Analyse de l’expression génique (AEG)

Expertise et conseil en génomique, transcriptomique et épigénétique, avec une spécialisation en séquençage à haut débit, génotypage HRM et analyse d’expression génique.

Site de la plateforme

Analyse de l’expression génique (AEG)

Expertise et conseil en génomique, transcriptomique et épigénétique, avec une spécialisation en séquençage à haut débit, génotypage HRM et analyse d’expression génique.

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Analyse de l’expression génique (AEG)

Hébergée par l'Institut de biologie moléculaire des plantes (IBMP) à Strasbourg, la plateforme AEG est spécialisée dans le séquençage NGS à lecture longues Oxford Nanopore. De ce point de vue, elle constitue stratégiquement un des deux pôles d'expertise du consortium génomique Grand-Est.

Les objectifs de la plateforme sont de mettre à disposition des équipes de recherche publiques et privées des outils et des compétences pour mener à bien leurs projets en génomique, transcriptomique et épigénétique. Elle dispose d'instruments de pointe pour le séquençage NGS (Oxford Nanopore et Illumina), le génotypage CRISPR-Cas9 à haut débit (HRM) et l'analyse de l'expression génique (qPCR et ddPCR).

La plateforme AEG est définie selon une charte. Elle propose des prestations de services pour la prise en charge d’analyses selon une grille tarifaire, et des collaborations de recherche pour la mise en place de projets avec développement de méthodes spécifiques.

Expertises et services

Séquençage NGS :

Séquençage lectures longues Oxford Nanopore : préparation à façon et validation de librairies d’ADN et d’ARN, séquençage de génomes, d’amplicons et de transcrits complets, édition génomique et épigénétique,
Séquençage lectures courtes Illumina : préparation à façon et validation de librairies, métagénomique 16S rRNA, séquençage d’amplicons, de génomes et de petits ARNs,
Séquençage de plasmides complets : préparation de librairies, séquençage à haut débit et assemblage de novo.

Génotypage à haut débit par HRM :

Criblage de mutants CRISPR-Cas9,
Génotypage de SNP,
Détection de mutations indels,
Détection et quantification des méthylations sur l’ADN.

PCR digitale et analyse d’expression génique par qPCR :

Dessin et validation d’amorces et sondes,
Quantification absolue et analyse différentielle de l’expression des gènes,
Détection et quantification de transcrits alternatifs et d’ARNs rares ou peu abondants,
Analyse des variations du nombre de copies (CNV),
Détection de pathogènes (charges virales et microbiome),
Validation de résultats de RNA-Seq.

Moyens et équipements

Séquençage Oxford Nanopore : PromethION P2 et 2 MinION avec adaptateur Flongle,
Séquençage NGS Illumina : MiSeq,
PCR digitale : Naica System (Stilla Technologies),
Analyse d’expression génique par qPCR et génotypage HRM : LC480 (Roche) 384 puits,
Contrôle qualité des échantillons et librairies de séquençage : Bioanalyzer 2100 (Agilent), Qubit et NanoDrop (Thermo Fisher Scientific).

<hr>Instrument de ddPCR Naica avec puces Saphyr.

<hr>Séquenceur à haut débit Oxford Nanopore pour lectures longues.

<hr>Flow cell MiSeq Illumina et visualisation d’alignements de séquences.

<hr>Assemblage de novo et circularisé d’un séquençage complet de clone.

<hr>Résultats du génotypage de mutants CRISPR-Cas9.

Comment soumettre un projet ?

Pour soumettre un projet à la plateforme AEG, vous pouvez envoyer un mail à l’adresse ibmp-aeg@unistra.fr. Vous serez recontactés sous 7 jours afin de définir la meilleure stratégie à adopter et l’approche technologique à envisager. Un devis sera ensuite établi. Le délai de réalisation des expériences vous sera communiqué après validation des échantillons. Dans certains cas, un échange avec un bioinformaticien pourra être proposé avant le lancement du projet.

Exemple d'utilisation

Syndrome de Phelan-McDermid : caractérisation des mutations du gène SHANK3

Le syndrome de Phelan-McDermid est une forme d’autisme rare associée à des modifications génétiques du chromosome 22. Les altérations décrites sont multiples : mutations ponctuelles, délétions ou encore translocations. La plateforme AEG a réalisé le séquençage ciblé (adaptive sampling) du chromosome 22 à partir d’ADN génomique humain total et de haut poids moléculaire (HMW-gDNA). Elle a pour cela utilisé le séquenceur à haut débit PromethION d’Oxford Nanopore qui permet de générer de longues séquences et ainsi, de mieux mettre en évidence les différentes variations des séquences.