3D-ONCO

Production, caractérisation et utilisation de modèles 3D humains, organoïdes, tumoroïdes et modèles complexes, à des fins de recherche fondamentale et translationnelle.

Site de la plateforme

3D-ONCO

Production, caractérisation et utilisation de modèles 3D humains, organoïdes, tumoroïdes et modèles complexes, à des fins de recherche fondamentale et translationnelle.

Site de la plateforme

3D-ONCO

3D-ONCO est une plateforme du Centre de recherche en cancérologie de Lyon (CRCL). Son objectif principal est de mettre à disposition de la communauté scientifique académique et industrielle une expertise centrée sur les modèles 3D humains, organoïdes, tumoroïdes et modèles 3D complexes. La plateforme produit, caractérise et développe des modèles 3D prêts à l'emploi à partir de tissus sains ou pathologiques provenant d'hôpitaux locaux, avec lesquels un partenariat fort et contractualisé a été mis en place. Elle a également pour mission leur conservation et leur utilisation, par exemple dans le cadre d’études phénotypiques, de l’analyse de l’expression de biomarqueurs ou de l’évaluation de la réponse à des traitements. 3D-ONCO dispose actuellement d’une biobanque de modèles caractérisés dérivés de patients ou d’iPSC, ainsi que d’un modèle 3D complexe et standardisé mimant la niche médullaire.

La plateforme accompagne les chercheurs et cliniciens dans tous leurs projets 3D. Elle adapte les protocoles à leurs besoins et propose des formations personnalisées, dispensées en interne ou par l’intermédiare de CNRS Formation Entreprises. Sa stratégie R&D est alimentée par une veille technologique, ainsi que par les recommandations de son comité scientifique. La plateforme travaille aujourd’hui sur l’automatisation et la miniaturisation de protocoles afin de répondre aux besoins des industriels.

Expertises et services

Aide à l’élaboration et à la mise en place de protocoles cliniques, de circuits de prélèvement et de protocoles expérimentaux pour la génération de modèles 3D humains, organoïdes, tumoroïdes et modèles complexes,
Production, conservation et mise à disposition de modèles 3D et de produits dérivés en association avec les CRB partenaires,
Enrichissement et mise à disposition d’une biobanque interne de modèles caractérisés comprenant des modèles gynécologiques, cérébraux, digestifs et autres,
Caractérisation histologique et moléculaire de modèles 3D en collaboration avec les autres plateformes du CRCL,
Évaluation de la réponse au traitement, réalisation de tests phénotypiques et de viabilité,
Manipulation de modèles 3D, électroporation et génération d’assembloïdes,
Formation à la culture 3D, conseil et accompagnement.

Moyens et équipements

BIO X 3D Bioprinter (CELLINK),
GentleMACS Octo Dissociator (Miltenyi Biotec),
Cell counter LUNA-FL (Logos Biosystems),
Postes de sécurité microbiologique de classe II,
Incubateurs à CO₂ et incubateur trigaz pour les cultures en hypoxie,
Microscope à platine inversé avec caméra (Zeiss),
Espaces de stockage sous azote et congélateur à -80°C,
Imageur, électroporateur et station de travail en hypoxie en cours d’acquisition,
Accès aux équipements partagés du CRCL : Opera Phenix Plus (Perkin), Incucyte S3 (Sartorius), Freedom EVO 15 (Tecan), dispenseur HP D300 (Tecan) et lecteur de microplaques mutlimode (Tecan).

<hr>Tumoroïdes de poumon dérivés d’une tumeur de patient cultivés en dômes de matrice.

<hr>Initiation d’une cuture en dômes de tumoroïdes d’ovaire.

<hr>Marquage immunohistochimique de KI67 sur des tumoroïdes d’endomètre.

<hr>Tumoroïde de glioblastome cultivé en micro-puits d’agarose.

<hr>Caractérisation d’un tumoroïde de glioblastome par immunohistochimie (H&E, SOX2, GFAP).

<hr>Caractérisation d’un tumoroïde de glioblastome par immunofluorescence (Hoechst, SOX2, GFAP).

<hr>Quelques membres de la plateforme 3D-ONCO.

<hr>Étape stansardisée de digestion de tissus sur GentleMACS Octo Dissociator (Miltenyi Biotec).

<hr>Analyse de la viabilité en réponse au traitement de tumoroïdes de glioblatomes par imagerie de fluorescence et quantification de l’ATP.

<hr>Observation de cultures de tumoroïdes.

<hr>Culture in vitro d’une lignée de neurosphères de glioblastome.

<hr>Valorisation de la plateforme et de ses équipements lors d’une exposition sur les grilles du CRCL.

Comment soumettre un projet ?

Pour soumettre un projet à 3D-ONCO, vous pouvez envoyer un mail à l'adrese 3Donco@lyon.unicancer.fr Vous rencontrerez ensuite la directrice scientifique et la directrice opérationnelle de la plateforme afin de discuter plus en détail de votre projet. Vous serez alors orientés vers la prestation ou la collaboration la plus appropriée. Une autre réunion sera planifiée pour échanger sur le domaine d’application, la faisabilité et le dimensionnement financier du projet. Des précisions seront également apportées concernant les conditions de réalisation, l’étude de faisabilité, les étapes de mise au point technique, les protocoles, la programmation des manipulations et le délai prévu pour le rendu des résultats.

Si les modèles 3D sont disponibles dans la bio-banque de la plateforme et que les tests demandés sont accessibles en routine, l’acceptation du projet peut être rapide. Dans le cas contraire, les délais varient en fonction des demandes. L’équipe de 3D-ONCO est également à votre disposition pour toute demande d’informations hors projet.

Exemple d'utilisation

Création d’une collection de tumoroïdes cérébraux dérivés de patients

En raison d’une forte demande de la part de chercheurs et cliniciens du Centre de recherche en cancérologie de Lyon (CRCL) et en externe, la plateforme 3D-ONCO a été sollicitée pour mettre en place une collection de tumoroïdes issus de différents cancers cérébraux. En partenariat avec une équipe de recherche, le CRB et le service d’anatomopathologie du groupement hospitalier Est des Hospices civiles de Lyon (HCL), la plateforme a coordonné la mise en place du circuit de prélèvement, la mise au point des protocoles de génération des lignées de tumoroïdes, ainsi que le panel de caractérisation des modèles produits.

Grâce à cela, plus d’une trentaine de modèles issus de plusieurs types de tumeurs, glioblastomes, astrocytomes, oligodendrogliomes et méningiomes, ont été générés, caractérisés et validés par des pathologistes. Ils sont actuellement utilisés dans le cadre de différentes études de recherche. Ces modèles complexes et précieux nécessitent des traitements particuliers. Le circuit établi permet à présent le recrutement de patients en continu.

Pour en savoir plus : Paraqindes H. et al. (2023). Isocitrate dehydrogenase wt and IDHmut adult-type diffuse gliomas display distinct alterations in ribosome biogenesis and 2’O-methylation of ribosomal RNA. Neuro-Oncology, 25(12):2191-2206.