UBO Culture collection (UBOCC)

Préservation et distribution de moisissures, levures, bactéries et archées issues de biotopes variés : agriculture, matrices alimentaires, milieux marins…

Site du CRB

UBO Culture collection (UBOCC)

Préservation et distribution de moisissures, levures, bactéries et archées issues de biotopes variés : agriculture, matrices alimentaires, milieux marins…

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UBO Culture collection (UBOCC)

L’UBOCC héberge plus de 4 500 microorganismes répartis dans deux collections thématiques : la collection AgroEnv et la collection Marine.

La collection AgroEnv est avant tout une collection fongique avec 87% de moisissures et 13% de levures. La majorité des souches proviennent de matrices alimentaires incluant des souches d’altération et technologiques. Cette collection comprend une grande diversité de substrats d’origine, d’espèces et de représentants par espèce. Elle est hébergée au sein de l’École supérieure d'ingénieurs en agroalimentaire de Bretagne atlantique (ESIAB), en interaction directe avec le Laboratoire universitaire de biodiversité et écologie microbienne (LUBEM, UR3882-USC154) qui apporte à l’UBOCC son expertise mais également un soutien humain et technique.

La collection Marine conserve quant à elle plus de 1 300 souches d’archées et de bactéries marines issues de milieux marins extrêmes et prélevées lors de vastes campagnes de collectes océanographiques internationales. Ces ressources sont uniques compte tenu de leurs lieux de collecte, des moyens mis en œuvre pour les obtenir et des conditions environnementales nécessaires à leur développement. La collection est hébergée au sein du laboratoire Biologie et écologie des écosystèmes marins profonds (BEEP, UMR 6197) et bénéficie de son expertise comme de son soutien humain et technique.

Les ressources conservées au sein de l’UBOCC ont été collectées sur une période de 40 ans dans le monde entier, en lien avec les différents travaux de recherche des laboratoires d'appui. Elles présentent un fort potentiel biotechnologique qui reste à explorer.

Expertises et services

Préservation de champignons filamenteux, levures, archées et bactéries,
Caractérisation et séquençage de souches,
Mise à disposition des collections à des fins de recherche fondamentale et appliquée ou pour l’enseignement.

Composition des collections

Collection AgroEnv :

3 200 souches dont 75% de moisissures, 14% de levures et 11% de bactéries provenant de l’agroalimentaire,
250 genres fongiques, dont plus de la moitié représentés par plus d'une souche,
65% des souches fongiques séquencées au moins au niveau d’un gène d’intérêt taxonomique.

Collection Marine :

1 300 souches dont 50% d’archées et 50% de bactéries,
85% des ressources provenant de campagnes océanographiques d'envergure internationale mettant en œuvre d’importants moyens humains et techniques,
60% de la collection séquencée au moins au niveau d’un gène d’intérêt taxonomique,
40% de la collection sous forme d’isolats (non séquencés) d’intérêt fort pour la recherche.

<hr>Colletotrichum sp. sur pomme. © P. Nodet.

<hr>Penicillium roqueforti. © PIMM, J. Mounier.

<hr>Penicillium vulpinum. © J.-Y. Guillaume Brest.

Comment accéder au CRB ?

Le catalogue des ressources disponibles est accessible sur le site internet du CRB UBOCC. Toutes les souches diffusent sous couvert d’un accord de transfert de matériel biologique (MTA) qui spécifie les conditions générales d’utilisation ainsi que les données passeport des ressources. Les demandes de souches doivent être adressées par mail à l’adresse ubocc@univ-brest.fr. Après réception du MTA, les souches sont revivifiées puis contrôlées avant d’être préparées pour l’envoi. Le délai d’expédition des souches dépend du délai de développement optimal.

Exemple d'utilisation

Un CRB pour deux collections dédiées aux microorganismes marins et terrestres

L’UBOCC préserve des ressources biologiques issues d’environnements terrestres et marins. La collection Marine est impliquée dans plusieurs projets de recherche menés par le laboratoire Biologie et écologie des écosystèmes marins profonds (BEEP). Le projet Thermocomp a par exemple consisté à identifier les évènements de recombinaison génomique menant à la formation ou résultant de la formation de populations distinctes au sein d’une même espèce. Cette étude de génomique comparative a mobilisé les ressources de l’UBOCC pour la caractérisation taxonomique de 310 souches d’archaebactéries et le séquençage du génome de 48 souches d’intérêt.

La collection AgroEnv est quant à elle impliquée dans de nombreux projets du Laboratoire universitaire de biodiversité et écologie microbienne (LUBEM). L'un de ces projets avait notamment pour objectif de construire une base de données MALDI-TOF robuste comprenant 6 500 spectres issus de 136 espèces de moisissures représentées par 618 souches de l’UBOCC.

Les collections Marine et AgroEnv du CRB sont parfois sollicitées sur des projets communs, comme MaCuMBA, qui a consisté à mettre en place des outils innovants pour cultiver et ainsi augmenter le nombre d’isolats fongiques, d’isolats bactériens et d’archées d’origine marine dans les collections de culture internationale.

Pour en savoir plus : Burgaud G. et al. (2015). Effects of hydrostatic pressure on yeasts isolated from deep-sea hydrothermal vents. Research in Microbiology, 166(9):700-709.