Collection française des bactéries associées aux plantes (CIRM-CFBP)

Ressources bactériennes stratégiques pour la protection des plantes.

Site du CRB

Collection française des bactéries associées aux plantes (CIRM-CFBP)

Ressources bactériennes stratégiques pour la protection des plantes.

Site du CRB

Collection française des bactéries associées aux plantes (CIRM-CFBP)

Créé en 1973, le CIRM-CFBP est adossé à une équipe de recherche spécialisée en pathologie végétale. La collection héberge plus de 7 000 accessions représentant la diversité connue des pathogènes végétaux. Outre la préservation de ressources bactériennes stratégiques pour la protection des plantes et la génération des données associées, le CRB met ses ressources à la disposition de la communauté scientifique internationale à des fins de recherche, de développement et d’enseignement, dans le respect des règlementations.

Le CIRM-CFBP a entrepris des projets de caractérisation de ses ressources pour répondre aux besoins de ses utilisateurs, aux questions portant sur l’identité des ressources (typage génétique) et leurs caractéristiques phénotypiques. Depuis 2018, l’acquisition d’un appareil Omnilog permet d’utiliser à haut débit la technique Biolog et de caractériser le métabolisme des ressources. Le CRB développe par ailleurs la conservation des communautés associées aux plantes.

Expertises et services

Mise en collection publique de souches bactériennes,
Fourniture de souches bactériennes en ampoule de lyophilisation et en culture fraîche de souches bactériennes inactivées et d’ADN extrait à la demande,
Préservation sécurisée et lyophilisation de ressources microbiennes,
Développement de collaborations sur des projets de caractérisation génétique ou de phénotypage métabolique de ressources microbiennes.

Composition des collections

Bactéries stratégiques pour la protection des plantes :

7 281 accessions, dont une partie génétiquement transformées,
73 genres bactériens représentés : Pseudomonas (2 500 accessions), Xanthomonas (1 800 accessions), Enterobacterales (1 160 accessions, 16 genres), Ralstonia (420 accessions), Rhizobiales (470 accessions, 13 genres), Clavibacter (240 accessions), Xylophilus (100 accessions), Curtobacterium (90 accessions), Xylella (44 accessions)...

<hr>Symptômes de tâches noires due à Acidovorax valerianellae sur de la mâche. © INRAE, P. Portier.

<hr>Ampoules de lyophilisation contenant des souches bactériennes. © INRAE, P. Portier.

<hr>Scellage d’ampoules contenant des bactéries lyophilisées. © INRAE, P. Portier.

<hr>Souches bactériennes conservées en glycérol à -80°C. © INRAE, N. Mansion.

<hr>Culture microbienne apparue après application d’une feuille de vigne sur une boite de milieu nutritif. © INRAE, P. Portier.

<hr>Agrobaterium tumefaciens sur milieu additionné de tellurite. © INRAE, P. Portier.

<hr>Souche de Clavibacter michiganensis sur boite de Petri. © INRAE, P. Portier.

<hr>Souche de Ralstonia solanacearum sur boite de Petri. © INRAE, P. Portier.

<hr>Souche de Xanthomonas arboricola sur boite de Petri. © INRAE, P. Portier.

<hr>Souche de Pseudomonas syringae sur boite de Petri. © INRAE, P. Portier.

<hr>Souche de Pectobacterium atrosepticum sur boite de Petri. © INRAE, C. Dutrieux, A. Lathus.

Comment accéder au CRB ?

Le CIRM-CFBP est inscrit au registre européen des collections se conformant aux règles d’accès et de partage des avantages. Le catalogue des souches disponibles et les informations pratiques vous permettant de passer commande sont mises à votre disposition sur le site internet du CIRM-CFBP. Vous pouvez également contacter le CRB par mail à l’adresse cfbp@inrae.fr.

Exemple d'utilisation

L’analyse d’anciennes collections change notre regard sur les épidémies

Les bactéries du genre Pectobacterium sont connues pour provoquer des pourritures sur diverses plantes, notamment les carottes, endives et pommes de terre, générant d’importantes pertes agronomiques. Le CIRM-CFBP a séquencé deux gènes de ménage pour les 300 souches de ce genre préservées au sein du CRB, isolées sur une période de 75 ans et provenant de plusieurs continents, d’hôtes végétaux divers et même de l’environnement.

Ce travail réalisé en collaboration avec l’Institut d’écologie et des sciences de l’environnement (iEES) de Paris a permis de décrire deux nouvelles espèces et de proposer une révision de la taxonomie de Pectobacterium. Ces résultats apportent également un nouvel éclairage sur l’épidémiologie de ce genre, montrant l’intérêt de déposer régulièrement des ressources dans les CRB et de réanalyser les anciennes collections.

Pour en savoir plus : Portier P. et al. 2020. Updated taxonomy of Pectobacterium genus in the CIRM-CFBP bacterial collection: when newly described species reveal “old” endemic population. Microorganisms, 8(9):1441.