocal SP8 DM6 (Leica).

<hr>Microscope spinning disk DMI6000B équipé de FRAP (Leica).

<hr>Microscope plein champ DM5000 (Leica).

<hr>Microscope électronique à balayage GeminiSEM300 (Zeiss).

<hr>Microscope électronique en transmission Talos F200S (Thermo Fisher).

<hr>Microscope confocal LSM 880 (Zeiss).

<hr>Appareil de cryo-fixation à haute pression HPM100 (Leica).

<hr>Serial block-face imaging sur MEB (Zeiss) par 3View2XP (Gatan).

<hr>Scanner de lames NanoZoomer 2.0 HT (Hamamatsu).

<hr>Microscopie confocale à ultra-haute résolution par STED.

<hr>Ultramicroscope à feuille de lumière.

<hr>Microscope biphoton in vivo Femtonics.

Comment soumettre un projet ?

La plateforme BIC met à disposition des équipements scientifiques sous la forme de séances de durée libre ou forfaitaire (1 et 3 heures) ou de contrats annuels multi-séances. Pour être autonomes, les utilisateurs doivent au préalable suivre une formation. Pour toute demande de travaux ou de mise à disposition d’équipements, vous pouvez envoyer un mail à l’adresse bic@u-bordeaux.fr ou vous rendre sur le site de la plateforme. Pour les demandes de traitement d’échantillons, une prise de rendez-vous avec le responsable technique concerné du BIC, ou un personnel délégué, est obligatoire afin d’établir une stratégie d’analyse et mettre au point les conditions de préparation des échantillons.

Exemple d'utilisation

Accueil d’un utilisateur européen sur la plateforme

En avril 2019, une doctorante du laboratoire belge Center for brain and disease research a contacté la plateforme BIC pour son expertise en microscopie de super-résolution permettant la détection et le suivi de molécules individuelles. L’objectif de sa thèse était de comprendre la nano-organisation et la dynamique membranaire des acteurs (préséniline et nicastrine) du complexe de la γ-sécrétase, impliquée dans le clivage de l’APP en peptides ß-amyloïdes formant les plaques amyloïdes caractéristiques de la maladie d’Alzheimer.

La plateforme a évalué la technique la plus appropriée pour répondre à la question biologique posée, puis organisé la venue de l’étudiante pour développer une expérience sur ses propres échantillons. Les cellules ont été reçus congelées et mises en culture pour exprimer des constructions mEOS pour du PALM et SNAP pour du PAINT. La plateforme a formé la doctorante à la préparation des échantillons, à l’acquisition d’images double couleur et à leur analyse. Un article dont BIC est co-auteur est en cours de préparation.

Pour en savoir plus : Escamilla-Ayala A.A. et al. (2020). Super-resolution microscopy reveals majorly mono- and dimeric presenilin1/γ-secretase at the cell surface. eLife, 9:e56679.

Contact

Bordeaux imaging center (BIC)
146 rue Léo Saignat
33000 Bordeaux
Région : Nouvelle-Aquitaine+33 (0)5 57 57 17 61
bic@u-bordeaux.fr
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