Bactéries pathogènes de l’animal ou l’Homme (CIRM-BP)

Mise à disposition et caractérisation de souches de bactéries pathogènes animales et humaines pour des applications médicales ou vétérinaires et la recherche.

Site du CRB

Bactéries pathogènes de l’animal ou l’Homme (CIRM-BP)

Mise à disposition et caractérisation de souches de bactéries pathogènes animales et humaines pour des applications médicales ou vétérinaires et la recherche.

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Bactéries pathogènes de l’animal ou l’Homme (CIRM-BP)

Le CIRM-BP est dédié aux bactéries pathogènes de l’animal ou de l’Homme. Il a été créé en 2006 sur le centre INRAE Val de Loire au sein du Pôle santé animale de Tours (PSAT) formé par l'UMR Infectiologie et santé publique (ISP) et la Plateforme d’infectiologie expérimentale (PFIE). Il bénéficie ainsi d'un environnement scientifique riche en expertises dans le domaine des agents pathogènes, des mécanismes infectieux et de leur contrôle.

L'activité du CRB est concentrée sur la conservation et la distribution de souches bactériennes et de leur ADN génomique. Il dispose de laboratoires confinés de niveau 2 et 3. Du fait de son expertise, le CIRM-BP est un partenaire de choix pour la gestion des ressources biologiques utilisées dans les projets scientifiques, garantissant leur qualité, leur pérennité et si souhaité, leur visibilité et leur accessibilité. Le CRB propose également l’dentification et la caractérisation de souches de bactéries pathogènes, l’étude de leur biodiversité et la caractérisation du potentiel antibactérien de molécules ou d’extraits d’intérêt.

Expertises et services

Isolement de souches bactériennes,
Identification et caractérisation phénotypique de souches de bactéries pathogènes de classe 2 et de classe 3,
Identification bactérienne par spectrométrie de masse MALDI-TOF,
Identification et typage moléculaires de souches bactériennes,
Préparation d'ADN génomique,
Détermination du répertoire de gènes de virulence des souches,
Détermination du profil de sensibilité et résistance aux antibiotiques (antibiogrammes, CMI),
Conservation de souches pour diffusion auprès de la communauté scientifique ou pour le bénéfice exclusif des déposants (service payant),
Caractérisation du potentiel antibactérien de molécules ou d’extraits d'intérêt sur des panels de bactéries pathogènes.

Composition des collections

Bactéries pathogènes animales et humaines :

3 000 souches de bactéries dont certaines en accès restreint,
Souches d'Escherichia coli pathogènes aviaires,
Souches de Brucella de différentes espèces et biovars,
38 souches de Coxiella burnetii isolées de caprins, d'ovins et de bovins,
Souches isolées de différents cas de mammites bovines cliniques et subcliniques,
Souches de Pasteurella multocida d’origine cunicole,
Souches d’Enteroccus cecorum majoritairement d’origine aviaire,
Souches isolées de poissons d’eau douce (3 espèces de Flavobacterium) et d’eau de mer (6 espèces de Tenacibaculum) provenant du laboratoire Virologie et immunologie moléculaires (VIM) de Jouy-en-Josas,
Souches de Salmonella de différents sérotypes d’origine alimentaire, animale et humaine,
Souches de Campylobacter coli et jejuni d’origine alimentaire, animale et humaine,
Souches de Listeria monocytogenes d’origine alimentaire, animale et humaine,
Souches de Bacillus d’origine alimentaire, animale et humaine,
Souches de Pseudomonas d’origine environnementale, animale et humaine
Souches d’origine animale, humaine et environnementale provenant de la Collection unité écotoxicologie microbienne (CUETM) et comportant notamment des souches d’Enterobacteriaceae, Actinomycetaceae, Burkholderiaceae, Caulobacteraceae, Coriobacteriaceae, Comamonadaceae, Flavobacteriaceae, Moraxellaceae, Pseudomonadaceae, Ruminococcaceae, Shewanellaceae, Sphingobacteriaceae et Vibrionaceae...

<hr>Ampoules de verre contenant des souches de bactéries pathogènes lyophilisées sous vide.

<hr>Scellage d'ampoules de bactéries lyophilisées.

<hr>Colonies d’Escherichia coli sur milieu sélectif Drigalski.

<hr>Détermination des concentrations minimales inhibitrices (CMI) d’un actif sur un panel de souches de bactéries pathogènes.

<hr>Culture bactérienne isolée sur milieu gélosé.

<hr>Ampoules de bactéries pathogènes durant le processus de lyophilisation (rotor de centrifugation).

<hr>Travail en laboratoire confiné de niveau 3.

<hr>Manipulation sous poste de sécurité microbiologique (PSM) de niveau II en laboratoire confiné de niveau 3.

Comment accéder au CRB ?

Les commandes de souches et d’ADN génomique, les demandes de dépôts de souches, de prestations et de collaborations peuvent être réalisées sur le site web du CIRM-BP ou adressées par mail à l’adresse cirm_bp-tours@inrae.fr. Les souches et les échantillons d’ADN génomique disponibles sont répertoriés dans un catalogue en ligne. Certaines souches n’y figurent pas. Vous pouvez contacter le CRB en cas de recherche infructueuse.

Vous recevrez un mail de confirmation dès réception de votre demande. Dans les jours suivants, un devis vous sera envoyé, incluant les frais d'expédition ainsi qu'un accord de transfert de matériel biologique (MTA). Votre commande sera validée après réception du MTA signé, du bon de commande édité par vos soins et dans le cas d'une commande de souches, d'une attestation garantissant que des mesures de sûreté et de sécurité biologique appropriées sont mises en place au sein de vos structures.

Exemple d'utilisation

Constitution d’une collection d’isolats d’Enteroccus cecorum, agent pathogène émergent

Apparues depuis près de 20 ans, les infections à Enterococcus cecorum représentent une cause mondiale de boiterie chez les volailles. Responsables de spondylarthrite, de nécrose de la tête fémorale et d'ostéomyélite, elles engendrent une souffrance animale, induisant l'utilisation d'antibiotiques.

Le projet GISA Cecotype coordonné par Pascale Serror à l’Institut Micalis s’est attaché à mieux connaitre la pathogénie due à E. cecorum en étudiant la diversité d’une collection d’isolats cliniques essentiellement d’origine aviaire. Des études de génomique comparative ont été entreprises afin d’identifier des gènes spécifiques du métabolisme et de la virulence de la bactérie. La capacité de formation de biofilms et d'adhésion au collagène de poulet de type II a été caractérisée et la virulence de certains isolats a été étudiée sur un modèle d’œuf embryonné.

Dans le cadre de ce projet, le CIRM-BP a participé à la constitution et à la caractérisation phénotypique d’une large collection d'isolats provenant principalement d’élevages avicoles français et pour certains, d’élevages européens ou de cas cliniques humains. En charge de la conservation des souches, le CRB a également produit les ADN génomiques dédiés au séquençage de leurs génomes.

Pour en savoir plus : Laurentie J. et al. (2023). Comparative genome analysis of Enterococcus cecorum reveals intercontinental spread of a lineage of clinical poultry isolates. MSphere, 8(2):pp.e0049522.