ARTbio

La plateforme ARTbio fournit des prestations de service pour l’analyse de données biologiques. Elle mène en parallèle et à part égale des activités de R&D lui permettant de proposer des services de pointe à ses utilisateurs. En retour, les activités de service font ressortir les besoins des biologistes en analyse de données, orientant les programmes de R&D.

L’analyse informatique de données fait partie intégrante du profil de compétences des biologistes, qui ne sont pas pour autant des développeurs de logiciels. ARTbio identifie les outils nécessaires aux chercheurs et les développe s’ils font défaut ou sont insuffisants.

La plateforme propose également des formations à l'analyse de données. Dans ce domaine, elle innove avec des formations en compagnonnage, au cours desquelles les biologistes apprennent en utilisant leurs propres données, ou avec des tutoriels, à suivre en ligne accompagné par un instructeur de la plateforme (interactive online course, IOC). ARTbio est spécialiste du système Galaxy, sur lequel elle s’appuie largement pour mener à bien l’ensemble de ses missions.

Expertises et services

• Expertise en biologie : génétique des tumeurs, biologie des petits ARNs, régulation de la transcription et épigénétique, métagénomique des virus, 
• Expertise en analyse de données biologiques : profilage de transcriptomes et petits ARNs non codants, single cell RNA-Seq, identification de mutations somatiques ou germinales, méthodes statistiques de classification et de régression, 
• Accompagnement de projets : aide à la rédaction de propositions de subventions, conception expérimentale et statistique avant la collecte des données, gestion de projet, analyse et interprétation des résultats, rédaction de rapports et d’articles scientifiques,
• Production de workflows, développement de scripts et d'outils Galaxy,
• Mise à disposition de services en ligne sur les serveurs Galaxy (analyse), RStudio (analyse), Nextcloud (stockage), Omero (images) et cBioPortal (exploration, visualisation et analyse de données génomiques sur le cancer),
• Compagnonnage pour l’analyse de données et l’acquisition d’autonomie dans la pratique de la bioinformatique,
• Organisation de formations sur l’analyse de données génomiques dans Galaxy, l’utilisation d'outils d'analyse comme R ou GitHub, et le FAIR data.

Moyens et équipements

• 3 serveurs d’analyse Galaxy, dont un serveur public,
• Serveur d’analyse RStudio,
• Serveur de stockage Nextcloud PSILO d’une capacité de 1 Po, 
• Serveur de stockage et d’analyse d’images Omero,
• Serveur d’exploration, de visualisation et d’analyse de données génomiques sur le cancer cBioPortal. 

Comment soumettre un projet ?

Vous pouvez contacter ARTbio par téléphone, par mail à l’adresse artbio@listes.upmc.fr, par l’intermédiaire du formulaire de contact disponible sur le site internet de la plateforme, ou en vous rendant directement sur place.

Un rendez-vous sera organisé pour discuter de votre projet et vérifier que la plateforme est en mesure de répondre à votre demande dans les délais qui vous incombent. Dans ce cas, un contrat sera établi pour présenter le cahier des charges et le plan d’analyse envisagé. Dans le cas contraire, vous serez orientés vers une autre plateforme à même de prendre en charge votre projet. 

Exemple d'utilisation

Compagnonnage pour l’analyse de données de single cell RNA-Seq  

La plateforme ARTbio a été contactée dans le cadre d’un projet visant à caractériser les populations cellulaires et le développement du membre antérieur de l’embryon de poulet. Un contrat de compagnonnage a été rédigé conjointement avec l’équipe de recherche du projet afin de décrire les séances de travail et le coût horaire du service.

Le compagnonnage est une approche de formation en « learning by doing ». Le compagnon s'implique dans l'analyse de ses propres données sous la direction d'un expert qui lui apprend les méthodes et les bonnes pratiques. Il réalise les analyses dont il a besoin, en acquérant une réelle autonomie dans la pratique de la bioinformatique.

Un expert de la plateforme en analyse single cell a ainsi accompagné un chercheur au cours de 19 séances de 3h, avec l’objectif de mettre au point des scripts R pour explorer et analyser des données de RNA-Seq. A l’issue de chaque séance, des exercices ont été proposés en vue de préparer la session suivante. Le suivi du projet a été fait sur Trello, permettant le partage de descriptifs de séances détaillés et de supports pédagogiques. Un espace de travail Slack a également été ouvert pour échanger avec ARTbio et d'autres compagnons.

Pour en savoir plus : Esteves de Lima J. et al. (2021). Unexpected contribution of fibroblasts to muscle lineage as a mechanism for limb muscle patterning. Nature Communications, 12:3851.

Contact

ARTbio
Sorbonne Université
Institut de Biologie Paris-Seine (IBPS)
Bâtiment B, 7e étage, porte 725
9 quai Saint-Bernard
75005 Paris
Région : Île-de-France+33 (0)1 44 27 70 05
artbio@listes.upmc.fr
Site de la plateforme

THÉMATIQUES : Bioinformatique, bases de données, Génomique, transcriptomique

RESPONSABLES SCIENTIFIQUES :
Christophe Antoniewski

RESPONSABLES TECHNIQUES :
Naïra Naouar

TUTELLES : CNRS, Sorbonne Université

INFRASTRUCTURES NATIONALES : France Génomique, IFB

LABELLISATION IBiSA : 2021

MOTS CLÉS : Analyses statistiques, Bioinformatique, Compagnonnage, Développement logiciel, Formation, Galaxy, Génomique des cancers, Intégration continue, Métagénomique des virus, Petits ARNs, Profilage des transcriptomes, RNA-Seq, RStudio, Single cell,

Fiche mise à jour en 2023

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