ANISEED

Une base de connaissances au niveau communautaire pour soutenir la recherche interdisciplinaire sur les organismes marins.

Site de la plateforme

ANISEED

Une base de connaissances au niveau communautaire pour soutenir la recherche interdisciplinaire sur les organismes marins.

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ANISEED

La plateforme ANISEED offre un ensemble de solutions de stockage et de gestion pour différents types de données, notamment génétiques et d’imagerie. Ces grands ensembles de données sont accessibles grâce à des interfaces dédiées aux biologistes et aux data scientists.

ANISEED est une base de données d’organismes modèles, comme FlyBase, WormBase et MGI. Elle a été créée il y a 20 ans pour satisfaire le besoin d'une communauté mondiale d'environ 70 laboratoires et 500 scientifiques travaillant sur les tuniciers, des petits invertébrés marins occupant une position phylogénétique clé du fait de leur appartenance au groupe frère des vertébrés. La base de données s’ouvre aujourd’hui à d’autres espèces.

La plateforme a par ailleurs développé MorphoNet, un ensemble d’outils dédiés à l’analyse de l'évolution des formes de la biologie. Il comprend une base de données FAIR d’imageries 3D et 3D+t, ainsi qu’un logiciel permettant de visualiser, de relier et de réaliser la curation de ces données. Tous les outils proposés par la plateforme s'interfacent entre eux de manière à projeter les données génétiques sur les données des formes à l’échelle cellulaire.

Expertises et services

Mise à disposition d’un site web, d’un navigateur génomique et d’un navigateur morphodynamique (MorphoNet) pour la fouille de données publiques précalculées et structurées de génétique et d'anatomie provenant de 15 espèces de tuniciers,
Mise à disposition en téléchargement de données préformatées : localisation des gènes, annotation fonctionnelle, relations d'orthologies, ontologies anatomiques, profils d'expression, épigénétique, outils moléculaires, données d’imageries 3D et 3D+t, de lignage cellulaire et de cartes des territoires,
Extraction et mise en forme de données issues de la base,
Mise en place de navigateurs génomiques privés pour l'hébergement de projets de séquençage de génomes ayant vocation à devenir publics,
Annotation fonctionnelle de modèles de gènes (Interpro, GO, phylogénie),
Hébergement et mise à disposition de données publiquement accessibles et pérennes pouvant être cités dans des publications,
Hébergement et mise en ligne publique et pérenne de données de génomique, d’anatomie et d’imagerie en vue de la publication d'études,
Biocuration d'articles de recherche en collaboration avec l’entreprise Bioself Communication permettant la saisie de données à petite échelle à haute valeur ajoutée,
Accompagnement de curations de données d’imagerie 3D et 3D+t à l’échelle cellulaire avec un ensemble d’outils (Cellpose, StraDist...) préinstallés au sein d'une même application,
Développement d'ontologies anatomiques ou fonctionnelles (GO slim) dédiées à certains organismes,
Formation à l’utilisation des différents outils de la plateforme,
Mise au point de solutions de réalité virtuelle pour interagir avec la morphogénèse 3D+t.

Moyens et équipements

Site web,
Navigateur génomique,
Navigateur de synténie,
Navigateur morphologique,
Environnement de réalité virtuelle.

<hr>Tunicier de l’espèce Ciona intestinalis.

<hr>Tunicier de l’espèce Phallusia mammillata.

<hr>Etude de stress sur le développement des ascidies.

<hr>Présentation d’outils de réalité virtuelle en congrès.

<hr>Biocuration réalisée par Bioself Communication.

<hr>Développement d’un embryon d’ascidie sur le navigateur MorphoNet.

<hr>Développement d’un embryon de C.elegans sur MorphoNet.

<hr>Exemple de visuel présenté dans les casques de réalité virtuelle.

<hr>Session de tests de réalité virtuelle.

<hr>Représentation d’un arbre phylogénique pour un gène sélectionné dans la base de données ANISEED.

<hr>Présentation en congrès d’un sujet de recherche utilisant la plateforme.

Comment soumettre un projet ?

Pour discuter d’un projet, étudier sa faisabilité et le mettre en forme, vous pouvez envoyer un mail à l’équipe de la plateforme ANISEED ou à l'équipe en charge de l’ensemble d’outils de morphologie MorphoNet.

Exemple d'utilisation

Développement d'un portail web sur le connectome de Ciona

Le projet international CionaConnect vise à comprendre le lien entre les circuits neuronaux et le comportement dans le syndrome de sensibilité cérébrale (SNC) simple, qui implique autour de 180 neurones, chez la larve de Ciona, un genre d’ascidie. Dans le cadre de ce projet, la plateforme ANISEED a mis à disposition une base de données d'expression génique qui s'est révélée précieuse pour la conception de sondes neuronales et l’identification de neuropeptides spécifiques. Elle a également développé, avec l'équipe MorphoNet, un portail web pour les données connectomiques du projet, dans le but de relier la connectivité synaptique, la morphologie des neurones et l'expression des gènes. Financé par l’ANR et la NIH, ce projet a fait l’objet de collaborations avec des équipes de recherche américaines et japonaises. Une publication est en cours de préparation.

Pour en savoir plus : Kourakis M. J. et al. (2019). Parallel visual circuitry in a basal chordate. eLife, 8:e44753.