CRB de l’Institut Pasteur (CRBIP)
Biobanque transversale et multidisciplinaire comprenant des collections d’échantillons microbiens et d’origine humaine de l’Institut Pasteur.
CRB de l’Institut Pasteur (CRBIP)
Biobanque transversale et multidisciplinaire comprenant des collections d’échantillons microbiens et d’origine humaine de l’Institut Pasteur.
CRB de l’Institut Pasteur (CRBIP)
Le CRBIP a pour mission de préserver et de rendre accessibles aux chercheurs académiques et industriels des matériaux microbiologiques et des échantillons d’origine humaine avec les données associées, en vue d’opérations de recherche, de contrôle qualité ou d’enseignement.
Le CRBIP réunit différentes collections de l’Institut Pasteur, dont l’une des plus anciennes et des plus importantes collections microbiennes au monde. Cette structure transversale satisfait les exigences organisationnelles et techniques des dernières normes de qualité professionnelles liées aux biobanques. Les ressources biologiques du CRBIP sont réceptionnées, caractérisées, conservées, entretenues et distribuées dans le respect strict des lois et règlements applicables.
Le CRBIP élargit son périmètre thématique avec l’intégration de nouvelles collections microbiennes (champignons, virus, bactériophages) et d’échantillons d’origine humaine. D’un point de vue opérationnel, il développe de nouveaux services et outils pour la visualisation des ressources biologiques. Deux axes scientifiques soutiennent les activités du CRBIP : la recherche taxonomique appliquée et la recherche préanalytique.
Expertises et services
- Réception de dépôts de souches microbiennes,
- Lyophilisation d’échantillons et production de biomasse,
- Réception et préparation de fluides d’origine humaine,
- Caractérisation génotypique, phénotypique et fonctionnelle des matériaux biologiques,
- Conservation et distribution de bioressources microbiennes et d’origine humaine,
- Développement et mise à point de méthodes optimisées pour le traitement et la préservation de matériaux biologiques,
- Identification microbienne, séquençage et analyse génomique,
- Formation et conseil pour la conception de plans de collections d’échantillons humains et leur gestion dans le cadre d’essais cliniques et de recherches biomédicales.
Composition des collections
Collection de bactéries (CIP) :
- 13 000 souches d’origine diverse (humaine, animale, environnementale) de qualité contrôlée et avec les données associées (origine, date d’isolement, séquence génomique, spectres MALDI-TOF/MS, caractéristiques phénotypiques), représentant plus de 5 500 espèces,
- Exemples : souches de référence WDCM, panels EUCAST et EUCAST anaérobies, panel de souches pour l’enseignement, souches productrices de colicines, collection de référence d’Escherichia coli (ECOR) et panel de biodiversité « Klebsiella pneumoniae species complex ».
Collection de cyanobactéries (PCC) :
- 800 souches pures représentant la diversité du phylum.
Collection de microorganismes liés aux procédures brevet (CNCM) :
- 5 500 microorganismes et lignées cellulaires associés aux procédures soumises à la propriété intellectuelle et au dépôt de brevets,
- Ressources biologiques hébergées dans la seule autorité de dépôt internationale (ADI) sous le Traité de Budapest existant en France.
Collections d’échantillons d’origine humaine (ICAReB-Biobank) :
- 150 000 échantillons d’origine humaine accompagnés de données démographiques (sexe, âge), cliniques (pathologie), préanalytiques et biologiques (mesures de base),
- Exemples : échantillons de donneurs sains, de patients atteints de Covid-19, de porteurs d’hidrosadénite suppurée ou de la maladie de Verneuil et échantillons de la collection de l’OMS sur la trypanosomiase humaine africaine (THA).
Comment accéder au CRB ?
Pour accéder aux différentes collections, rendez-vous sur le site web du CRBIP. Les ressources microbiennes disponibles y sont affichées dans un catalogue en ligne.
Pour commander une souche bactérienne de la collection CIP, vous pouvez envoyer par mail le numéro de référence CIP, la dénomination des souches souhaitées ainsi que vos coordonnées à l’adresse cip@pasteur.fr. Pour commander une souche cyanobactérienne de la collection PCC, vous pouvez envoyer un mail à l’adresse collectionpcc@pasteur.fr en précisant les souches demandées.
Pour accéder aux matériels biologiques de la collection CNCM, il est nécessaire d’obtenir une autorisation de la part du déposant, ou une certification délivrée par un office de propriété intellectuelle compétent. Pour plus d’informations sur la procédure et les dépôts, vous pouvez contacter cncm@pasteur.fr.
Les demandes d’accès aux échantillons d’origine humaine d’ICAReB-Biobank provenant de collections ouvertes à la communauté scientifique passent par le remplissage d’un formulaire dédié, qui doit être retourné par mail à l’adresse demande-rhb@pasteur.fr.
Exemple d'utilisation
Dynamique évolutive et caractéristiques génomiques de la souche épidémique Elizabethkingia anophelis 2015-2016 Wisconsin
Différentes espèces de la bactérie Elizabethkingia, isolées entre 1957 et 2004 et conservées dans la collection CIP du CRBIP, ont été utilisées par une équipe de recherche comme référence pour des études génomiques comparatives avec des isolats d’une souche épidémique plus récente, E. anophelis 2015-2016 Wisconsin.
Cette étude a permis d’identifier des changements génomiques au sein de cette souche, liés à son évolution, son adaptation et sa pathogénicité. Cette découverte a montré comment la dynamique évolutive des pathogènes peut contribuer à l’épidémiologie des maladies infectieuses.
Pour en savoir plus : Perrin A. et al. (2017). Evolutionary dynamics and genomic features of the Elizabethkingia anophelis 2015 to 2016 Wisconsin outbreak strain. Nature Communications, 8:15483.
Contact
CRBIP
25-28 rue du Docteur Roux
75015 Paris
Région : Île-de-France
+33 (0)1 44 38 91 95
crbip@pasteur.fr
Site du CRB
THÉMATIQUES : Microorganismes, Santé
COLLECTIONS : Bactéries (CIP), cyanobactéries (PCC), microorganismes liés aux procédures brevet (CNCM) et échantillons d’origine humaine (ICAReB-Biobank)
COORDINATEURS : Fay Betsou
RESPONSABLES COLLECTIONS : Dominique Clermont (CIP), Muriel Gugger (PCC), Raquel Hurtado Ortiz (CNCM), Emmanuel Roux (ICAReB-Biobank)
RESPONSABLES QUALITÉ : Mery Pina
CERTIFICATIONS :
TUTELLES : INPI, Institut Pasteur
LABELLISATION IBiSA : 2010
MOTS CLÉS : Bactéries, Anaérobies, Cyanobactéries, Champignons, Levures, Virus, Donneurs sains, Génome, Séquençage, Préservation, Cryoconservation, Enseignement, Référence, MLST, AMR, Contrôle qualité, Maladies humaines
Fiche mise à jour en 2022
