Biogenouest Génomique

Conduite de projets de génomique, mise à disposition d’équipements, préparation de librairies et analyse bioinformatique, le tout au service de la génomique environnementale et humaine.

Site de la plateforme

Biogenouest Génomique

Conduite de projets de génomique, mise à disposition d’équipements, préparation de librairies et analyse bioinformatique, le tout au service de la génomique environnementale et humaine.

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Biogenouest Génomique

Biogenouest Génomique regroupe la plateforme EcogenO de génomique environnementale de Rennes, la plateforme GenoA de génomique de Nantes et la plateforme Genomer de séquençage et génotypage de Roscoff. Biogenouest Génomique se consacre à la réalisation de projets de séquençage, comprenant la préparation des librairies avec contrôle qualité et purification, les séquençages NGS et les analyses primaires de bioinformatique.

Les trois plateformes de Biogenouest Génomique bénéficient d’un environnement mêlant écologie et santé qui leur apporte synergie et complémentarité quant aux technologies et modèles utilisés. Elles se diversifient également dans le génotypage et la qPCR à haut débit, et s’orientent vers le développement de technologies émergentes comme le single cell, l’étude des longs fragments d’acides nucléiques et le génotypage par séquençage.

Expertises et services

Plateforme EcogenO de Rennes :

Préparation de librairies et séquençage de masse avec les technologies Illumina et MGI,
Conduite de projets en génomique, métagénomique, transcriptomique et metabarcoding via amplicons (16S, 18S, ITS...),
Multiplexage HiPlex d’ADN,
Séquençage single cell,
Analyse par qPCR à haut débit de l’expression de gènes, détection de gènes d'antibiorésistance (ARG) et génotypage SNP,
Mise à disposition d’équipements encadrée pour les utilisateurs,
Analyse primaire bioinformatique des données de séquençage et de détection d'ARG.

Plateforme GenoA de Nantes :

Conduite de projets allant de l’expérimentation à l’analyse des données en collaboration avec la plateforme BiRD,
Etude du génome : préparation de librairies, séquençage de génomes entiers et analyse primaire (démultiplexage, QC, DRAGEN, alignement et détection de variants),
Génotypage par séquençage : préparation de librairies, séquençage low-pass et démultiplexage,
Etude du transcriptome : préparation de librairies 3’ RNA-Seq profiling ou RNA sequencing (stranded mRNA) et analyse primaire (démultiplexage, QC, alignement, comptage des reads),
Etude du microbiome : préparation de librairies shotgun et démultiplexage,
Séquençage de librairies préparées par les utilisateurs avec la technologie Illumina : génome (exomes, gènes de région ciblés), régulome (ATAC-Seq, ChIP-Seq, HiChIP-Seq, Cut&Run, Cut&Tag, miRNA) et single cell (scRNA-Seq, scATAC-Seq, ssChIP-Seq, ScCNV-Seq, scTCR-Seq, scVDJ-Seq),
Mise à disposition d’équipements avec formation et accès aux ressources.

Plateforme Genomer de Roscoff :

Préparation de librairies et séquençage à haut débit NGS avec les technologies Illumina et Oxfort Nanopore Technologies,
Conduite de projets en génomique : métagénomique, génome entier, transcriptomique et metabarcoding,
Mise à disposition d’équipements encadrée pour les utilisateurs,
Analyse bioinformatique.

Moyens et équipements

Séquençage NGS (high throughput sequencing) : 4 MiSeq, HiSeq 2500 et NovaSeq Illumina, DNBSEQ-G400, MinION Mk1B et Mk1C ONT avec environnement informatique dédié,
Pyroséquençage (fast DNA sequencing) pour la recherche clinique : PSQ96MA,
Robotique : 2 epMotion, Zephyr 384-tip dispenser, STARlet Hamilton, MGISP-960 et Biomek NXp Span-8,
Analyse sur puces et microarrays : Lucidea Spotter,
Quantification d’ADN et ADNc, SNPs et qPCR à haut débit : qPCR 7900HT, 2 LightCycler 480 Roche, SmartChip Cycler et MSND Takara unique in France,
Quantification d’acides nucléiques : Qubit Flex et NanoDrop One Thermo,
Analyse d’ADN et ARN en microfluidique : 3 Bioanalyzer 2100 Agilent, TapStation 2200 et TapeStation 4200 Agilent, Caliper LabChip XT, Fragment Analyzer Agilent et LabChip GX Touch PerkinElmer,
Analyse en single cell : Chromium 10x Genomics et CellenOne Cellenion unique en France,
Sélection de taille : Pippin Prep,
Fragmentation d’ADN : sonicateur ME220 Covaris et Bioruptor Diagenode.

<hr>SmartChip Takara avec dispenser distribuant des échantillons et primers au sein d'une puce de 5 184 puits. © EcogenO, Rennes.

<hr>Séquenceur HiSeq 2500. © Nantes Université.

<hr>Biogenouest Génomique compte 4 MiSeq Illumina. © Genomer, Roscoff.

<hr>GeneTitan, station de génotypage. © Nantes Université.

<hr>Novaseq, séquenceur à très haut débit. © Nantes Université.

<hr>La plateforme de Roscoff s’est équipée du MinION de Nanopore pour le séquençage de longs fragments. © Genomer, Roscoff.

Comment soumettre un projet ?

Biogenouest Génomique rassemble trois plateformes localisées sur trois sites de la région du Grand Ouest. Pour soumettre un dossier, adressez-vous directement à la plateforme qui semble le mieux correspondre à votre projet à Rennes, Nantes ou Roscoff.

Après étude de votre dossier, l’équipe concernée vous recontactera pour discuter de la faisabilité du projet et des services que Biogenouest Génomique peut vous offrir. Selon votre besoin, les trois plateformes peuvent être amenées à travailler ensemble sur le projet.

Exemple d'utilisation

Séquençage d’amplicons en série pour l’étude de microbiotes du sol

Dans le cadre du projet ANR DeepImpact, Biogenouest Génomique a été sollicité pour une aide de proximité visant à séquencer une très grande quantité d’échantillons issus du terrain. Elle a utilisé la technologie AmpliSeq pour réaliser une quarantaine de séquençages d’amplicons, chacun sur plus de 300 échantillons concentrés sur les cibles microbiennes et fongiques d’intérêt du projet.

Une partie des utilisateurs a également été formée à l’utilisation des machines et du protocole complet de préparation de librairies afin de gagner en flexibilité durant les expérimentations grâce à la mise à disposition des équipements de la plateforme. Le soin apporté à ce projet et les échanges horizontaux promus par Biogenouest Génomique ont permis de mener à bien ces expérimentations de longue haleine.

Pour en savoir plus : DeepImpact.

Contact

Biogenouest Génomique
EcogenO, UAR3343 OSUR
Université de Rennes
Campus de Beaulieu
35042 Rennes
Région : Bretagne philippe.vandenkoornhuyse@univ-rennes1.fr
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