Champignons filamenteux (CIRM-CF)

Des champignons filamenteux pour les biotechnologies, l’agroalimentaire et la santé.

Site du CRB

Champignons filamenteux (CIRM-CF)

Des champignons filamenteux pour les biotechnologies, l’agroalimentaire et la santé.

Site du CRB

Champignons filamenteux (CIRM-CF)

Depuis sa création en 2005, le CIRM-CF est dédié à la préservation des champignons filamenteux, macro et micromycètes de l’environnement présentant un intérêt agroindustriel. Le CRB est adossé au laboratoire Biodiversité et biotechnologie fongiques (BBF) et collabore avec des experts mycologues du monde universitaire et associatif.

Le CIRM-CF maintient une collection qui s’enrichit et se diversifie régulièrement grâce à des collectes, des dépôts de souches ou des rapatriements de collections. Elle comprend aujourd’hui plus de 3 000 souches de basidiomycètes et d’ascomycètes dont l'identification associe taxonomie classique, outils moléculaires et caractérisation enzymatique. Les matériels biologiques ainsi préservés, avec des standards élevés de qualité, ont vocation à être diffusés auprès de la communauté scientifique académique et industrielle pour des projets de recherche, d’enseignement ou de valorisation dans des domaines aussi divers que les biotechnologies vertes et blanches, l'agroalimentaire, ou le développement de molécules bioactives.

Expertises et services

Diffusion de souches de champignons filamenteux,
Collecte de champignons dans l’environnement et isolement de souches,
Analyse moléculaire : génotypage, identification et recherche de champignons dans différentes matrices (bois d’œuvre, sol et substrats synthétiques divers),
Génération de lignées monocaryotiques,
Mise en collection de souches (dépôt ouvert ou fermé),
Criblage fonctionnel, en particulier d'activités enzymatiques : production de cultures à moyen débit, développement de méthodes de criblage à haut débit sur substrats lignocellulosiques et autres, mobilisant une plateforme automatisée, un système UHPLC-MS et des enceintes climatiques à température, hygrométrie et lumière contrôlées.

Composition des collections

Champignons filamenteux :

Plus de 1 000 souches de champignons basidiomycètes dégradeurs de bois, appartenant à l’ordre des polyporales (Trametes, Pycnoporus, Ganoderma, Fomitopsis, Phlebia, Phanerochaete…),
Environ 250 souches monocaryotiques de champignons polyporales,
28 souches dont le génome a été séquencé par le Joint Genome Institute (portail Mycocosm) pour l’annotation des gènes impliqués dans la dégradation de la lignocellulose,
Plus de 500 souches de champignons ascomycètes lignocellulolytiques hypocréales, xylariales et sordariales,
Environ 20% de souches provenant de biotopes tropicaux,
Près de 300 souches toxinogènes appartenant au genre Fusarium (collection de l’UMR MycSA),
Environ 400 souches d’Agaricus bisporus (collection de l’UMR MycSA).

<hr>Champignon du genre Amauroderma en forêt guyanaise.

<hr>Champignons Auricularia auriculo-judae (oreille de Juda).

<hr>Champignons de l’espèce Cookeina tricholoma en forêt guyanaise.

<hr>Boite de cryoconservation en azote liquide.

<hr>Aspergillus japonicus observé en microscopie optique (x 100).

<hr>Fructification du champignon Pycnoporus sanguineus en culture sur boite de Petri.

<hr>Champignon du genre Ganoderma en forêt guyanaise.

<hr>Champignon de l’espèce Hexagonia nitida sur chêne.

<hr>Isolement d’une souche à partir d’un champignon de l’espèce Lenzites warnieri.

<hr>Zoom sur les lames de basidiomycètes.

<hr>Hyménium (face inférieure) d’un champignon du genre Leiotrametes.

<hr>Champignon du genre Leiotrametes en forêt guyanaise.

<hr>Station d'observation macroscopique.

<hr>Culture de Pycnoporus sanguineus sur boite de Petri.

<hr>Champignon de l’espèce Pycnoporus sanguineus sur bois de palmier en forêt guyanaise.

<hr>Cryoconservateurs et racks pour le stockage d’échantillons en azote liquide.

<hr>Plaque de culture pour le screening fonctionnel.

<hr>Stroma frais du champignon ascomycète Trichoderma lycogaloides se développant sur bois.

Comment accéder au CRB ?

Le catalogue des souches et les informations pratiques pour passer commande sont disponibles sur le site internet du CIRM-CF. Pour toute question, vous pouvez contacter le CRB par mail à l’adresse cirm_cf@inrae.fr.

Exemple d'utilisation

Exploration de la biodiversité fongique : une stratégie d’avenir pour les biotechnologies

Les champignons filamenteux, champignons de la pourriture blanche et de la pourriture brune, jouent un rôle essentiel dans la décomposition du bois. Leur capacité unique à modifier, dégrader et dépolymériser les principaux composants de la paroi cellulaire végétale leur confère un grand intérêt dans le prétraitement de la biomasse pour de nombreuses applications biotechnologiques : fabrication de pâte à papier, blanchiment du bois, production de biocarburants...

Le potentiel de 63 souches de la collection du CIRM-CF en tant qu’agents de prétraitement de la paille de blé ou du miscanthus a été étudié à l’aide d’une méthode de criblage à moyen débit développée pour évaluer leur capacité de fermentation en milieu solide. Cette étude a permis de sélectionner une souche de Polyporus brumalis dont l’activité de dégradation sélective de la lignine a été ensuite explorée, aboutissant à plusieurs publications scientifiques et un brevet. Le génome de cette souche a également été séquencé pour identifier et comprendre les mécanismes enzymatiques mis en place par le champignon pour la dégradation de la lignocellulose.

Pour en savoir plus : Zhou S. et al. (2015). Solid-state fermentation in multi-well plates to assess pretreatment efficiency of rot fungi on lignocellulose biomass. Microbial Biotechnology, 8(6):940-949.