Caribbean animal genetic resources (CARARE)

Le CRB CARARE assure la cryoconservation de semences pour l’insémination artificielle et d’embryons des races bovines, caprines et porcines Créole. Ces collections présentent un intérêt patrimonial pour la préservation des ressources génétiques animales locales des Caraïbes. Le CRB gère également des collections de sang, d’ADN et de différents tissus biologiques issus de programmes de recherche portant sur les mécanismes physiologiques d’adaptation au milieu tropical ou de réponse immunitaire aux maladies, et sur l’architecture génétique de ces caractères.

Les ressources biologiques du CRB sont mobilisées dans différents projets scientifiques menés par les chercheurs de l'unité de recherches Agroécologie, génétique et SystèmeS d'Elevage Tropicaux (ASSET) responsables des collections. Ces projets sont conduits en partenariat avec des équipes nationales et internationales. Les activités de collecte, conservation et diffusion des collections sont encadrées par des procédures d’assurance-qualité. Par ailleurs, les collections du CRB CARARE sont complémentaires de la conservation in situ de ressources génétiques animales dans les troupeaux dits « pépinières » de la Plateforme tropicale d’expérimentation sur l’animal (PTEA), et en ferme par les éleveurs membres des organismes de sélection.

Expertises et services

• Conservation de semences et d’embryons d'espèces bovines, caprines et porcines Créole,
• Gestion des collections de matériel biologique conservées à -20°C, -80°C et -196°C,
• Mise à disposition d’échantillons pour des recherches en physiologie et génétique animale,
• Mise à disposition de semences et d’embryons pour la gestion génétique des races locales.

Composition des collections

Echantillons génétiques et reproductifs des races animales Créole :

• Sperme congelé de taureau, bouc et verrat Créole conservé à -196°C,
• Embryons de caprin et bovin Créole conservés à -196°C,
• Sang et fragments de cartilage conservés à -20°C pour des analyses génomiques,
• Fèces conservées à -20°C pour des analyses métagénomiques,
• Tissus divers conservés à -80°C pour des analyses transcriptomiques,
• Possibilité de rattachement des échantillons à des données phénotypiques issues de programmes de recherche avec caractères d’adaptation ou de production en milieu tropical.

Comment accéder au CRB ?

Pour déposer une collection de ressources biologiques au CRB CARARE, vous pouvez contacter le référent scientifique, Michel Naves, qui vous enverra un formulaire à remplir afin de préciser l’objectif de la mise en collection, la nature des échantillons, leurs conditions de prélèvement et de conservation. Votre demande sera évaluée par le comité de gestion des collections du CRB, en regard de différents critères comme l’adéquation du projet aux objectifs du CRB, les exigences techniques et le respect de la réglementation.

Les conditions d’utilisation des échantillons sont définies par les responsables des collections. Toute cession d’échantillons doit faire l’objet d’une demande de mise à disposition auprès du référent scientifique du CRB, qui la soumettra au responsable de la collection concernée. La demande ne sera acceptée que si le responsable de la collection l'autorise. Elle devra également être validée par le comité de gestion des collections du CRB.

L’acceptation des demandes d’intégration ou de mise à disposition de matériel donnent lieu à la signature d’une convention, avant transmission des échantillons.

Exemple d'utilisation

Caractérisation génétique des caprins de la race Créole

Le CRB maintient depuis plus de 12 ans une collection d’échantillons de sang total prélevé sur des caprins Créole, en vue d’analyses génomiques. Cette collection a été constituée dans le cadre d’un programme de recherche sur le déterminisme génétique de la résistance au parasitisme interne chez les caprins. Les prélèvements proviennent de troupeaux expérimentaux INRAE, sur lesquels différents phénotypes sont enregistrés, notamment pour des critères en relation avec la résistance et la résilience aux strongles gastro-intestinaux.

La collection regroupe plusieurs milliers d’échantillons, sur plusieurs générations d’animaux. Elle a été mobilisée par des équipes de recherche INRAE dans le cadre de la caractérisation génétique des caprins, notamment pour l’étude de la diversité génétique des races caprines mondiales et pour la recherche de marqueurs génétiques associés à la résistance aux nématodes chez la chèvre Créole. L’étendue de la collection et la richesse des informations associées qui sont enregistrées par les unités de recherche partenaires, URZ et PTEA, ont permis de rassembler des données de phénotypage et de génotypage particulièrement originales et détaillées. Elle a également permis de sélectionner un panel d’animaux représentatifs de la diversité génétique de la population.

Pour en savoir plus : Silva F. et al. (2018). Genome wide association study reveals new candidate genes for resistance to nematodes in Creole goat. Small Ruminant Research, 166:109-114.

Contact

CRB CARARE
Domaine Duclos
97170 Petit-Bourg
Région : DOM - Guadeloupe+590 (0)5 90 25 59 00
michel.naves@inrae.fr
Site du CRB

THÉMATIQUES : Animal

COLLECTIONS : Echantillons génétiques et reproductifs des races animales locales des Caraïbes

COORDINATEURS : Michel Naves

RESPONSABLES COLLECTIONS : Nausicaa Poullet et Jean-Luc Gourdine (porcs), Nathalie Mandonnet et Jean-Christophe Bambou (caprins), Michel Naves (bovins et ovins), Carine Marie-Magdeleine (parasites des ruminants)

TUTELLES : INRAE

INFRASTRUCTURES NATIONALES : RARe

LABELLISATION IBiSA : 2013

MOTS CLÉS : Race Créole, Génomique, Métagénomique, Transcriptomique, Sang, Tissus, Sperme, Embryons, Adaptation à la chaleur, Résistance aux maladies, Parasitisme interne, Ectoparasites, Résilience, Productivité, Interactions génotype-environnement, Milieu tropical

Fiche mise à jour en 2022

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